Im Mai 2154 greift eine Gruppe menschlicher [[Augment]]s einen klingonischen Bird-of-Prey an und kapert diesen. Die ''Enterprise'' bekommt darauf den Auftrag diese Augments aufzuhalten. Doktor [[Arik Soong]], der die Augments aufgezogen hat, kommt an Bord, um der Crew bei der Suche zu helfen. Diese Mission ist die erste Mission , in der T'Pol offiziell als Commander in der Sternenflotte an Bord der ''Enterprise'' dient. Die ersten Spuren des klingonischen Schiffes führen ins [[Borderland]], einer Region, welche vom [[Orion-Syndikat]] kontrolliert wird. Die ''Enterprise'' wird kurze Zeit später von zwei [[Orion-Abfangjäger]]n angegriffen und einige Crewmitglieder, darunter auch T'Pol, werden von den [[Orioner]]n entführt. Zusammen mit den anderen wird sie nach [[Verex III]] gebracht, einer Sklavenverarbeitungsstätte. Mit Hilfe von Soong gelingt es Archer, sie und die anderen Crewmitglieder aus der Hand der Orioner zu befreien. Die ''Enterprise'' flieht von Verex III, wird aber erneut von Orion-Abfangjägern verfolgt. Diese werden jedoch von dem Bird-of-Prey, welchen die Augments übernommen haben, ausgeschaltet. Kurz darauf kommt der Augment [[Malik]] an Bord der ''Enterprise'' und fordert von Archer , Soong frei zu lassen, doch Archer lehnt dies ab. Malik demonstriert seine überlegende Fähigkeiten und warnt sogar Archer und Reed vor das , dass er Archer gleich angreifen wird, doch trotz der Warnung kann Reed nicht verhindern, dass Malik den Captain als Geisel nimmt. Mit Archer als Geisel kann Malik Soong befreien und die Augments können mit Soong entkommen. ({{ENT|Borderland}})

[[Datei:Cold_Station_12.jpg|thumb|left|Die ''Enterprise'' bei Cold Station 12.]]

Die Flüchtigen fliegen zur [[Cold Station 12]], um sich weitere Augment-[[Embryo]]nen zu beschaffen. Die ''Enterprise'' begibt sich inzwischen nach [[Trialas IV]], da Soong dort die Augments aufgezogen hat. Ein Außenteam trifft dort auf [[Udar]], einem Augment , welcher zurück gelassen worden ist. Udar kommt schließlich mit auf die ''Enterprise'' und diese fliegt darauf nach Cold Station 12. Auf Cold Station 12 nehmen die Augments Geiseln, darunter auch Phlox alten Freund Doktor [[Jeremy Lucas]]. Archer und ein Sicherheitsteam begeben sich auf die Station und diese können einige Augments außer Gefecht setzen. Doch schließlich wird das Außenteam von den Augments überwältigt und gefangen genommen. Als die ''Enterprise'' Kontakt mit Soong aufnimmt, befiehlt Archer T'Pol , die Station zu vernichten, damit Soong nicht mit weiteren Embryonen fliehen kann. Als T'Pol die Befehle ausführen will, wird die ''Enterprise'' vom Bird-of-Prey der Augments angegriffen. Diesen gelingt es darauf, von der Station mit den Embryonen zu fliehen. Malik setzt vorher jedoch tödliche Krankheitserreger frei, welche die verbliebenen Leute auf der Station zu töten drohen. ({{ENT|Cold Station 12}})

