Einige Zeit später versucht die ''Voyager'' mit Hilfe des [[Quanten-Slipstream-Antrieb]]s zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en. Da es im Slipsteam einige Turbulenzen gibt , fliegt der ''Delta Flyer'' vor der ''Voyager'', um die [[Kurs]]korrekturen zu senden, damit die ''Voyager'' diesen ausweichen kann.

In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] schickt Kim die falschen Korrekturen an die ''Voyager''. Dadurch wird die ''Voyager'' aus dem Quanten-Slipstream geschleudert und prallt mit voller [[Impulsantrieb|Impulsgeschwindigkeit]] auf einen [[Planet]]en und die gesamte Crew der ''Voyager'' [[Tod|stirbt]]. Nur der ''Delta Flyer'' mit Chakotay und Kim gelangen zurück zur Erde. Über die nächsten Jahre gibt sich Kim die [[Schuld]] für den Tod der Crew, da er die Kurskorrekturen falsch berechnet hat. [[2390]] [[Diebstahl|stehlen]] Kim und Chakotay den ''Delta Flyer'' aus einer [[Schiffswerft]] der [[Föderation]]. Auf eigene Faust suchen sie die auf einem [[Eis]]planeten gestrandete und seit 15 Jahren tief im [[Eis]] begrabene USS ''Voyager''. Mit Hilfe der [[Implantat|Schädelimplantate]] der im Eis gefundenen Seven wollen Kim und Chakotay eine Nachricht in die Vergangenheit schicken, um die ''Voyager'' vor der Katastrophe zu bewahren. Während dieser temporalen Rettungsaktion wird der ''Delta Flyer'' von der [[USS Challenger (NCC-71099)|USS ''Challenger'']], einem Schiff der [[Galaxy-Klasse]] unter dem [[Kommando]] von Captain [[Geordi La Forge]], entdeckt. Während dem Kampf mit der ''Challenger'' und dem erfolglosen Fluchtversuch des ''Delta Flyers'' kommt es zu einer Überladung der [[Warpmatrix]]. Captain La Forge [[befehl|befiehlt]] Chakotay das Senken der [[Schutzschild|Schilde]], um die Flüchtigen auf die ''Challenger'' zu [[beamen]] und so zu retten. Um Kim und dem [[Der Doktor|Doktor]] Zeit zu verschaffen, senkt Chakotay die Schilde des ''Delta Flyers'' jedoch nicht. Im letzten Moment gelingt es Kim , die richtigen Kurskorrekturen an Seven zu schicken, damit sich, in der Vergangenheit, der Quanten-Slipstream auflöst. Daraufhin [[Explosion|explodiert]] der ''Delta Flyer'' durch den [[Warpkernbruch]]s im Moment der Änderung der Zeitlinie.}}

Obwohl plötzlich der Kontakt zum ''Delta Flyer'' abbricht , empfängt Seven of Nine eine Botschaft von Kim mit neuen Kurskorrekturen. Aber anstatt den Turbulenzen auszuweichen , beginnt sich der Quanten-Slipstream aufzulösen und die ''Voyager'' und der ''Flyer'' kehren in den normalen Raum zurück. Obwohl die ''Voyager'' es nicht nach Hause geschafft hat, wird die Reise der ''Voyager'' um zehn Jahre verkürzt. Später erfährt die Crew, dass die Botschaft von Kim aus der Zukunft stammt. ({{VOY|Temporale Paradoxie}})

Einige Zeit später erreicht die ''Voyager'' die [[Moneanische Wasserwelt]]. Um diese Welt zu erforschen , modifiziert Paris den ''Flyer'', damit der in die Wasserwelt eindringen kann. Durch die Modifikation kann der ''Flyer'' den hohen Wasserdruck aushalten. Paris, Seven, Kim und der [[Moneaner]] [[Riga]] erforschen die weiten tiefen der moneanischen Wasserwelt. Bei den Forschung stellt Paris fest, dass die Moneaner durch den extremen Ressourcenabbau ihre eigene Welt zerstören. Sämtliche Warnungen von Paris und Riga stoßen bei dem stellvertretende [[Konsul]] [[Burkus]] auf taube Ohren. Schließlich stehlen Paris und Riga den ''Flyer'' um die [[Sauerstoffraffinerie]]n auf dem Planeten zu vernichten, um so den Planeten zu retten. Captain Janeway ist gezwungen , den ''Flyer'' aufzuhalten , und schießt einen [[Photonentorpedo]] auf den ''Flyer''. Sie [[Degradierung|degradiert]] darauf Tom Paris für sein Verhalten zum [[Fähnrich]] und er erhält eine [[Arrest]]strafe von 30 Tagen. ({{VOY|Dreißig Tage}})

