Einige Zeit später infizieren sich Phlox und T'Pol auf der Oberfläche eines Planeten mit einem [[Virus]]. Die beiden müssen in die Dekontaminationskammer, bis der Doktor ein Heilmittel gefunden hat. Zwar findet er schnell ein Gegenmittel, aber der Virus löst bei T'Pol das [[Pon Farr]] aus. Sie verliert daraufhin die völlige Kontrolle über sich und hat das Verlangen, sich mit Phlox zu paaren. Phlox versteht das seltsame Verhalten von T'Pol nicht und diese erklärt ihm, dass sie das Pon Farr hat und sterben wird, wenn sie sich nicht mit jemanden paart. Phlox tut alles um T'Pol zu behandeln, doch da sie noch immer an den Virus infiziert ist, darf sie die Dekontaminationskammer nicht verlassen. Da Phlox nicht willig ist, sich mit ihr zu paaren, überwältigt T'Pol ihn und verlässt die Dekontaminationskammer und begibt sie sich auf die Suche nach einem anderen Gefährten. Darauf versuchen Reed und ein Sicherheitsteam sie aufzuspüren. T'Pol versucht sich mit Reed zu paaren, doch Reed ist gezwungen, sie zu betäuben und in die Dekontaminationskammer zurück zu bringen. Als der Subcommander am nächsten Morgen erwacht, sind die Symptome des Pon Farr verschwunden, ebenso der Virus. ({{ENT|Kopfgeld}})
Nachdem eine Einige Wochen später erhält die ''Enterprise'' die Nachricht, dass die Erde von einer [[Xindi-Sonde|unbekannten Sonde]] die Erde angreift und sieben Millionen Menschen tötet, angegriffen worden ist. Darauf wird die ''Enterprise'' zurückgerufenzur Erde zurück beordert. Auf dem Rückweg wird Archer von den Suliban gefangen genommen und zu deren |Kontaktperson aus der Zukunft gebracht. Während man Dieser verrät dem Captain, dass eine Rasse namens [[Xindi]] für den Angriff auf die Erde verantwortlich ist und dass eine noch gefährlichere Waffe gebaut werden soll. Der Anführer erklärt Archer auch, dass die Trümmer Xindi Hilfe von Fremden aus der Sonde untersuchtZukunft bekommen. Archer informiert das Sternenflottenkommando, macht dass ein weiter Angriff der vulkanische Arzt DrXindi auf die Erde bevorsteht. Aber das Sternenflottenkommando und die Vulkanier glauben Archer nicht. Soval schickt Doktor [[Fer'at]] eine Untersuchung an Bord der ''Enterprise'', welcher Archerheimlich auf seinen geistigen Zustand untersuchen soll. Fer'at gibt vor, da dieser angeblich einer gefährlichen Archer aufgrund gefährlicher Strahlung ausgesetzt warzu untersuchen. Phlox wird wegen der Fragen des Arztes über Zeitreisen misstrauisch und checkt seinen Namen in der Datenbank. So findet er heraus, dass der einzige Dr. Doktor Fer'at in der Datenbank Psychoanalytiker und kein Pathologe ist. Daraufhin verweist er ihn Phlox Fer'at von seiner Krankenstation. Wenig später unterhält er sich mit TZur selben Zeit wird die ''Enterprise''Pol für diese Mission aufgerüstet und sie unterhalten mit [[Photoniktorpedo]]s ausgestattet. Auch Phlox bereitet sich, ob sie an dieser auf die Mission teilnehmen werden. T'Pol weiß aber schon, dass Phlox Archer begleitet, da vor und lässt sich eine Fähre mit Ladung von 200 [[Schneekäfer]]n unterwegs seiauf die Krankenstation liefern. Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' in die Ausdehnung. ({{ENT|Die Ausdehnung}})
Einige Innerhalb der nächsten Wochen versucht die ''Enterprise'' erfolglos Kontakt mit den Xindi aufzunehmen. In dieser Zeit suchen jeden Morgen einige Mitglieder des [[MACO]]-Teams von [[Major]] [[J. Hayes]], das für die Xindi-Mission an Bord gekommen ist, suchen jeden Morgen Dr. Phlox auf, um sich gegen [[Raumkrankheit]] behandeln zu lassen. Die Suche nach Zu dieser Zeit leidet Tucker aufgrund des Verlustes seiner Schwester durch den Angriff der Xindi führt die ''Enterprise, unter Schlafentzug. Phlox verordnet ihm eine vulkanische [[Neuropressur]], welche aber nur von Subcommander T'Pol verabreicht werden kann. T' Pol weigert sich, dies durch zu führen, da sie Tucker für dieses Ritual als nicht geeignet hält. Doch auf Phlox Bitten führt sie mit Tucker die Neuropressur durch. Inzwischen