[[2377]] findet sie sich auf dem Borg-Kubus wieder und versucht Zugriff auf die Computersysteme zu erlangen. Dabei trifft sie auch Tuvok wieder, jedoch wissen beide nicht, wo Captain Janeway hingebracht wurde. Sie begeben sich daher zum [[Zentraler Plexus|zentralen Plexus]]. Dort treffen sie auf Janeway und setzen ihren Weg fort. Sie versucht den Virus freizusetzen, während Janeway mit Tuvok spricht und ihn auffordert den Kampf gegen die Borg fortzusetzen. Es gelingt Torres inzwischen die Tür zu öffnen und in den zentralen Plexus einzudringen. Nachdem sie das Virus freigesetzt haben, wird Tuvok eins mit dem Kollektiv und stellt sich ihnen entgegen. Sie versuchen zu fliehen, jedoch wird Torres von Tuvok niedergeschlagen. Als sie wieder zu sich kommt , kann sie sich befreien und stellt erfreut fest, dass die ''Voyager'' den Kubus angreift. Sie sabotiert die Schilde im Subgitter 42, sodass die beiden Schiffe den Kubus schwer beschädigen können.Die Königin leitet daraufhin die Selbstzerstörung ein, jedoch kann Torres rechtzeitig rausgebeamt werden. Anschließend wird sie auf der Krankenstation vom Doktor behandelt. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil II}})

Einige Wochen später wollen Paris und Torres einen romantischen Abend verbringen. Paris gestaltet für Torres ein 3D-Kino aus dem 20. Jahrhundert, doch plötzlich entdecken die beiden [[Tabor]] verletzt im Kino. Als wenig später weitere Maquis angegriffen werden, patrolieren patrouillieren sie durch das Schiff. Torres und Chell sprechen darüber im Gang, wobei Torres Chells Verschwörungstheorien ablehnt. Wenig später geht sie allein in Frachtraum 2, wo Chakotay bald nach ihr sucht. Jedoch wurde sie bereits von Tuvok angegriffen und telepathisch betäubt. Nach 29 Stunden erwacht sie mit den anderen Maquis aus dem Koma. Nachdem Tuvok ein Codewort hört, dass seine Konditionierung auslöst, überträgt er dieses über das Komsystem und die Maquis werden dazu gebracht, zu rebellieren. Torres übernimmt mit zwei Maquis den Maschinenraum und betäubt die dortigen Ingenieure. Nachdem das Schiff unter Kontrolle gebracht wurde, hat sie das Kommando auf der Brücke und lässt das Schiff in den Orbit eines Klasse-M-Planeten fliegen. Als sie dort ankommen, befiehlt Torres die Sternenflottencrew auf den Planeten zu beamen. Jedoch hebt Chakotay diesen Befehl auf und hält die Meuterer mit seinem Phaser in Schach. Anschließend führt Tuvok eine Gedankenverschmelzung mit Torres durch, um sie aus der Kontrolle von Teero zu befreien. Gemeinsam mit Tom Paris und einem Großteil der Crew sieht sich bald darauf einen Film auf dem Holodeck an. Als Janeway während der Vorführung mit Tuvok spricht, fordert Torres sie mit einem Zischen auf, ruhig dem Film zu folgen. ({{VOY|Verdrängung}})

