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Chakotay begibt sich mit Neelix und Tom Paris auf eine Außenmission, um Protomaterie zu sammeln. Beim Versuch diese an Bord zu beamen, wird Neelix getötet und Chakotay fliegt das Shuttle zum Schiff zurück. Anschließend ist er auf der Krankenstation anwesend, als der Doktor Neelix' Tod feststellt. Jedoch kann Seven of Nine ihn mithilfe ihres Borg-Wissens reanimieren. Gemeinsam mit Paris und Torres entwickelt er anschließend ein Verfahren um die Protomaterie sicher an Bord beamen zu können. Zur Sicherheit führt er eine Simulation auf dem Holodeck durch. Dabei erkennt er, dass der Transporterstrahl eine Feedbackschleife erzeugte, die das Plasma entzündete. Am Ende der Simulation offenbart ihm Neelix, dass er im Leben nach dem Tod nicht im wundervollen Wald war, an den er glaubte. Später will Neelix meditieren, um Antworten auf seine Fragen zu erhalten. Daher begibt er sich mit Neelix auf Visionensuche. Er möchte diese Visionen mit Neelix weiter auswerten. Dieser lehnt es jedoch ab und versucht sich zu töten, indem er sich in den Nebel beamt. Chakotay begibt sich daraufhin in den Transporterraum und versucht Neelix zu überzeugen, sich nicht umzubringen. ({{VOY|Leben nach dem Tod}})
Als sich ein Teil der Führungsoffiziere, aufgrund von Alpträumen zu spät zum Dienst meldet, stellt sich heraus, dass sie alle einen ähnlichen Alptraum hatten. Gemeinsam erstellen sie ein Phantombild des Fremden. Chakotay schlägt vor, mithilfe einer Technik des bewussten Träumens mit dem Fremden Kontakt aufzunehmen. Janeway stimmt dem zu und er begibt sich auf die Reise. Er trifft auf einen Alien, der ihm berichtet, dass seine Spezies schläft und Jahrhunderte lang von den Wachspezies bekämpft wurde. Als Chakotay verspricht ihren Raum zu umfliegen, lassen sie ihn ziehen. Er berichtet Janeway das Erlebte. Wenig später wird die ''Voyager'' von einem fremden Raumschiff angegriffen. Chakotay leitet die Gegenmaßnahmen, die jedoch erfolglos bleiben. Als er mit der restlichen Crew interniert wird, unternimmt er einen Fluchtversuch. Als er den Mond sieht, kann er sich aufwecken und trifft auf den Doktor. Mit den Schiffssensoren kann er den Planeten der Fremden lokalisieren und setzt einen Kurs dorthin. Er beamt sich auf den Planeten und findet dort die schlafenden Fremden. Er entschließt sich einen der Fremden aufzuwecken und lässt den Doktor mit einem Photonentorpedo auf die Höhle, wo sich der Transmitter befindet, zielen. Er schläft ein und teilt dem Anführer mit, dass sie beide sterben werden, wenn er sie nicht freilässt. Nachdem die Fremden einlenken, versucht Chakotay erfolglos zu schlafen und verbringt daher die Nacht im Kasino. ({{VOY|Wache Momente}})
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