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Während Chakotay mit B'Elanna auf dem Holodeck Hoverball spielt, empfängt das Schiff ein Sternenflottensignal. Als man diesem folgt, wird das Schiff von den Kazon-Nistrim angegriffen und ein Transportermodul gestohlen. Chakotay erkennt, dass Seska eine weitere Falle für sie vorbereitet hat. Daraufhin versucht er eine Schwachstelle bei Seska zu entdecken. Gemeinsam mit Torres plant er den Gegenschlag. Vor der nächsten Einsatzbesprechung der Führungsoffiziere, entwendet er jedoch ein Shuttle und versucht eigenmächtig das Transportermodul zu zerstören. Ihm gelingt es das Kazon-Schiff zu erreichen. Er beamt sich an Bord und zersört den Transporter mit seinem Handphaser. Anschließend wird er von den Kazon gefangen genommen. Er wird von Seska verhört, die die Kommandocodes der ''Voyager'' haben will. Er weigert sich jedoch die Codes herauszugeben. Nachdem er gegen drei gefangen genommene Majes der Kazon ausgetauscht werden kann, wird er von Janeway befragt. Er meint, dass es ein persönlicher Rachefeldzug war und dass es das Richtige war. Janeway weist darauf hin, dass sie die Disziplin aufrecht erhalten muss und er ihr damit die Arbeit erschwert hat. ({{VOY|Das Signal}})
Als Janeway mit einem Außenteam auf einem Planeten dringend benötigtes Tellerium erwerben möchte, hat er das Kommando auf dem Schiff. Nachdem nur Neelix zurückkehrt und die anderen gefangen genommen werden, beschließt er in einen Orbit um den Planeten einzutreten. Er nimmt Kontakt mit den Mokra auf, welche erstaunlicherweise versprechen, bei der Suche nach den Vermissten zu helfen. Chakotay lässt daraufhin trotzdem den gesamten Planeten permanent scannen. Wenig später verhandelt er mit Augris, dem dritten Magistrat der Mokra, der meint, dass sich die ''Voyager'' einen schlechten Ruf erworben hat. Zwar verspricht Augris, nach ihren Leuten suchen zu lassen, aber Chakotay traut ihm nicht und lässt Neelix, nochmals seine Kontaktleute aufsuchen. Anschließend berät er sich mit den Offizieren, wie sie das Außenteam aus dem Gefängnis der Mokra befreien können. Harry Kim präsentiert ihm einen Plan. Es gelingt ihnen die Schilde der Mokra zu durchdringen. Ehe sie jedoch das Rettungsteam beamen können, werden sie von der Oberfläche aus angegriffen. Als es Captain Janeway gelingt einen Riss in den Schilden der Mokra zu erzeugen, beamt Chakotay das Rettungsteam durch diesen Riss auf den Planeten. Nachdem die Mokra das Schiff angreifen, lässt er die Schilde verstärken. Da das Schiff immer schwerere Schäden erleidet, lässt er Kim nochmals nach dem Außenteam scannen. Anschließend versteckt er das Schiff über dem Nordpol des Planeten und wenig später gelingt es die Vermissten an Bord zu beamen. ({{VOY|Die Resistance}})
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