Einige Wochen später erhält die ''Enterprise'' die Nachricht, dass die Erde von einer [[Xindi-Sonde|unbekannten Sonde]] angegriffen worden ist. Darauf wird die ''Enterprise'' zur Erde zurück beordert.

Auf dem Rückweg wird Archer von den Suliban gefangen genommen und zu deren |Kontaktperson aus der Zukunft gebracht. Dieser verrät dem Captain, dass eine Rasse namens [[Xindi]] für den Angriff auf die Erde verantwortlich ist und dass eine noch gefährlichere Waffe gebaut werden soll. Der Anführer erklärt Archer auch, dass die Xindi Hilfe von Fremden aus der Zukunft bekommen. Archer informiert das Sternenflottenkommando, dass ein weiter Angriff der Xindi auf die Erde bevorsteht. Aber das Sternenflottenkommando und die Vulkanier glauben Archer nicht. Soval schickt Doktor [[Fer'at]] an Bord der ''Enterprise'', welcher Archer heimlich auf seinen geistigen Zustand untersuchen soll. Fer'at gibt vor, Archer aufgrund gefährlicher Strahlung zu untersuchen. Phlox wird wegen der Fragen des Arztes über Zeitreisen misstrauisch und checkt seinen Namen in der Datenbank. So findet er heraus, dass der einzige Doktor Fer'at in der Datenbank Psychoanalytiker und kein Pathologe ist. Daraufhin verweist Phlox Fer'at von seiner Krankenstation. Zur selben Zeit wird die ''Enterprise'' für diese Mission aufgerüstet und mit [[Photoniktorpedo]]s ausgestattet. Auch Phlox bereitet sich auf die Mission vor und lässt sich eine Ladung von 200 [[Schneekäfer]]n auf die Krankenstation liefern. Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' in die Ausdehnung. ({{ENT|Die Ausdehnung}})

Innerhalb der nächsten Wochen versucht die ''Enterprise'' erfolglos Kontakt mit den Xindi aufzunehmen. In dieser Zeit suchen jeden Morgen einige Mitglieder des [[MACO]]-Teams von [[Major]] [[J. Hayes]], das für die Xindi-Mission an Bord gekommen, Phlox auf, um sich gegen [[Raumkrankheit]] behandeln zu lassen. Zu dieser Zeit leidet Tucker aufgrund des Verlustes seiner Schwester durch den Angriff der Xindi, unter Schlafentzug. Phlox verordnet ihm eine vulkanische [[Neuropressur]], welche aber nur von Subcommander T'Pol verabreicht werden kann. T'Pol weigert sich, dies durch zu führen, da sie Tucker für dieses Ritual als nicht geeignet hält. Doch auf Phlox Bitten führt sie mit Tucker die Neuropressur durch. Inzwischen erhält Captain Archer einen Hinweis, dass sich ein Xindi auf einem Planeten im benachbarten System befinden soll. Der Vorarbeiter auf der Planetenoberfläche gewährt Archer im Austausch von flüssigen [[Platin]] Kontakt zu dem Xindi [[Kessick]]. Um zu beweisen, dass Kessick ein Xindi ist, übereicht er ihn einen [[Finger]] von ihm. Phlox stellt fest, dass dieser Finger zwar Xindi ist, aber die [[Basenpaarsequenz]] sich von dem toten [[~/Person/ENT/2x26/7|Xindi-Piloten]] von der Erde unterscheidet. Diese Spezies sind nicht identisch, aber eng verwandt. Der Verwalter lässt wenig später die ''Enterprise'' angreifen, um die Crew zu versklaven und als Arbeiter einsetzen zu können. Dieser Angriff wird abgewehrt, allerdings wird Kessick tödlich verletzt. Phlox kann ihn nicht retten, allerdings diktiert er mit letzter Kraft die Koordinaten [[Xindus|seiner Heimatwelt]]. Diese gibt Phlox an Archer weiter. Kurz darauf erreicht die ''Enterprise'' die Heimatwelt der Xindi und findet diese zerstört vor und Archer befiehlt Mayweather einen Kurs zu setzen und tiefer in die Ausdehnung zu fliegen. ({{ENT|Die Xindi}})

Nachdem die ''Enterprise'' durch eine [[Delphische Anomalie|Anomalie]] schwer beschädigt worden ist, wird das Schiff von [[Osaarianer|osaarianische]] [[Pirat]]en überfallen. Darauf kümmert sich Phlox um die Verletzten auf der Krankenstation. Jedoch kann er Crewman [[Fuller (männlich)|Fuller]] nicht mehr retten. Außerdem kümmert Phlox sich um Tucker, der schlaflos ist. Er stellt Tucker vor die Wahl, entweder wieder zur Neurpressur bei T'Pol zu gehen, oder sich einen [[Aldebaranischer Schlammwurm|aldebaranischen Schlammwurm]] im [[Schlaf]] auf die [[Brust]] zu legen. Tucker entscheidet sich daher für die Neuropressur. Inzwischen kann ein Außenteam den Großteil des Diebesguts bergen. Als die Osaarianer die ''Enterprise'' angreifen, gelingt es Sato, eine Xindi-[[Datenbank]] vom Schiff sicherzustellen. ({{ENT|Anomalie}})

