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Das Memory Alpha Projekt hatte seinen Ursprung im September 2003, als [[:en:User:Harry Doddemma|Harry Doddema]] vorschlug, die erfolgreiche Struktur der [http://www.wikipedia.org Wikipedia] für eine offene ''Star Trek'' Datenbank zu verwenden. Zuvor waren die meisten ''Star Trek'' Datenbanken von einzelnen oder kleinen Gruppen erstellt worden, waren zu groß, zu unübersichtlich, zu veraltet oder nicht frei zugänglich (wie die Datenbank der offiziellen ''Star Trek'' Seite).
Zur selben Zeit hatte [[:en:User:MinutiaeMan|Dan Carlson]] das Problem von der anderen Seite angepackt. Dan hatte langsam über die letzten zehn Jahre eine eigene Datenbank aufgebaut, die ''Starfleet Reference Databank''. Allerdings war sie weit entfernt von der Vollständigkeit wegen anderer Einschränkungen. Dan stand vor der Erkenntnis, dass die Dufstellung Aufstellung einer Referenzquelle mehr Arbeit erforderte, als eine Person aufwenden könnte.
Das Projekt wurde dann am 11. November 2003 gestartet, als Harry und Dan die Software für Memory Alpha installierten. Der Einfachheit halber entschied man sich ein bestehendes Wikiprogramm zu benutzen, um ein zeitaufwendiges zeitaufwändiges Schreiben zu vermeiden. Ursprünglich benutzte man die Wiki-Software von [http://tikiwiki.org TikiWiki], aber nach einer Woche entschied man sich, dass die Software zu langsam und unbrauchbar für das Projekt war. Die bestehende Datenbank (die sehr, sehr klein war) wurde in das [http://mediawiki.sourceforge.net MediaWiki] System übertragen, das sehr viel sehr mehr auf puren Wiki-Inhalt ausgerichtet ist. Außerdem hat MediaWiki mehrere Funktionen zur Wiki-Verwaltung, die TikiWiki nicht hat, überwigend überwiegend in der Artikelverwaltung und Textformatierung.
Memory Alpha wurde offiziell am 5. Dezember 2003 geöffnet, nach einer kurzen Beta-Testphase. Die Mitgliederzahl wuchs ständig über die nächsten paar Wochen und erfuhr einen Mitgliederschub, als [http://www.trektoday.com TrekToday] am 23. Dezember über das Projekt berichtete.