Sisko ist eine Schlüsselfigur im Krieg der Föderation gegen das Dominion. Er provozierte das Dominion wiederholt trotz des Wissens, wie aggressiv dieses ist. Durch die Aktion das Wurmloch zu vermienen verminen und damit die Nachschubwege des Dominions vom Gebiet der [[Cardassianer]] zu ihrer Heimat abzuschneiden lieferte Sisko einen willkommenen Kriegsgrund für das Dominion.

Im Laufe des Krieges bewieß bewies er sich wiederholt und wurde nicht zuletzt wegen seiner Leistungen vor dem Krieg zum [[Captain]] befördert, zudem akzeptierte er seine Rolle als [[Abgesandter]] und verhinderte den Eintritt Bajors in die Föderation.