Kurz darauf wird der ''Flyer'' benutzt, um die von den Borg [[Entführung|entführte]] Seven zu befreien. Für die weite Strecke zum Borg-[[Unikomplex]] wird das Schiff mit einer geborgenen [[Transwarpspule]], sowie mit einem [[Multiadaptiver Schild|multiadaptivem Schild]] ausgerüstet. Es gelingt Captain Janeway , Seven zu befreien, aber der ''Flyer'' wird von den Borg entdeckt. Die [[Borg-Königin]] verfolgt den ''Flyer'' mit [[~/Raumschiff/VOY/5x15/1|ihrem Schiff]] durch den [[Transwarpkanal]]. Es kommt in den Kanal zu einem Kampf zwischen beiden Schiffen, bei dem der ''Flyer'' unterlegen ist. Der ''Delta Flyer'' erreicht im letzten Moment die ''Voyager'' und der ''Voyager'' gelingt es , das Borgschiff zu vernichten. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})

Tuvok verwendet den ''Delta Flyer'' dazu, um nach Kim und [[Derran Tal]] zu suchen, welche sich mit einem Shuttle unerlaubt von der ''Voyager'' entfernt haben. Tuvok gelingt es mit dem ''Flyer'' , die beiden aufzuspüren. ({{VOY|Das Generationenschiff}})

[[Datei:Delta Flyer in der Graviton-Ellipse.jpg|thumb|Der ''Delta Flyer'' in der Graviton-Ellipse.]]Anfang [[2376]] verwenden Tuvok und [[Neelix]] den ''Delta Flyer'', um [[Diplomatie|diplomatischen Kontakt]] mit den [[Kesat]] aufzunehmen. Die Mission verläuft erfolgreich, aber auf den Rückflug zur ''Voyager'', wird Tuvok von einer unbekannten Lebensform angegriffen. Tuvok verliert dabei sein Bewusstsein, er kann aber später vom Doktor gerettet werden. Mit Hilfe des Kesat, denn dem stellvertretenden Ermittler [[Naroq]] , wird der Angreifer ermittelt. Es stellt sich heraus, dass die fremdenfeindliche Spezies [[Ba'Neth]] Tuvok angegriffen haben, um zu verhindern, dass diese entdeckt werden. ({{VOY|Rätsel}})

Wenige Wochen später wird der ''Delta Flyer'' umgerüstet, um eine [[Graviton-Ellipse]] zu erforschen. Auf der Mission befinden sich Chakotay, Paris und Seven. In der Graviton-Ellipse befinden sich die Überreste von vielen Schiffen, welche nicht mehr aus der Graviton-Ellipse heraus gekommen sind. Unter den Trümmern befinden sich auch die Überreste von [[Ares IV|''Ares IV'']], einem Forschungsschiff der [[Mensch]]heit aus dem [[21. Jahrhundert]]. Chakotay will sämtliche Daten über die ''Ares IV'' und ihren verschollenen Piloten [[John Kelly]] sammeln. Er versucht , die ''Ares IV'' mit dem [[Traktorstrahl]] zu bergen, als die Graviton-Ellipse mit einem [[Asteroid]] aus [[Dunkle Materie|dunkler Materie]] [[Kollision|kollidiert]]. Der ''Flyer'' kann die Graviton-Ellipse nicht mehr rechtzeitig verlassen und wird bei dieser Kollision beschädigt. Chakotay wird dabei verletzt. Der ''Flyer'' hat kaum noch genug [[Energie]] , um die Graviton-Ellipse zu verlassen , und droht mit ihr im [[Subraum]] zu verschwinden. Seven gelingt es , einen [[Ionenverteiler]] von der ''Ares IV'' zu bergen, um somit . Somit kann der ''Flyer'' mit Hilfe dieser alternative Energiequelle die Graviton-Ellipse im letzten Moment zu verlassen. Seven gelingt es auch , den Leichnam von Kelly zu bergen und auf der ''Voyager'' wird ihm zu [[Ehre]]n eine Gedenkfeier abgehalten. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})

Kurz darauf befinden sich Chakotay, Paris, Kim und Neelix auf einer Mission, als der ''Delta Flyer'' von einem [[Borg-Kubus]] angegriffen wird. Es kommt zu einem kurzen Kampf zwischen den Borg und dem ''Flyer''. Die Borg erfassen den ''Flyer'' mit ihrem Traktorstrahl und schleppen diesen in ihren [[Hangar]]. Beim Kampf gegen den Kubus befindet sich Kim in einer Jefferies-Röhre und wird dort verletzt. Dabei verliert Kim sein Bewusstsein. Die Borg nehmen die Crew mit Ausnahme von Kim gefangen. Der Kubus wird nur von Borgkinder Borgkindern kontrolliert , die später mit der ''Voyager'' um die Freilassung der [[Geisel]]n verhandeln. Später gelingt es Captain Janeway mit Hilfe von Seven , mit den Borgkindern zu verhandeln. Die Verhandlungen verlaufen schließlich erfolgreich, die Geiseln werden befreit und die Borgkinder werden vom [[Borg-Kollektiv]] getrennt. ({{VOY|Das Kollektiv}})

[[Datei:Delta Flyer abgestürzt.jpg|thumb|Der abgestürzte ''Delta Flyer''.]]

