In den nächsten Wochen wird der [[Quantenslipstreamantrieb]] auf der ''Voyager'' angepasst und wieder aktiviert. Mit Hilfe des Quantenslipstreamantriebs will die Crew endlich zurück zur Erde gelangen. Nachdem man Fehlfunktionen bei einer Simulation entdeckt, macht Kim den Vorschlag, notwendige Kurskorrekturen vom Delta-Flyer aus durchzugeben. Chakotay weist Janeway bei einem gemeinsamen Abendessen auf die Risiken dieses Vorschlags hin. Jedoch hält der Captain das Risiko für akzeptabel. Beim Slipstreamflug kommt es zu einer Phasenvarianz, welche die ''Voyager'' bedroht. Chakotay fliegt den Flyer, während Kim die Phasenkorrekturen berechnet. Jedoch scheitert der Flug. ({{VOY|Temporale Paradoxie}})

Kurz darauf langweilt der Doktor die Crew mit einer Präsentation seiner Holofotos. Chakotay gehört zur ersten Gruppe, der der Doktor seine Aufnahmen präsentiert und missachtet daher den Befehl von Janeway, bei der zweiten Gruppe Roten Alarm auszulösen. Kurz darauf, wird das Schiff von einer Energiewelle getroffen und empfängt eine Nachricht. Chakotay lässt Kim diese Nachricht analysieren. Nachdem man ein beschädigtes Schiff entdeckt und den Piloten an Bord beamt, fällt dieser Torres auf der Krankenstation an und verbindet sich mit ihr. Während der Doktor Torres behandelt, versucht Chakotay mit Janeway die Sprache des fremden Schiffes zu entschlüsseln. Nachdem Tabor Crell Moset als Kriegsverbrecher wiedererkennt, fordert er Chakotay auf die Forschungsergebnisse Mosets aus der Datenbank zu löschen. Als Chakotay darauf nicht eingeht, will Tabor sein Offizierspatent niederlegen, was Chakotay ebenfalls ablehnt. ({{VOY|Inhumane Praktiken}})

Wenig später<nowiki> </nowiki>nimmt man Kontakt mit den Moneanern auf. Diese bitten um Hilfe, da sich

<nowiki> </nowiki>das Eindämmungsfeld, welches den Ozean ihres Planeten erhält, schwächer<nowiki> </nowiki>wird. Ein Außenteam, dem auch Paris angehört, untersucht daraufhin das Eindämmungsfeld am Meeresgrund mit dem Delta-Flyer. Man entdeckt, dass der Ozean durch die [[Sauerstoffraffinerie]]n geschädigt wird und informiert<nowiki> </nowiki>die Moneaner darüber. Als die Moneaner nicht auf die Hinweise reagieren, greift Tom Paris mit dem Delta-Flyer die Sauerstoffraffinerien an. Um ihn zu stoppen, schlägt Chakotay den Einsatz eines Torpedos als Wassermine vor. ({{VOY|Dreißig Tage}})

Während man das Territorium des [[Devore]]-Imperiums durchquert, müssen sich die telepathischen Besatzungsmitglieder sowie einige telepathische Flüchtlinge im Transporterpuffer verstecken, da die Devore Telepathen als Bedrohung ansehen und internieren. Chakotay übernimmt aus diesem Grund die taktische Station. Nachdem die Inspektoren das Schiff verlassen haben, übernimmt er das Kommando auf der Brücke, während sich Janeway auf die Krankenstation begibt. Wenig später informiert er den Captain, dass sie die neuen Koordinaten des Treffpunkts erhalten haben. Bald darauf nähert sich erneut ein Raumschiff der Devore. Daraufhin gibt er Roten Alarm und ruft Janeway auf die Brücke. An Bord dieses Schiffes befindet sie Inspektor [[Kashyk]], der angibt überlaufen zu wollen. Daraufhin bespricht er mit Tuvok und Janeway das weitere Vorgehen. Er möchte den Devore einsperren, was Janeway ablehnt. Kashyk hilft ihnen dabei, einen Weg zu finden, sich an den Devorekriegsschiffen vorbeizuschleichen. Jedoch werden sie von einem Aufklärungssatelliten entdeckt. Daraufhin nimmt er an einer Besprechung Teil und übernimmt das Kommando auf der Brücke, während Janeway nach Wegen sucht, die Schiffe abzulenken. Janeways Plan gelingt: Bei der nächsten Inspektion finden die Devore keine Telepathen an Bord vor. ({{VOY|Kontrapunkt}})