Während sich die ''Enterprise'' bei der [[Große Wolke von Agosoria|Großen Wolke von Agosoria]] befindet, lädt Archer eine Gruppe von Pilger an Bord ein, um sich ein astronomisches Schauspiel von der ''Enterprise'' aus anzusehen. Phlox nimmt dabei an den Ritualen der Pilger teil, um deren Kultur besser kennenzulernen. Außerdem demonstriert er den Gästen die Funktionsweise der Scannerkammer auf der [[Krankenstation]], als der Captain die Pilger durchs Schiff führt. Später verbringt Phlox die Nacht auf dem Schiff der Pilger. Am nächsten Tag kehrt Phlox auf die ''Enterprise'' zurück. Dort rezitiert er gemeinsam mit den Pilgern das traditionelle Gebet, als die Wolke sich entzündet. Zur selben Zeit befindet sich unter den Pilgern getarnt der Suliban [[Silik]]. Dieser greift später Archer an und Phlox behhandelt diesen darauf. Silik gelingt allerdings die Flucht von der ''Enterprise''. ({{ENT|Kalter Krieg}})

Während die ''Enterprise'' erfolgreich den [[Subraumverstärker]] [[Echo 2]] aussetzt, nähert sich plötzlich ein unbekanntes Schiff. Allerdings reagiert das fremde Schiff nicht auf die Rufe der ''Enterprise'' und zieht wieder ab. Nach einigen Stunden nähert sich das Schiff wieder, aber es reagiert wieder nicht auf die Rufe der ''Enterprise''. Stattdessen greift das fremde Schiff die ''Enterprise'' an, beschädigt diese schwer und zieht wieder von dannen. Da Archer in den Fremden eine große Gefahr sieht, beschließt er zur Erde zurückzukehren, damit die ''Enterprise'' dort mit [[Phasenkanone]]n ausgerüstet wird. Doch Reed und Tucker wollen die Phasenkanon selbst installieren, während die ''Enterprise'' zur Erde zurück fliegt. Wenig später tauchen die Fremden wieder auf und greifen die ''Enterprise'' wieder an. Darauf dringen zwei dieser Fremden an Bord der ''Enterprise'' ein und greifen einige Crewmitglieder an. Phlox behandelt die beiden Sicherheitsoffiziere, die von den Fremden angegriffen wurden. Archer erkundigt sich, ob sie wieder gesund werden, aber Phlox ist sich nicht ganz sicher. Da sie sehr aggressiven Scans ausgesetzt waren, könnten sie neurologische Schäden davontragen. Er schafft es aber, dass sie wieder vollkommen gesund werden. In den nächsten 48 Stunden gelingt es Reed mit Tucker und seinen Technikern die Phasenkanone zu installieren. Mit den Waffen können die Fremden besiegt werden. Zur selben Zeit erkundigt sich [[Hoshi Sato]] bei Phlox nach den Lieblingsgericht von Reed. Eigentlich kann er ihr auch nicht helfen, doch er wirft einen Blick in Reeds Krankenakte. Phlox erklärt Sato, dass Reed mehrere [[Allergie]]n hat, unter anderem gegen [[Bromalin]]. Da dieses Enzym in [[Ananas]] enthalten ist, folgert Sato, dass Reed gern Ananas isst. ({{ENT|Lautloser Feind}})