In den nächsten Tagen kümmert sich Phlox um Archer, da der Captain durch seine Transformation noch immer unter Alpträumen leidet. Wenig später befreien Archer und Reed eine Sklavin, welche sich als [[Rajiin]] nennt und bringen diese an Bord der ''Enterprise''. Phlox untersucht diese darauf und er bemerkt dabei ihre komplexe [[Netzhaut]]struktur. Später greift Rajiin T'Pol an und verletzt diese schwer. Phlox muss sie daraufhin behandeln und kümmert sich auch um Tucker, der von Rajiin niedergeschlagen wurde. Rajiin gelingt es inzwischen Daten über die Menschen zu sammeln und übermittelt diesen den Xindi. ({{ENT|Rajiin}})

Wenige Wochen später erhält die ''Enterprise'' einen Notruf vom vulkanischen Raumschiff [[Seleya|''Seleya'']]. Das Schiff ist in einem [[Asteroidenfeld]] mit hohen Trellium-D-Vorkommen gestrandet. Archer und ein Außenteam fliegen mit einer Fähre zum Schiff, um den Vulkaniern zu helfen. An Bord der ''Seleya'' werden die [[Nerv]]enbahnen von T'Pol beschädigt und sie verliert die Kontrolle über sich. Nachdem T'Pol zurückgebracht wird, behandelt Phlox sie auf der Krankenstation und informiert Archer, dass sie wieder genesen wird. Allerdings könne es einige Zeit dauern, bis ihre volle Kontrolle über ihre Emotionen wiederhergestellt sei. ({{ENT|Impulsiv}})

Kurz darauf glaubt Sato zu halluzinieren und sie lässt sich darauf von Phlox untersuchen. Er kann aber keine medizinische Erklärung finden. Bei einem Gespräch über Halluzinatzionen erzählt er ihr, das er Denubulaner beneidet, welche Halluzinatzionen erleben können. Tatsächlich wird sie vom [[Telepath]]en [[Tarquin]] kontaktiert, der sich wenig später zu erkennen gibt. Dieser hilft später bei der Auffindung einer Xindi-Kolonie. ({{ENT|Exil}})

Während Tucker am [[Antrieb]] arbeitet, kommt es zu einer Überladung. Er wird dabei schwer verletzt und fällt ins [[Koma]]. Da sich der Zustand von Tucker verschlechtert, will Phlox mit Hilfe einer [[Lyssarrianische Wüstenlarve|lyssarrianischen Wüstenlarve]] einen [[Klon]] erschaffen, um das geschädigte [[Gehirn|Hirngewebe]] zu ersetzen. Er hat jedoch Bedenken, da dieses Verfahren von der [[Lyssarianische Klausur|lyssarianischen Klausur]] untersagt wurde. Obwohl dies eine fragwürdige Behandlung ist, stimmt Archer den Plan von Phlox zu. Phlox beginnt darauf micht der Züchtung des Klons und er kümmert sich um diesen. Dieser bekommt den Namen [[Sim]] und entwickelt sich in kürzester Zeit von einem [[Baby|Säugling]] zu einem Erwachsenen. Inzwischen erkennt Phlox, dass Sim die Operation, welche Tucker retten soll, nicht überleben wird. Daraufhin informiert Phlox Archer. Anschließend teilen sie dies Sim mit, der Phlox daraufhin nach dem [[Velandranischer Zirkel|velandranischen Zirkel]] fragt. Dieser weiß, dass dieser Zirkel illegale Experimente an Symbionten durchführen und behauptete, einen Weg gefunden zu haben, den rapiden Alterungsprozess zu verlangsamen. Jedoch wurden diese Erkenntnisse nie bestätigt. Jedoch benötigt Phlox für die Synthetisierung des Enzyms zu lange. Da so eine Transplantation nicht mehr möglich wäre, entscheidet sich Archer, die Operation durchzuführen und Tucker zu retten, da er zu wichtig für die Mission sei. Bevor Phlox die Operation durchführt, bedankt sich Sim bei Phlox, dass er ein so guter Vater für ihn gewesen ist. Nach Sims Tod veranstaltet Archer eine [[Gedenkfeier]] für ihn. ({{ENT|Ebenbild}})

Nachdem Degra gefangen genommen wird, informiert er Captain Archer, dass sie ein [[Wahrheitsserum]] ausprobieren könnten. Es gelingt allerdings Degra mit einer Simulation zu täuschen, sodass er den [[Roter Riese|Roten Riesen]] verrät, bei dem die [[Xindi-Superwaffe]] gebaut wird. Phlox löscht anschließend sein Gedächtnis und injiziert Degra und seiner Crew etwas Plasma, sodass es aussieht, als seien sie durch einen Unfall verletzt worden. ({{ENT|Kriegslist}})