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Mit einer Eisenstange gelingt es ihm das Kraftfeld kurzzuschließen, wodurch die Wachleute denken, dass er in den Abgrund gesprungen ist. Dann greift er aus seinem Versteck diesen Offizier an und überwältigt ihn. Ebenso gelingt es ihm nach einem kurzen Phaserkampf den zweiten Offizier ebenso auszuschalten. Dabei wird er allerdings am Oberarm verletzt und geht in die Bar zurück, wo ihn Janeway anspricht, die sich für Jaffens Verhalten entschuldigt. Sie lädt ihn auch ein, was Chakotay jedoch ablehnt. Wenig später sucht er allerdings Unterschlupf in Janeways Wohnung und wird dort von ihr entdeckt. Als diese kurz die Wohnung verlässt, um mit [[Jaffen]] zu sprechen, betreten Polizisten die Wohnung und verhaften Chakotay. Anschließend wird er von [[Yerid]] verhört. Nach einer Behandlung durch [[Kadan]] lockt er die ''Voyager'' zu bestimmten Koordinaten, wo die Quarren sie angreifen. Jedoch gelingt es Kim und dem Doktor diese Schiffe kampfunfähig zu machen und die Crew zurückzubeamen. Dort wird sie vom Doktor geheilt und das Schiff nimmt wieder Kurs in die Heimat. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil II}})
Bald darauf gerät das Schiff in ein Waffentestgebiet und wird von den Schockwellen der Explosion mehrerer Langstreckenwaffen getroffen. Nach dem ersten Einschlag meint Chakotay, dass sie offenbar nicht das Ziel waren. Dazu meint Janeway, dass der Angreifer auch ein lausiger Schütze sein könne. Später ruft er Seven of Nine in die Astrometrie, da sie etwas herausgefunden haben. Dort teilt er ihr mit Icheb mit, dass sie eine Warnbake gefunden haben, die sie informiert, dass sie in ein Waffentestgebiet eingedrungen sind. Wenig später wird die ''Voyager'' von einer Langstreckenwaffe erfasst und Chakotay gibt Roten Alarm. Nach der Zerstörung der Waffe, trifft er Seven im Gang und ermutigt sie, ihn ins Kasino zu einer Kochstunde bei Neelix zu kommen. Seven lehnt jedoch ab. Chakotay meint noch zu ihr, dass sie häufiger mit der Crew interagieren soile, da es ihr gut tun würde, ehe er in den Turbolift steigt. ({{VOY|Menschliche Fehler}})
Es gelingt dem Pfadfinderprojekt und Seven of Nine eine tägliche, elfminütige Kommunikationsverbindung herzustellen. Mit Captain Janeway und Tuvok ist er in der Astrometrie anwesend, als sie die erste Nachricht empfangen. Er selbst beabsichtigt als erstes seine Schwester anzurufen. Später ist er anwesend, als der Doktor seinen Freunden mitteilt, dass er seinen Holoroman [[Photonen brauchen Freiheit|''Photonen brauchen Freiheit'']], der die ''Voyager''-Crew in einem schlechten Licht darstellt, noch einmal überarbeiten wird. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})