Es gelingt Captain Archer schließlich, unter Einsatz seines eigenen Lebens, die Überlebenden vor den Erregern zu isolieren und sie somit zu retten. Allerdings befindet sich Archer nun in Lebensgefahr und droht , den Erregern ausgesetzt werden. Um von der Station fort gebeamt werden zu können , befiehlt er T'Pol , auf dem den Schacht zu feuern , in dem er sich befindet. Dadurch wird Archer in den Weltraum gezogen und direkt an Bord der ''Enterprise'' gebeamt. Dabei erleidet Archer einige Erfrierungen. Daraufhin setzt die ''Enterprise'' die Verfolgung des Bird-of-Preys fort. Zur gleichen Zeit beginnen die Augments gegen Soong zu meutern, da er deren aggressive Meinung nicht teilt. Der Doktor flieht von Bord des Bird-of-Prey und kehrt zur ''Enterprise'' zurück. Dort angekommen teilt er der Crew die neue Pläne der Augments mit. Sie wollen eine Biowaffe im Orbit der [[Qu'Vat-Kolonie]] zur Detonation bringen und somit einen Konflikt zwischen Sternenflotte und klingonischem Reich heraufbeschwören. Auf den Weg zur Kolonie wird die Enterprise in einen Kampf mit einem Schiff der [[D5-Klasse]]verwickelt. Da die Enterprise den Klingonen unterlegen ist, greift das Schiff die Klingonen mit einem Greifarm an und reiß reißt die Gondel vom klingonischen Schiff ab. Die ''Enterprise'' kann den Klingonen entkommen und erreicht die Qu'Vat-Kolonie. Dort feuert Malik den Erreger mit einem Torpedo auf den Planeten. Reed gelingt es aber mit einem Torpedo , den Torpedo mit den Virus im Orbit des Planeten zu vernichten. Beim folgenden Kampf gelingt es der ''Enterprise'' , die Augments aufzuhalten und deren Bird-of-Prey zu vernichten. Archer bringt darauf Soong zu seinem Quartier, als plötzlich Malik auftaucht und Soong für seinen Verrat töten will. Doch Archer gelingt es, Malik zu töten, bevor dieser Soong tötet. Darauf wird Soong zur Erde gebracht und Archer legt, aufgrund der Hilfe von Soong , ein gutes Wort für ihn ein. Im Gefängnis beginnt Soong seine neue Arbeit an der Kybernetik. ({{ENT|Die Augments}})

[[Datei:Enterprise Vulkan.jpg|thumb|left|Die ''Enterprise'' im Orbit von Vulkan.]]

Bei einem Anschlag auf die irdische [[Botschaft]] auf [[Vulkan]] gibt es 43 Todesopfer, darunter auch Admiral Forrest, zu beklagen. Die ''Enterprise'' wird geschickt, um bei den Untersuchungen zu helfen. In den Überresten der Botschaft werden Beweise dafür gefunden, dass eine vulkanische Gruppe, genannt [[Syrrannit]]en, für den Anschlag verantwortlich ist. Da es sich nun um ein vulkanisches Problem handelt, befiehlt das Oberkommando der ''Enterprise'' , die Untersuchungen abzubrechen. Botschafter Soval wendet sich daraufhin an Captain Archer, da er nicht glaubt, dass die Syrranniten für den Angriff verantwortlich sind. Auf Vulkan beginnt das Oberkommando alle Anhänger der Gruppe zu verhaften. T'Pol erfährt von [[Koss]], dass ihre Mutter ebenfalls eine Syrrannitin ist und sich verstecken muss. [[T'Les]] schickt heimlich eine Botschaft an ihre Tochter. In dieser steht, wie sie gefunden werden kann. Daraufhin begeben sie und Archer sich in den [[Glühofen]], eine vulkanische Wüste, um T'Les und die anderen aufzuspüren. Unterdessen finden Tucker und Botschafter Soval Beweise, die gegen die den Behauptungen des vulkanischen Oberkommandos stehenwidersprechen. Tucker will dies Archer mitteilen, doch er kann keinen Kontakt zu Archer auf die Oberfläche herstellen. ({{ENT|Der Anschlag}})