In den nächsten Wochen hat Phlox einige Routinebehandlungen und er gewöhnt sich immer mehr an die Menschen. Phlox ist faziniert, die Menschen bei ihrer ersten großen Forschungsmission im Weltraum zu beobachten. Phlox hat in dieser Zeit auch weiteren Kontakt zu seinen Freund Doktor Lucas. Beide tauschen ihre Erfahrungen aus, welches sie durch das Interstellare Austauschprogramm für Ärzte machen. Zu der Zeit zeigt Crewman [[Elizabeth Cutler]], welche mit ihm zusammenarbeitet ein romantisches Intresse an ihm. Beide verbringen oft ihre Freizeit zusammen. Wenig später entdeckt die ''Enterprise'' ein [[Valakianisches Shuttle|valakianisches Shuttle]]. An Bord der ''Enterprise'' behandelt Phlox die [[Valakianer]]. Diese bitten Archer um Hilfe und die ''Enterprise'' fliegt darauf nach [[Valakis]]. Die Valakianer leiden an einer tödlichen Krankheit und Phlox versucht diesen mit Archers Erlaubnis zu helfen. Bei seinen Forschungen entdeckt Phlox das die Valakianer an einer genetischen [[Krankheit]] leiden, die sich als Resultat einer [[Evolution|evolutionären]] Degeneration entwickelt hat. Diese Krankheit wird die Valakianer in Zukunft austerben lassen. Als Phlox sieht, dass noch eine weitere humanoide Spezies auf diesen Planeten lebt, welche gegen die Krankheit immun sind, beginnt Phlox die [[Menk]] zu untersuchen. Zusammen mit Cutler untersucht Phlox die Daten. Während der gemeinsamen Arbeit spricht Phlox Culter auf ihr Verhalten ihm gegenüber an. Er erzählt ihr, dass er mit drei Frauen verheiratet ist. Cutler zeigt sich zwar überrascht darüber, dass die denobulanische [[Kultur]] polygame Beziehungen bevorzugt, doch schreckt es sie keinesfalls ab. Sie überrascht Phlox ihrerseits damit, dass sie dieser kulturelle Unterschied nicht stören würde und dass dieser sie nicht davon abhalten könne eine Freundschaft mit dem Doktor einzugehen: <q>Lassen Sie uns einfach sehen, was daraus wird.</q>. Wenig später findet Phlox heraus, dass die Menk nach dem Aussterben der Valakianer die dominate Spezies auf den Planeten sein werden. Als Phlox schließlich ein Heilmittel für die Valakianer findet, kommt dieser in einen moralischen Konflikt, da dadurch die Menk in ihrer Entwicklung behindert werden könnten. Phlox teilt darauf seinen Zweifel Archer mit, doch dieser will den Valakianern helfen. Zu Phlox Überraschung entscheidet sich Archer schließlich sich nicht die Entwicklung des Planeten einzumischen. Archer übergibt den Valakianern nur ein Mittel, welches die Leiden verringertt, aber die Krankheit nicht heilt. Phlox ist von dieser Entscheidung Archers sehr beeindruckt und verabredet sich dann mit Cutler . ({{ENT|Lieber Doktor}})

Einige Zeit darauf behandelt Phlox den [[Erkältung|Schnupfen]] von Reed. Der Lieutenant beschwert sich darüber, dass man zwar mit Warpantrieb durchs All reisen kann, aber noch niemand ein Heilmittel gegen eine Erkältung gefunden hat. Phlox verabreicht ihm ein [[Hypospray]], um die Symptome zu lindern, und verordnet Bettruhe. Diese kann Reed aber leider nicht einhalten, da er für die Außenmission auf dem Klingonenschiff eingeteilt ist. Bei der Mission sitzen Reed und das Außenteam auf dem Klingonenschiff fest, während die Klinonin [[Bu'Kah]] auf die ''Enterprise'' gelangt. Phlox beginnt diese zu untersuchen und zu behandeln. Archer versucht mit der gefangenen Klingonin zu sprechen, jedoch erfolglos. Sie beschuldigt ihn, ihr Schiff angegriffen und ihre Crew vergiftet zu haben. Nachdem Phlox etwas über klingonische Psychologie gelernt hat, versucht Archer erneut, mit der Frau zu sprechen. Mit Hilfe von Phlox schafft Archer es, sie von seiner Unschuld zu überzeugen. Der Arzt hat festgestellt, dass das toxische Gift, welches die klingonische Crew krank machte, in [[Xarantinisches Bier|xarantinischem Bier]] enthalten war. Die Klingonin gibt zu, dass ihre Crew vor kurzem solches Bier erbeutet hat. Bei ihr ist die Wirkung nur etwas verzögert, weil sie sich in einem gekühlten Raum aufhielt. Phlox ist zum Glück in der Lage, ein Gegenmittel für das Gift zu entwickeln. Damit kann die klingonische Crew gerettet werden und das Außenteam kehrt auf die ''Enterprise'' zurück. ({{ENT|Schlafende Hunde}})

Nachdem der geheime Horchposten auf P'Jem enttarnt wurde, greifen die [[Andorianer]] das Kloster an und vernichten es mitsamt des Horchpostens. Die Vulkanier machen die Menschen und vor allem T'Pol für diesen Zwischenfall verantwortlich, da sie schließlich den Horchposten aufgedeckt und an die Andorianer [[verrat]]en haben. Der Subcommander soll daraufhin von der ''Enterprise'' versetzt werden und nach Vulkan zurückkehren. Zu dieser Zeit trifft Phlox T'Pol in der Messe und setzt sich zu ihr. Er hat von ihrer Versetzung durch das [[Vulkanisches Oberkommando|Oberkommando]] gehört. Er versucht nun, sie davon zu überzeugen, dass es nicht ihre Schuld ist, dass P'Jem zerstört wurde, er ist allerdings nicht sehr erfolgreich. Außerdem gibt er ihr den Tipp, dass einige Crewmitglieder eine Abschiedsparty für sie planen. Später begeben sich Archer und T'Pol auf eine letzte Mission auf [[Coridan]]. Dort wird T'Pol angeschossen, als sie den vulkanischen Kommandanten [[Sopek]] schützt. Später behandelt Phlox T'Pol auf der Krankenstation. Auch Sopek kommt dazu und will wissen, ob er sie wegen der Versetzung mitnehmen kann. Captain Archer überzeugt ihn vom Gegenteil. Als er weg ist, weckt Phlox T'Pol auf und teilt ihr mit, dass sie sich noch mindestens 24 Stunden ausruhen muss. ({{ENT|Im Schatten von P'Jem}})

