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[[2285]] wird die ''Reliant'' dem [[Genesis-Projekt]] unter der Leitung von [[Doktor]] [[Carol Marcus]] zugeteilt. Das Schiff und seine Crew sollen einen geeigneten Planeten für die dritte und letzte Testphase des Projekts suchen.
Dabei unterläuft ihnen ein Fehler bei der Untersuchung des [[Ceti Alpha]]-Systems. Sie verwechseln den fünften Planeten, auf dem sich noch immer [[Khan Noonien Singh|Khan]] befindet, mit seinem explodierten Nachbarn. Da Terrell und Chekov das Außenteam bilden, ist es Khan ein leichtes, die Kontrolle über die ''Reliant'' und das ''Genesis-Projekt'' zu erlangen. Mit dem Schiff will er sich an [[Admiral]] [[James T. Kirk|Kirk]] rächen, der für seine Verbannung verantwortlich ist.
Im ersten Gefecht gelingt es ''Khan'' die [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] schwer zu beschädigen, muss sich aber zurückziehen, als die Offiziere der ''Enterprise'' den [[Präfix-Code]] der ''Reliant'' einsetzen, um ihre Schilde zu senken und so zum Gegenschlag auszuholen.