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Als Captain Janeway mit den Mari verhandelt, nachdem diese B'Elanna Torres verhaftet haben, hat er das Kommando auf der ''Voyager''. Er unterhält sich auch mit Paris. Dieser will Torres gewaltsam befreien, was Chakotay jedoch vorläufig ablehnt, um keine gewalttätige Auseinandersetzung mit den Mari hervorzurufen. ({{VOY|Gewalttätige Gedanken}})
Als die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen wird, ruft er Janeway auf die Brücke. Später stellt er fest, dass Geräte von dem Schiff gebeamt wurden. Nachdem sich die Angreifer zurückziehen, fordert er Schadensberichte von allen Decks an. ({{VOY|Apropos fliegen}})
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