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Obwohl der Transphasentorpedo eindeutig seine Zerstörungskraft durch eine Verbindung mit dem Subraum erreicht, fällt er nicht unter das [[Khitomer-Abkommen]], da er weder den Subraum beschädigt, noch das getroffene Schiff in den Subraum zerrt. Auf oder an dem getroffenen Objekt werden auch nach heftigstem Transphasenbeschuss keine Subraumanomalien auftreten.
Als erstes Föderationsschiff wurde die [[USS Voyager]] in der Folge [[Endspiel, Teil II]] durch Admiral Janeway neben einer [[Ablativen Ablative Armierung]] mit Transphasentorpedos ausgestattet, um den drohenden Borg entgegentreten und durch ihre [[Transwarpkanäle]] in den [[Alpha-Quadranten]] fliehen zu können. Die Borg waren auf den Einsatz dieser Waffe aus der Zukunft nicht vorbereitet und verloren ihren wichtigsten Transwarpknoten im [[Delta-Quadranten]], da sie nicht im Stande waren die futuristische Technologie zu assimilieren.
Somit ist der Transphasentorpedo eine der mächtigsten Waffen, die je von der Sternenflotte entwickelt wurden.