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<nowiki> </nowiki>sich über die neuesten Gerüchte auf dem Schiff aus. Später überwacht er auf der Brücke, wie der Fremde [[Tash]] sein Subraumkatapult benutzt um in seine Heimat zurückzukehren. Anschließend wird er von Seven of Nine gerufen, die ihn ins astrometrische Labor bittet. Dort informiert sie ihn, dass sie vermutet, dass Janeway die ''Voyager ''absichtlich im Delta-Quadranten stranden ließ. Sie vermutet eine Zusammenarbeit mit dem Fürsorger und den Cardassianer. Sie vermutet, dass die Föderation versucht eine militärische Präsenz im Delta-Quadranten zu etablieren. Chakotay hält diese Vermutung jedoch für reine Spekulation. Allerdings hat er gewisse Zweifel und trifft Vorbereitungen. Daher bringt er die Sensorendaten persönlich zu Torres und verlangt die Sabotage der Schildemitter um sechs Stunden Zeit zu gewinnen. Torres glaubt jedoch Seven nicht und hält es für einen Scherz. Als er wenig später eine Energiesignatur entdeckt und Sevens Alkoven untersucht, begegnet er Captain Janeway. Sie stellen fest, dass sie in die Irre geführt wurden. Daraufhin veranlasst Chakotay eine Untersuchung des Alkovens durch den Doktor. Es stellt sich heraus, dass Seven of Nine Fehlfunktionen hat, da sie zu viele Daten herunterlud. Captain Janeway gelingt es Seven of Nine davon zu überzeugen, dass sie sich geirrt hat. Anschließend spricht sie sich mit Chakotay bei einer Tasse Kaffee aus. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})
Seven of Nine<nowiki> </nowiki>entdeckt wenig später ein Mikrowurmloch und empfängt eine Botschaft von<nowiki> </nowiki>der Sternenflotte. Darüber informiert sie die Brücke. Nachdem man Kontakt mit dem Sternenflottenkommando aufnehmen kann, stößt die Crew darauf im Kasino an. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})
Als das Schiff<nowiki> </nowiki>auf eine Neutronenwellenfront trifft, bespricht sie mit den anderen
Führungsoffizieren die Situation im astrometrischen Labor. Er erkundigt sich nach den Auswirkungen der Strahlung auf die Crew. Janeway antwortet, dass dieser durch eine Schutzimpfung begegnet werden soll. Er arbeitet auf der Brücke, als das Schiff die Wellenfront durchfliegt. Nach einiger Zeit, sucht er Janeway auf dem Holodeck auf und besucht später Neelix. Nachdem er wieder im Dienst ist, holt er bei Seven of Nine die neuesten Sensordaten ab und zeigt sie Janeway. Auf der Brücke, unterhält er sich mit Janeway über ihre Holodeckaktivitäten und freut sich darüber, dass sie auf dem Holodeck Spaß hat. Als man die Wellenfront schon fast verlassen hat, verstärkt sich diese wieder. Nachdem das umgekehrte Warpfeld, welches als Anker fungierte, versagt, lässt Chakotay die Manövriertriebwerke aktivieren um das Schiff zu stabilisieren. Jedoch bleibt diese Maßnahme ergebnislos. Daher will er den Deflektor aktivieren, um sich einen Weg durch die Wellenfront zu schneiden. Janeway stimmt diesem Plan zu und die ''Voyager'' kann den Sturm verlassen. ({{VOY|Fair Haven}})
Wenig später trifft man auf einen Planeten, auf dem die Zeit schnell vergeht und wird in dessen Orbit gefangen. Gemeinsam mit Captain Janeway und Seven of Nine analysiert er im astrometrischen Labor ihren Status. Anschließend startet er mit B'Elanna Torres im Maschinenraum eine Sonde, um Aufnahmen vom Planeten zu machen. Sie erkennen, dass der Planet die Industrialisierung durchläuft. Wenig später empfängt er mit Seven of Nine in der Astrometrie ein Funksignal von Astronomen des Planeten. Als man diese empfängt, ist der Absender allerdings bereits hundert Jahre tot. Man entschließt sich den Doktor herunterzuschicken. Dazu suchen Chakotay und Kim einen geeigneten Landungsort aus. Nachdem der Rücktransport des Doktors misslingt, scannt er mit Kim und Seven of Nine nach dem MHN und ermöglicht so den Rücktransport des Doktors. Als die ''Voyager'' wenig später mit Antimaterietorpedos angegriffen wird, informiert er den an Bord gekommenen Astronauten [[Gotana-Retz]], dass sie sein Volk nicht rufen können. Paris' Vorschlag das Feuer zu erwidern, lehnt er ab. Retz wird zurückgeschickt und kann erreichen, dass Schiffe gebaut werden, die die ''Voyager'' aus dem Orbit ziehen. ({{VOY|Es geschah in einem Augenblick}})
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