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Nach dem Ende der Allianz verbleibt die Borg-Drohne [[Seven of Nine]] auf der Voyager und wird Mitglied der Crew. Wenige Tage später hat die ''Voyager'' den Borgraum durchquert und [[Kes]] verlässt wegen ihrer wachsenden telepathischen Fähigkeiten das Schiff. Als Dank an die Crew befördert sie das Schiff mit Hilfe ihrer Fähigkeiten 9500 Lichtjahre in Richtung Erde. ({{VOY|Skorpion, Teil II|Die Gabe}})
Die ''Voyager'' entdeckt ein weit verzweigtes Kommunikationsnetzwerk der [[Hirogen]], das bis an den Rand des [[Alpha-Quadrant]]en reicht. Da sich ein [[Liste von Sternenflottenraumschiffen|Sternenflottenschiff]] in Reichweite des Netzwerkes befindet, wird kurzerhand der Doktor auf die [[USS Prometheus (Prometheus-Klasse)|USS ''Prometheus'']] transferiert. Dieses Schiff war kurz zuvor von [[Romulaner]]n übernommen worden, der Doktor kann es aber mit der Unterstützung eines [[MHN|MHN Typ II]] zurückerobern und der Sternenflotte Bericht erstatten. Diese ruft daraufhin das [[Pfadfinder-Projekt]] ins Leben. Die Voyager ist zu diesen Zeitpunkt noch über 60.000 Lichtjahre<ref name="entfernung" /> von Zuhause entfernt. ({{VOY|Flaschenpost}})
Die Hirogen erobern die ''Voyager'' und nehmen die Crew gefangen. Sie statten einen Großteil der Crew mit einer neuen Persönlichkeit aus und platzieren sie in einer Simulation des [[Zweiter Weltkrieg|Zweiten Weltkrieges]] auf dem Holodeck. Der Doktor, der die Verletzte Verletzten aus des den Simulationen behandeln muss, kann dabei einigen Crewmitgliedern ihre richtige Persönlichkeit zurückgeben, die das Schiff dann zurückerobern können. Janeway schließt mit dem Anführer der Hirogen ein Abkommen und überlässt ihnen die Holotechnologie. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil I|Das Tötungsspiel, Teil II}})
Die Crew stößt auf eine Konzentration an [[Omega-Molekül]]en und die [[Omega-Direktive]] tritt in Kraft. Diese muss allerdings modifiziert werden und die Zerstörung des Omega-Moleküls wird durch die Crew durchgeführt. ({{VOY|Die Omega-Direktive}})