Auf dem Weg nach [[Kronos Qo'noS (Neue Zeitlinie)|KronosQo'noS]] erleidet die ''Enterprise'' jedoch einen Maschienenschaden Maschinenschaden, wodurch sie mitten im klingonischen Raum feststeckt. Nachdem Kirk, Spock und [[Nyota Uhura]] den Terroristen [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan Noonien Singh]] festnehmen können, bringen sie ihn in die Arrestzelle des Schiffes.

Am Weg zur Erde taucht plötzlich ein übergroßes Schiff der [[Sternenflotte]] auf , die ([[USS Vengeance]]) und attakiert attackiert die ''Enterprise''. Während des Gefechts wird die Enterprise so stark beschädigt, dass sie die Hauptenergie verliert und beginnt auf die Erde abzustürzen. Nur durch ein großes Opfer gelingt es Kirk im [[MaschienenkernMaschinenkern]] die Schiffsenergie wieder herzustellen sodass Hikaru Sulu die ''Enterprise'' wieder in den [[Orbit]] steuern kann.

Nachdem Khan Noonien Singh unschädlich gemacht werden konnte, wird die ''Enterprise'' komplett repariert und darf unter dem Kommando von Kirk seine erste [[Fünf-Jahres-Mission]] antreten.