Wenig später kümmert sich Phlox um Reed und Tucker, nachdem die beiden fast auf [[Fähre 1]] ums Leben gekommen währen. ({{ENT|Allein}})

Einige Zeit darauf trifft die ''Enterprise'' auf das vulkanische Raumschiff [[Vahklas|''Vahklas'']]. Captain [[Tavin]] hat mit seine Gruppe Vulkan verlassen, um ihre [[Emotion]]en zu erforschen. Wenig später greift der Vulkanier [[Tolaris]] T'Pol bei einer [[Gedankenverschmelzung]] an und vergewaltigt sie dabei. Phlox behandelt T'Pol und meldet diesen Vorfall sofort Archer. Archer verhört darauf Tolaris und testet ihn, ob er seine Emotionen unter Kontrolle hat. Archer beginnt Tolaris zu provozieren und darauf greift dieser Archer an. Archer erkennt, dass Vulkanier, welche ihre Emotionen nicht kontrollieren können, sehr gefährlich sein können, und er verweist Tolaris sofort von Bord. ({{ENT|Die Verschmelzung}})

Bei der Erforschung eines [[Einzelgänger]]s trifft ein Außenteam auf eine Gruppe von Jägern der [[Eska]] und das Außenteam begleitet diese auf der [[Jagd]]. Dabei wird [[Shiraht|einer der Jäger]] verletzt und muss von Phlox auf der Krankenstation behandelt werden. Dieser stellt dabei fest, dass die [[Phantom (Geist von Dakala)|Phantome]], welche die Eska jagen, eine intelligente Lebensform sind. Auf Archers Befehl entwickelt Phlox ein Mittel, durch das die Phantome für die Scanner der Eska unsichtbar werden. ({{ENT|Gesetze der Jagd}})

Einige Zeit später findet Tucker ein altes Artefakt auf einem [[~/Mond/ENT/1x19/1|Mond]] und T'Pol untersucht dieses Artefakt. Plötzlich beginnt ein Gas zu entweichen und die gesamte Crew, darunter auch Phlox, verliert ihr Bewusstsein. Das Gerät ist in Wirklichkeit eine Falle der [[Ferengi]], welche die ''Enterprise'' ausrauben wollen. Diese, angeführt von [[Ulis]], beginnen mit der Plünderung des Schiffes. Doch mit Hilfe von Tucker, welcher sich zu dieser Zeit in der Dekontaminationskammer befindet, gelingt es diesem zusammen mit Captain Archer und T'Pol die Ferengi von Bord der ''Enterprise'' zu vertreiben. ({{ENT|Raumpiraten}})

Gegen Ende des Jahre erfährt die Crew der ''Enterprise'' von einem [[Händler]] namens [[D'Marr]], dass sich in der Nähe ein Planet mit einem abgestürzten Raumschiff befindet. D'Marr warnt Archer jedoch, dass es auf diesem Wrack spukt. Der Captain ignoriert die Warnung und ein Außenteam erforscht schließlich das Schiff. Das Außenteam findet die Überlebenden an Bord. Der Captain, ein Mann namens [[Kuulan]] gibt an, dass sie sich seit drei Jahren auf der Oberfläche befinden. Doch bei weiteren Nachforschungen stellt sich heraus, dass ihr [[Treibhaus]] nicht ausreichend ist, um die ganze Crew zu ernähren. Außerdem lässt die [[Oxidation]] der Außenhülle darauf schließen, dass das Schiff länger als fünf Jahre, wie von [[Ezral]] behauptet, auf dem Planeten liegt. Die Crew der ''Enterprise'' stellt daraufhin Nachforschungen an und findet mehrere [[Rettungskapsel]]n im Orbit. Man bringt eine davon an Bord und öffnet sie. Darin entdeckt man die [[Leiche]] des Ingenieurs [[Shilat]] und Phlox meint danach, dass seine Dienste wohl nicht mehr benötigt werden. Schließlich findet Tucker das Geheimnis heraus: Die gesamte Besatzung auf der Oberfläche besteht aus [[Hologramm]]en, mit Ausnahme von [[Liana]] und Ezral. Als er das Geheimnis der beiden erfährt, bietet Archer trotzdem seine Hilfe an, um das Schiff zu reparieren, damit die beiden endlich zurück nach Hause können. ({{ENT|Schiff der Geister}})

=== 2152 ===

Als sich Tucker bei einem [[Geskana-Spiel]] verletzt, meint Archer, dass sich Phlox das ansehen solle, sobald sie wieder auf der ''Enterprise'' seien. ({{ENT|Durch die Wüste}})