Anschließend versucht Torres das Schiff der Hologramme, mit einem Impuls zu stoppen. Jedoch leiten diese Gegenmaßnahmen ein, wodurch Torres durch eine Energieentladung verletzt wird. Anschließend wird sie durch die Hologramme entführt und an Bord von deren Schiff gebeamt. Dort wird sie vom Doktor versorgt und stellt ihn wegen ihrer Entführung zur Rede. Der Doktor argumentiert, dass die Hologramme ihr Wort halten werden und sie Ihnen ihnen nur helfen soll, einen Konflikt zu beenden. Torres erklärt sich daraufhin bereit, sich das Problem anzusehen. Allerdings macht sie keine konkreten Zusagen. Gemeinsam mit Kejal untersucht sie den Feldgenerator. Sie erkennt, dass das Problem mit diesem Gerät darin liegt, dass die optronische Kapazität zu gering ist. In einem Gespräch mit Kejal, erklärt sie ihr, dass nicht jeder Klingone blutrünstig und nicht jeder Cardassianer grausam ist. Torres will ihr nicht helfen, da sie nicht weiß, was sie mit der Technologie anfangen werden. Nach einigem Zögern willigt sie dennoch ein und modifiziert mit Kejal den photonischen Feldgenerator, sodass er die Programme der Hologramme speichern kann. Wenig später wird sie vom Doktor aufgesucht, der ihr berichtet, dass Iden Anzeichen von Größenwahn zeigt. Nachdem Iden ein Raumschiff mit zwei Humanoiden vernichtet, um drei Hologramme zu befreien, entschließt sich der Doktor mit Torres Fluchtpläne zu schmieden. Nachdem klar wird, dass die drei Hologramme primitiv und nicht erweiterungsfähig sind, empört sich Torres über Iden und wird arretiert. Nachdem Iden die Crews zweier Hirogenschiffe auf die Oberfläche eines Planeten beamen lässt, um sie dort zu jagen, bleibt sie mit Kejal zurück. Diese lässt sie jedoch frei, da sie Idens Pläne nicht länger unterstützen kann. Gemeinsam können sie alle Hologramme, bis auf Iden deaktivieren. Nachdem es dem Doktor gelungen ist Iden abzuschalten, wird ein Waffenstillstand mit den Hirogen ausgehandelt und diese ziehen ab. Anschließend berichtet Torres Janeway, dass sie, Donik und Kejal alle Hologramme gesichert haben, jedoch Idens Programm nicht wiederherstellbar ist. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil II}})

Bald darauf bricht sie im Maschinenraum zusammen und wird von Seven of Nine auf die Krankenstation gebracht, weil sie schwanger ist. Durch eine holografische Extrapolation des Doktors, erfährt sie, dass ihr Kind wohl klingonische Stirnwülste haben wird. Dies erinnert sie an ihre Kindheit, in der sie wegen ihrer teilweise klingonischen Physiologie gehänselt wurde. Sie fasst den Entschluss, dass ihr Kind dies nicht durchleben soll. Als es ihr nicht gelingt ihren Mann und den Doktor von der Notwendigkeit dieser Operation zu überzeugen, manipuliert sie das MHN, sodass dieses die Operation empfiehlt. Jedoch entdeckt Paris mitithilfe mithilfe von Seven und Nine und Icheb die Manipulation und kann die Operation verhindern. Anschließend stellt er Torres zur Rede und sie offenbart ihm, dass ihr Vater sie nach einem Campingausflug mit ihren Cousins verließ. Paris beruhigt sie daraufhin, dass ihre Beziehung nicht dieselbe ist, wie die von Torres' Eltern. Daraufhin versöhnen sie sich und Torres macht die Modifikationen am Doktor rückgängig und entschuldigt sich bei ihm. ({{VOY|Abstammung}})

Als der Doktor einen Holoroman schreibt, dessen Figuren sich vage an der ''Voyager''-Crew orientieren, sieht sie sich dieses Programm an und bespricht es anschließend mit Kim und Paris. Im Gegensatz zu Kim, glaubt sie nicht, dass Jemand jemand die Handlung ernst nimmt. Als Paris mit dem Captain sprechen will, fügt sie hinzu, dass er wohl neidisch ist. Anschließend lässt sie das Programm selbst laufen. Sie übernimmt die Rolle des Doktors und wird von Marseille in den Maschinenraum geschickt, damit dieser sich vergnügen kann. Dort streitet sich Torres mit der holografischen Chefingenieurin [[Torrey]], weil es keinen Notfall gibt. Als sie auf die Krankenstation zurückkehrt, findet sie Marseille und ein Besatzungsmitglied küssend vor. Marseille droht ihr anschließend die Dekompilierung an, wenn sie seiner Frau davon erzählt. Da neben Torres auch die anderen Freunde des Doktors von dem Werk schockiert sind, will dieser den Roman nochmals modifizieren und bespricht dies mit den Anderen. Mit dem Datenstrom hat Torres auch einen Brief von ihrem Vater erhalten, der mit ihr sprechen will. Sie hadert allerdings mit sich und erwägt lieber mit ihrer Cousine zu sprechen. Paris überredet sie allerdings mit ihm zu sprechen. In diesem Gespräch, verhält sie sich zunächst ablehnend, jedoch wird sie weich und kündigt ihrem Vater an, ihm einen Brief zu schreiben. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})