Änderungen
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Wenig später verändert der Doktor sein Programm so, dass er Tagträume erleben kann. Als Torres dies erfährt, ist sie skeptisch, ob der Arzt dabei alles richtig gemacht hat. Bei einer bald darauf stattfindenden Lagebesprechung ist der Doktor dann auch geistesabwesend. Sie erkundigt sich bei ihm, was los sei und er berichtet, dass er seinem Programm die Fähigkeit zu Tagträumen hinzugefügt hat. Jedoch haben die Algorithmen Fehlfunktionen. So versucht der Doktor den Warpkern auszustoßen, kann aber von Kim, Torres und Seven of Nine in letzter Sekunde davon abgehalten werden. Anschließend stabilisiert Torres die Matrix des Doktors. Wenig später greifen Schiffe der Hierarchie die ''Voyager'' an. Durch die Warnung eines Mitgliedss der Hierarchie, können rechtzeitig Gegenmaßnahmen eingeleitet werden und der Doktor übernimmt das Kommando auf der Brücke. Dank eines Bluffs des Doktors, zieht sich das Schiff zurück und dem Arzt wird dafür<nowiki> </nowiki>ein Orden verliehen. Bei der Verleihungszeremonie ist Torres im Kasino anwesend. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})
Nachdem das Schiff von den [[Turei]] angegriffen wird und auf der [[Vaadwaur]]-Heimatwelt landen muss, gehört Torres zu einem Team, dass den Warpantrieb reparieren soll. Später unterstützt sie [[Morin]] dabei, die übrigen Vaadwaur in den Stasiskapseln aufzuwecken. Anschließend aktivieren sie die Raumschiffe der Vaadwaur. Dabei kommen sie ins Gespräch und Morin äußert seine Bewunderung für Kahless. Außerdem berichtet er, dass sie sich als Kinder jeden Abend eine andere Art zu sterben vorstellen mussten, worauf Torres erwidert, dass sie lieber mit einem guten Buch einschläft. Die Vorbereitungen verlaufen erfolgreich und so kann die ''Voyager'' vom Planeten starten und in die SUbraumkorridore Subraumkorridore entkommen. ({{VOY|Die Zähne des Drachen}})
[[Datei: Torres überzeugt Paris.jpg|thumb|right|Torres überzeugt Paris auf die ''Voyager'' zurückzukehren]] Weil Tom Paris ein Shuttle erwirbt, welches er ''[[Alice (Shuttle)|Alice]]'' tauft, vernachlässigt er Torres und ihre Beziehung. Jedoch ist Torres besänftigt, als er ihr das Shuttle zeigt. Während Paris' Date spielen die Umweltkontrollen verrückt. Paris korrigiert die Umweltkontrollen und Torres hört die Ansage, deren Stimme sie verführerisch findet. Als Paris das Schiff zunehmend vermenschlicht, ist Torres darüber verärgert und verlässt wütend das Shuttle. Am nächsten Tag bemerkt Kim ihre schlechte Laune und spricht mit ihr darüber. Er versucht sie mit einer Lebensweisheit der Ferengi zu beruhigen, nach der Tom Paris kurz davor steht das Interesse an Alice zu verlieren. In diesem Moment bemerkt sie jedoch einen Energieabfall und sucht nach der Ursache. Sie erkennt, dass vier Energiezellen ohne Genehmigung entfernt wurden und ihr ist klar, dass Paris diese Zellen entfernt hat. Anstatt Tuvok zu informieren, geht sie selbst in den Frachtraum und betritt ''Alice''. Sie wird jedoch im Schiff eingeschlossen und durch den Ausfall der Lebenserhaltung in Lebensgefahr gebracht. Auch das Komsystem wird von ''Alice'' blockiert, jedoch entdeckt Paris sie gerade noch rechtzeitig und öffnet die Tür von außen. Torres verlässt in Panik den Frachtraum und berichtet Paris, dass sein Schiff sie umbringen wollte. Daraufhin streiten die Beiden heftig und Torres fragt wieso er Komponenten stiehlt. Paris versucht den Diebstahl herunterzuspielen, was sie jedoch nicht akzeptiert und sich auf den Weg zum Captain macht. Paris läuft ihr nicht hinterher, sondern stellt die Illusion von Alice zur Rede. Torres berichtet davon Captain Janeway und macht das Schiff dafür verantwortlich. Nachdem Paris wenig später mit dem Schiff wegfliegt, arbeitet sie mit dem Doktor an der Ursachenforschung. Man erkennt, dass das neurale Interface des Schiffes den Piloten beeinflusst und kontrolliert. Daher verfolgt man Paris und stellt ihn. Der Doktor verbindet Torres mit dem Interface, damit sie mit dem Piloten sprechen und ihn überzeugen kann auf die ''Voyager'' zurückzukehren. Bei der Untersuchung von Paris auf der Krankenstation, verordnet der Doktor Bettruhe und betraut Torres mit der Überwachung derselben. Sie droht Paris sogleich im Falle der Zuwiderhandlung, ihm an, beide Beine zu brechen. Dann gibt sie ihm eine Karte mit Genesungswünschen von Naomi Wildman und die beiden sprechen sich aus. Torres beruhigt ihn, dass es nicht seine Schuld war. Sie sprechen sich aus und sie versöhnen sich. ({{VOY|Alice}})
Nachdem man in einer [[Gravitonellipse]] ein irdisches Raumschiff entdeckt, informiert sie mit Chakotay die Führungsoffiziere über die [[Ares IV]] und ihre Mission zum Zeitpunkt ihres Verschwindens. Um das Raumschiff bergen zu können modifziert sie mit Kim die Schilde nach dem Vorbild der Borg. Auf diese Weise wollen sie es der ''Voyager'' ermöglichen, unbeschadet in die Anomalie eindringen zu können. Aufgrund von Problemen, entschließt man sich jedoch den Delta-Flyer zu benutzen, dessen Flug von Torres und Tuvok auf der ''Voyager'' überwacht wird. Nachdem der Flyer beschädigt wird, erkennt sie, dass die Ionenverteiler der Ares für den Flyer modifiziert werden können. Nachdem dies geschehen ist, steuert sie die ''Voyager'' zum Flyer und beamt ihn an Bord. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})
Nachdem es auf dem ganzen Schiff zu diversen Fehlfunktionen kommt, meldet sie Captain Janeway die Schäden. Bei der Suche nach den Ursachen der Fehlfunktionen entdecken sie im Kasino ein defektes Energiemodul. ({{VOY|Lebe flott und in Frieden}})
Bei einer Außenmission mit dem ''Delta Flyer'' muss Torres auf einem Planeten notlanden, auf dem eine Präwarpzivilisation existiert. Dort wird sie vom Einheimischen Kelis gefangen genommen, der von ihr Informationen über die ''Voyager'' verlangt, damit er daraus ein Theaterstück für seinen Patron schreiben kann. Gemäß Torres Anweisungen behandelt er ihre Wunden und spielt das Logbuch ab. Sie erfährt, dass sie bereits acht Tage auf diesem Planeten ist. Kelis berichtet weiter, dass er einen Feuerschweif am Himmel sah und ihre Wunden versorgte. Er bittet um weitere Informationen. Torres nimmt einen Phaser, vaporisiert einen Ast und jagt Kelis weg. Später kehrt er zurück und bringt ihr für eine Geschichte von der Erde ihr Abendessen. Torres verlangt von ihm Dilithium, ehe sie ihm weitere Informationen gibt. ({{VOY|Die Muse}})
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