Einige Wochen später will Captain Janeway einen [[Klasse-T-Cluster]] erforschen. Diesen Cluster erforscht sie mit dem ''Delta Flyer''. Bei dieser Mission begleiten sie die [[Crewman|Crewmen]] [[Mortimer Harren]], [[William Telfer]] und [[Tal Celes]]. Während der Mission reißt eine Anomalie ein Stück der [[Schiffshülle|Außenhülle]] vom ''Delta Flyer'' und neutralisiert 90% der [[Antimaterie]], wodurch der ''Flyer'' nicht mehr auf [[Warp]] gehen kann. Janeway sendet darauf einen [[Notruf]] an die ''Voyager''. Da der ''Flyer'' nicht mehr über genügend [[Energie]] verfügt, um den [[Warpantrieb]] zu nutzen, schlägt Captain Janeway vor, vom [[Planetenring|Orbitalring]] eines nahe liegenden [[Gasriese]]n der [[Klasse T|T-Klasse]] [[Radiogenes Partikel|radiogene Partikel]] aufzufangen, um den [[Warpreaktor]] damit zu reinitialisieren. Durch eine weitere Anomalie wird Tefler von Bord gebeamt. Kurze Zeit später erscheint Telfer wieder, jedoch hat sich eine wurmartige [[Lebensform]] in seinem Körper eingenistet. Als diese Kreatur Tefler verlässt , tötet Harren diese mit einem [[Phaser]]. Daraufhin wird der ''Flyer'' erneut angegriffen. Janeway versucht, mit dem ''Delta Flyer'' Schutz im Orbitalen orbitalen Ring des Gasriesen zu finden, doch die Anomalie folgt ihnen und kommt rasch näher. Janeway plant, die Radiogenen radiogenen Partikel im Ring zu [[Feuer|entzünden]] und den Auswirkungen der Explosion dann augenblicklich mit dem zwischenzeitlich wieder verfügbaren Warpantrieb zu entrinnen. Da das ein gefährliches Unterfangen ist, bittet Janeway die drei Crewmitglieder zuvor, den ''Flyer'' mit den Rettungskapseln zu verlassen. Jedoch wollen Tal und Telfer nicht von Janeways Seite weichen und auch Harren steuert mit seiner Rettungskapsel nicht wie befohlen zur Flucht an, sondern versucht, die Angreifer vom ''Flyer'' abzulenken, woraufhin er zurückgebeamt wird und der ''Delta Flyer'' der Explosion gerade noch entkommen kann. Die Schockwelle holt den ''Flyer'' zwar ein, zerstört ihn jedoch nicht. Schließlich kann die Crew von der ''Voyager'' gerettet werden. ({{VOY|Der gute Hirte}})

[[Datei:Zerstörung des Delta Flyers.jpg|thumb|left|Die Zerstörung des ''Delta Flyers'' durch die Borg.]]

Während einer Forschungsmission wird der ''Delta Flyer'' schwer beschädigt. Auf den Befehl von Torres verlässt Kim mit einer Fluchtkapsel den ''Flyer''. Torres muss mit dem ''Flyer'' auf einen [[~/Planet/VOY/6x22/1|fremden Planeten]] [[Notlandung|notlanden]]. Auf dem Planeten wird Torres von dem [[Poet]] [[Kelis]] gefunden. In ihrem [[Fieber]]wahn erzählt sie die Geschichte der ''Voyager'' und Kelis dichtet daraus die Geschichte der [[Voyager-Ewigen]]. Später bittet Kelis Torres um Hilfe, damit er seine Geschichte weiter erzählen kann. Torres fordert dafür als Gegenleistung, dass Kelis ihr Dilithiumkristalle, welche reichlich auf der Planetenoberfläche vorhanden sind, besorgt. Kim, der zu dem Planeten zurückgekehrt ist , findet Torres im beschädigten ''Flyer''. Schließlich werden die beiden von der ''Voyager'' gerettet und der Flyer wird geborgen und repariert. ({{VOY|Die Muse}})

Anfang [[2377]] wird der Nachfolger des ''Flyers'', der [[Delta Flyer (2377)|''Delta Flyer'']] , gebaut. ({{VOY|Unvollkommenheit}})