[[Administrator]] [[V'Las]] fordert Tucker auf , den Orbit von Vulkan zu Verlassenverlassen, da seiner Meinung nach die Angelegenheit für die Sternenflotte erledigt ist. Doch Tucker will den Orbit nicht verlassen, da er auf die Rückkehr des Captains wartet. V'Las will mit den Anschlag die Syrranniten beschuldigen und auslöschen, um von einem Angriff auf [[Andoria]] abzulenken. Den Angriff auf Andoria hingegen erklärt V'Las seinen Ministern, indem er behauptet, dass die Andorianer die Xindi-Superwaffe besitzen. Allerdings befindet sich die ''Enterprise'' im Orbit über den Glühofen und V'Las möchte keine Zeugen für die Auslöschung der Syrranniten. V'Las wendet sich an Admiral [[Gardner]], damit die ''Enterprise'' zurück beordert wird, und Gardner gibt diesen Befehl weiter, doch Tucker ignoriert den Befehl des Admirals. Tucker versucht mit einer Fähre den Glühofen erreichen, um den Captain zu erreichen, aber die Fähre wird von den Vulkaniern abgefangen. Da sich die ''Enterprise'' nicht zurück ziehtzurückzieht, lässt V'Las trotz Protest einiger Minister die ''Enterprise'' angreifen. V'Las ist sogar bereit , das Schiff seiner Verbündeten zu vernichten. Da die vulkanischen Schiffe der ''Enterprise'' überlegen sind, muss Tucker sich zurück ziehenzurückziehen. Nun kann V'Las seine Pläne ausführen, er greift die Syrranniten an und bereitet den Angriff auf Andoria vor. Allerdings begibt sich die ''Enterprise'' zu den Andorianern, um diese vor den Vulkaniern zu warnen. ({{ENT|Zeit des Erwachens}})

Mit Hilfe von Soval warnt Tucker Shran vor dem vulkanischen Angriff. Allerdings glaubt Shran Tucker nicht und er entführt Soval von Bord der Enterprise. Shran verhört Soval und Soval bestätigt ihm den Angriff auf Andoria. Als die ''Enterprise'' die Andorianer angreift, lässt Shran Soval wieder frei und Shran bittet, Tucker, dass sich der ''Enterprise'' seiner Flotte anschließt. Es kommt kurz darauf zum Gefecht zwischen beiden Flotten, der [[Schlacht von Andoria]], welche sehr zu Ungunsten der Andorianer verläuft. Die ''Enterprise'' fliegt zwischen die Fronten um ein Gefecht zwischen beiden Völkern zu unterbinden. Die Vulkanier greifen auch die ''Enterprise'' an, doch Shran rettet diese. In der Zwischenzeit findet Captain Archer das [[Kir'Shara]], ein vulkanisches Heiligtum von [[Surak]]. V'Las versucht dieses zu verhindern und Archer gelingt es zusammen mit [[T'Pau]], die anderen Minister des Oberkommandos zu überzeugen, dass in Wirklichkeit V'Las für den Anschlag und den Angriff auf Andoria verantwortlich ist. V'Las wird verhaftet und der Angriff auf die Andorianer wird abgebrochen. T'Pau wird in Folge dieser Ereignisse zur Ministerin ernannt und das Oberkommando wird aufgelöst. Die Vulkanier versprechen sich von nun an nicht mehr in die Missionen der ''Enterprise'' einzumischen. ({{ENT|Kir'Shara}})

