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Als der Doktor auf der Brücke erscheint, um Captain Janeway zur Rede zu stellen, weil sie Erinnerungsdateien seines Programms gelöscht hat, diskutiert er mit ihr und Tuvok über den Ausgang des [[77. Emperor's Cup]]s. Er unterstützt den Captain bei ihrer Entscheidung, die Erinnerungen des Doktors zu löschen und sein Programm neu zu schreiben. Jedoch ändert Janeway schließlich ihre Meinung und die Crew hilft dem Doktor seine Erinnerungen zu verarbeiten. ({{VOY|Verborgene Bilder}})
Wenig später strandet die ''Voyager'' auf einer [[Subraumsandbank]] und Chakotay meldet dies dem Captain. Auch gelangen Angehörige einer photonischen Lebensform an Bord, die das Holodeck für die Realität hält und in Kämpfe mit dem Hologramm [[Chaotica]] gerät. Während Janeway, letztlich erfolgreich, versucht Chaoticas Geheimwaffe zu neutralisieren, hat Chakotay das Kommando über die Brücke. ({{VOY|Chaoticas Braut}})
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