erhält Captain Archer einen Hinweis, dass sich ein Xindi auf einem Planeten mit einer Mineim benachbarten System befinden soll. Der Verwalter übergibt Captain Vorarbeiter auf der Planetenoberfläche gewährt Archer den angeblich bei einem im Austausch von flüssigen [[Platin]] Kontakt zu dem Xindi [[UnfallKessick]] abgetrennten . Um zu beweisen, dass Kessick ein Xindi ist, übereicht er ihn einen [[Finger]] eines Xindi und von ihm. Phlox stellt fest, dass dieser Finger zwar Xindi ist, aber die [[Basenpaarsequenz]] sich von dem toten [[~/Person/ENT/2x26/7|Xindi-Piloten ]] von der Erde unterscheidet. Diese Spezies sind nicht identisch, aber eng verwandt. Der Verwalter lässt wenig später die ''Enterprise'' angreifen, um die Crew zu versklaven und als Arbeiter einsetzen zu können. Dieser Angriff wird abgewehrt, allerdings wird der Xindi Kessick tödlich verletzt. Phlox kann ihn nicht retten, allerdings diktiert er mit letzter Kraft die Koordinaten [[Xindus|seiner Heimatwelt]]. Diese gibt Phlox an Archer weiter. Kurz darauf erreicht die ''Enterprise'' die Heimatwelt der Xindi und findet diese zerstört vor und Archer befiehlt Mayweather einen Kurs zu setzen und tiefer in die Ausdehnung zu fliegen. ({{ENT|Die Xindi}})
Nachdem die ''Enterprise'' durch eine [[Delphische Anomalie|Anomalie]] schwer beschädigt worden ist, wird das Schiff von [[Osaarianer|osaarianische]] [[Pirat]]en die ''Enterprise'' überfallen, . Darauf kümmert sich Phlox um die Verletzten auf der Krankenstation. Jedoch kann er Crewman [[Fuller (männlich)|Fuller]] nicht mehr retten. Außerdem kümmert er Phlox sich um Tucker, der schlaflos ist. Er stellt ihn Tucker vor die Wahl, entweder wieder zur Neurpressur bei T'Pol zu gehen, oder sich einen [[Aldebaranischer Schlammwurm|aldebaranischen Schlammwurm]] im [[Schlaf]] auf die [[Brust]] zu legen. Tucker entscheidet sich daher für die Neuropressur. Inzwischen kann ein Außenteam den Großteil des Diebesguts bergen. Als die Osaarianer die ''Enterprise'' angreifen, gelingt es Sato, eine Xindi-[[Datenbank]] vom Schiff sicherzustellen. ({{ENT|Anomalie}})
Als ein Außenteam Durch diese Datenbank erhält Archer Informationen über einen Planeten, auf einem dem sich vor kurzem einige Xindi befunden haben. Archer, T'Pol, Reed und Sato erforschen diesen Planeten. Plötzlich mutiert die [[DNS]] des Außenteams. Alle mit Ausnahme vom Subcommander werden durch einen Virus in eine andere Spezies, das eine Raumfähre der genannt [[Xindi-Arborealer|Xindi-ArborealenLoque'eque]] untersuchen sollte, umgewandelt. Auch T'Pol wird von dieser Umwandlung betroffen, jedoch ist die Mutation bei ihr nicht mehr antwortetso umfassend. T'Pol behält, entgegen dem Rest des Teams, beginnt man die Kontrolle über sich. Plötzlich kommt Tucker mit Nachforschungeneinigen MACOs in Raumanzügen auf die Planetenoberfläche und entführt Reed und bringt ihn zurück auf die ''Enterprise''. Auf den Scans kann Phlox ein vulkanisches Biozeichen, nämlich das von Da T'Polgegen diesen Virus fast immun zu sein scheint, ausmachenversucht Phlox mit Hilfe ihrer DNS ein Heilmittel zu finden. Es stellt sich heraus, dass das Außenteam in die Spezies der Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ihr Kommandant [[Loque'equeTret]] transformiert wurdewarnt die ''Enterprise'' vor dem Virus auf der Planetenoberfläche und das sie jeden Infizierten töten. Mit der Zeit entwickelt Phlox entwickelt daher ein Gegenmittel und kann sie das Außenteam so zurückverwandeln. Auf Archers Befehl legt er die letzte Probe des Virus in ein [[Stasisfeld]], damit nicht die letzten Reste dieser Zivilisation vernichtet werden. ({{ENT|Transformation}})
Die von Archer auf einem Planeten befreite Sklavin [[Rajiin]] wird von ihm untersucht und er bemerkt dabei ihre komplexe [[Netzhaut]]struktur. Nachdem sich herausstellt, dass Rajiin eine Spionin ist, greift sie T'Pol an. Phlox muss sie daraufhin behandeln und kümmert sich auch um Tucker, der von Rajiin niedergeschlagen wurde. ({{ENT|Rajiin}})