Wenig später kommen heimlich zwei [[Organier]] an Bord der ''Enterprise''. Einer von den Organier übernimmt den Körper von Reed und der andere den Körper von Mayweather, um das Verhalten der Menschen zu studieren. Zur selben Zeit infizieren sich Tucker und Sato während einer Außenmission mit einem unbekannten [[Silizium-Virus]]. Die beiden werden in die Dekontaminationskammer gebracht und die Organier beobachten , wie sich die Crew bei dieser gefährlichen Situation verhält. Der Organier im Körper von Reed glaubt , die Menschen verhalten sich nicht anders wie als die Klingonen oder [[Cardassianer]], doch der andere Organier bezweifelt dies und glaubt an Archer und seine Crew. Trotz der Nachforschungen kann Phlox und kein Heilmittel finden, ohne die beiden zu töten. Während die Organier die Crew beobachten, übernehmen diese auch kurzzeitig den Körper von Archer. Als Tucker und Sato im Sterben liegen, opfert sich Archer , um den beiden zu helfen, indem er sich selbst mit der Krankheit infiziert. Aufgrund seines selbstlosen Verhaltens helfen die Organier Archer und geben ihm ein Heilmittel für die Krankheit. Somit können die drei gerettet werden. Da aber die Organier ihre Erinnerungen verändern, kann sich kein Crewmitglied mehr an sie erinnern. ({{ENT|Beobachtungseffekt}})

Zu der Zeit befindet sich auch die andorianische Delegation auf dem Weg nach Babel, als diese angegriffen wird. Es sieht so aus, als seien die Tellariten für diesen Angriff verantwortlich. Die ''Enterprise'' nimmt die Überlebenden auf, unter denen sich auch Shran befindet. Es stellt sich aber heraus, dass die Romulaner in Wirklichkeit für diesen Angriff verantwortlich sind. Die Romulaner sehen eine große Gefahr darin, wenn sich Menschen, Vulkanier, Andorianer und Tellariten verbünden. Um dies zu verhindern , verwenden die Romulaner ein fernlenkbares [[Romulanisches Drohnenschiff|Drohnenschiff]], welches in der Lage ist, die [[Waffensignatur]] und mittels einer auf [[Multispektraler Emitter|multispektralen Emitter]]n basierenden [[Holografische Tarnvorrichtung|holografischen Tarnvorrichtung]] auch das Aussehen verschiedener Schiffe zu simulieren. Damit wollen die Romulaner Konflikte zwischen den Völkern schüren.

Infolge der Augment-Krise beginnen die Klingonen Ende des Jahres mit der Manipulation ihrer eigenen Gene und versuchen , sie mit der gefundenen Augment-[[DNS]] aufzuwerten. Dabei entsteht jedoch ein aggressives mutagenes Virus, das schnell große Teile der klingonischen Bevölkerung infiziert. Da die Klingonen Hilfe benötigen, lassen diese Ende des Jahres Doktor Phlox entführen, welcher sich zu dieser Zeit auf der Erde befindet. Captain Archer versucht Phlox aufzuspüren, aber eine Gruppe [[Klingonischer Augment|klingonischer Augments]] dringt an Bord der ''Enterprise'' ein. Die Klingonen manipulieren den [[Warpantrieb]] und können von Bord entkommen. Die ''Enterprise'' beschleunigt und wird immer schneller und es droht ein [[Warpkernbruch]]. Die [[Columbia (NX-02)|''Columbia'' (NX-02)]] kommt der ''Enterprise'' zu Hilfe und nimmt die ''Enterprise'' in ihr [[Warpfeld]] auf. Somit kann Commander Tucker den Warpantrieb ausschalten und neu starten, ohne dass die klingonische Sabotage größere Schäden an Bord der ''Enterprise'' anrichten kann. Phlox findet inzwischen ein Heilmittel für die Klingonen und kann kurz darauf von der ''Enterprise'' und der ''Columbia'' gerettet werden. ({{ENT|Die Heimsuchung|Die Abweichung}})

Anfang [[2155]] kehrt die ''Enterprise'' zur Erde zurück, damit die Besatzung an der Gründung der [[Koalition der Planeten]] teilnimmt. Aber eine Organisation , genannt [[Terra Prime]] , will dieses verhindern. Terra Prime ist eine [[Xenophobie|xenophobische]] Bewegung, die sämtliche [[Außerirdischer|Außerirdische]] aus dem [[Sol-System]] vertreiben wollenwill. Mit der zu einem [[warp]]fähigen [[Raumschiff|Schiff]] umgerüsteten Station der [[Orpheus-Bergbaukolonie]] gelingt es dem Anführer der Organisation, [[John Frederick Paxton]] , eine auf dem [[Mars]] stationierte [[Verteron-Phalanx]] unter seine Kontrolle zu bringen und diese dann als Waffe auf den Verhandlungsort auszurichten, das [[Hauptquartier der Sternenflotte|Sternenflottenhauptquartier]].

Die Crew der ''Enterprise'' versucht Paxton aufzuhalten und fliegt zum Mars. Getarnt hinter einem Komet fliegt eine [[Fähre]], in dem sich ein [[Außenteam]] befindet, zum Mars. Das Außenteam landet auf den Mars , ohne dass es Terra Prime dies auf der Oberfläche mitbekommt. Captain Archer dringt mit seinen Außenteam in die Orpheus-Bergbaukolonie ein. Es kommt dort zu einem Kampf zwischen Paxton und Archer. Es gelingt Archer , den Start der Waffe zu unterbrechen. Nachdem es aber zu einem [[Hüllenbruch]] kommt und die [[Luft]] entweicht , gelingt es Paxton , die Waffe wieder zu starten. Er feuert den Strahl auf das Sternenflottenhauptquartier ab. Tucker gelingt es im letzten Moment , das Ziel der Waffe zu ändern , und die Waffe feuert auf den [[Ozean]]. Paxton und die Mitglieder von Terra Prime werden nach diesem Vorfall verhaftet.

Als Folge dieser Ereignisse wird die Konferenz zur Gründung der Koalition der Planeten verschoben und es sieht so aus, als dass diese Allianz nie gegründet wird. Archer gelingt es , die Botschafter für eine gemeinsame großartige von einer gemeinsamen, großartigen Zukunft zu überzeugen. Die Koalition der Planeten wird gegründet. ({{ENT|Dämonen|Terra Prime}})

Gemäß eines [[Geschichte|historischen]] [[Holoprogramm]]s, das [[William Thomas Riker|William T. Riker]] im Jahr [[2370]] an Bord der [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-D)]] abspielt, begibt sich die Enterprise zurück zur Erde, um an den Feierlichkeiten zur Gründung der Föderation teilzunehmen. Auf dem Weg zur Erde erhält Archer unerwartet eine Nachricht vom totgeglaubten Shran. Shran bittet Archer um Hilfe. Seine Tochter [[Talla]] ist entführt worden und er benötigt Hilfe bei der Befreiung seines Kindes. Archer und seinem Außenteam gelingt es , Talla von aus den Händen der Kriminellen auf Rigel X zu befreien. Nach der Rettung seiner Tochter, bedankt sich Shran bei Archer für seine Hilfe und die ''Enterprise'' setzt ihren Kurs zur Erde fort. Doch plötzlich dringen die Fremden an Bord der ''Enterprise'' ein und bedrohen Archer und Tucker. Die Kriminellen drohen Archer zu töten, doch Tucker gelingt es , sie abzulenken. Tucker führt die Kriminellen zu einer Station und führt an dieser eine Explosion herbei. Durch diese Explosion werden die Kriminellen außer Gefecht gesetzt. Allerdings wird Tucker dabei schwer verwundet. Archer bringt Tucker darauf sofort auf die Krankenstation, doch Phlox kann nichts mehr für ihn tun. Nach seinem Tod packt T'Pol seine Sachen zusammen und schickt sie an seine Eltern. Archer und T'Pol gedenken in diesem Moment an den verstorbenenVerstorbenen. Nach der Stilllegung der ''Enterprise'' begibt sich Archer zur Unterzeichnung der [[Charta der Vereinigten Föderation der Planeten]] und hält dort seine Rede zur Gründung der Föderation. ({{ENT|Dies sind die Abenteuer}})