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Wenig später bricht Torres im Maschinenraum zusammen und der Doktor stellt dabei fest, dass sie schwanger ist. Paris möchte sofort das Geschlecht des Kindes wissen, doch Torres möchte dies vorerst noch nicht wissen. Die gesamte Crew beglückwünscht die beiden und Neelix und Chakotay bieten an die [[Patenschaft]] für das Kind zu übernehmen. Obwohl Paris sich sehr auf das Kind freut, bemerkt dieser das sich Torres in ihrer neuen Mutterrolle nicht wohl zu fühlen sein. Plötzlich meldet sich der Doktor und beide begeben sich auf die Krankenstation. Dort erfahren die beiden, dass das Baby eine leicht verformte Wirbelsäule hat, allerdings kann er dies schnell beheben. Durch die Aufnahme erfahren die beiden das sie ein Mädchen bekommen. Als Torres eine vollständige Aufnahme ihres Babys sieht bekommt sie einen Schrecken, dass auch bei ihrem Kind die klingonischen Merkmale so dominieren. In Torres kommen darauf Erinnerungen aus ihrer eigenen Kindheit hervor, vorallem das sie wegen ihrer klingonischen Merkmale geärgert worden ist und Torres will ihr Kind vor diesem Schicksal bewahren. Torres bittet dem Doktor die klingonischen DNS aus dem Kind zu entfernen, doch der Doktor weigert sich und bittet erst mit Paris darüber sprechen. Doch auch Paris ist dagegen die DNS seines Kindes zu ändern. Da sich der Doktor und Paris weigern, dass die DNS des Kindes verändert wird, bitte sie Janeway darum die DNS des Kindes ändern zu lassen. Doch auch Janeway will dies nicht zu lassen. Da niemand Torres helfen will die DNS ihres Kindes zu ändern geraten Paris und Torres in einen heftigen Streit. Am nächsten Tag söhnen sich beide aus, als sich der Doktor nochmals meldet und verkündet, dass er nun doch die klingonischen Merkmale aus medizinischen Gründen entfernen muss. Doch später bemerkt Paris, dass Torres das Programm des Doktors geändert, damit er die klingonischen Merkmale des Babys entfernt. Paris gelingt es im letzten Moment den Doktor zu stoppen die Operation durch zu führen. Paris und Torres streiten sich darauf wieder und endlich erfährt Paris die volle Wahrheit, dass Torres Angst aufgrund die Erfahrung die sie mit ihren Vater gemacht hat auch Paris zu verlieren, da ihr Vater sie verlassen, da er nicht klar kam mit seiner klingonischen Familie zusammen zu leben. Doch Paris verspricht ihr immer für seine Familie da zu sein. ({{VOY|Abstammung}})
Paris steuert die ''Voyager'' als diese einige Gefangene der [[Nygeaner]] aufnimmt. ({{VOY|Reue}}) Einige Wochen später wird die ''Voyager'' von einem klingonischen Schiff der [[D7-Klasse]] angegriffen. Janeway ruft das klingonische Schiff, doch die Klingonen erwiedern, dass sie sich nicht der feindlichen Föderation ergeben werden. Janeway erklärt den klingonischen Captain, dass die Föderation und die Klingonen seit Jahrzehnten Allierte sind. Zum Beweis übermittelt Janeway Kopien vom [[Khitomer-Abkommen]], doch Captain [[Kohlar]] glaubt Janeway erst, als sie Torres als Halbklingonin an Bord der ''Voyager'' sieht. Als Kohlar die schwangere Torres sieht glaubt das sie die [[KlingoneKuvah'Magh]]n in sich trägt. Kohlars Vorfahren haben sich vor Jahrzehnten auf eine Reise begeben um nach der Kuvah'Magh zu suchen, welche sie in eine neue Zukunft führt. Kohlar beamt zurück auf sein Schiff und aktiviert die Sellbstzerstörung, damit er und seine Crew an Bord der ''Voyager'' befinden, kommen können. Kohlar berichtet Janeway von seinem Glauben und als Torres und Paris davon erfahren können sie nicht glauben das ihr ungeborenes Kind als Heilige verehrt wird. Auch Torres wird Tom als Mutter der Kuvah'Magh von den Klingonen als Heilige verehrt. Als die Klingonen Paris von als menschlichen Vater sehen, respektieren diese ihn nicht. [[T'Greth]] macht sich sogar über Paris als Feigling lustig und fordert ihn zu einem Kampf herraus. Da Paris keine andere Wahl hat akzeptiert er die Herrausforderung zu einem Kampf mit dem [[Bat'leth]] herausgefordert. Obwohl Captain Da Janeway nicht will das Paris bei diesen Kampf getötet wird, verbietet sie diesen Kampf nicht gutheißt, findet er doch Kohlar schlägt es Kompromiss vor mit abgestumpften stumpfen Bat'leths stattzu kämpfen, damit niemand verletzt wird. Diesen Schließlich kommt es zu dem Kampf zwischen den beiden. Unerwartet gewinnt Tom nurParis diesen Kampf, weil da T'Greth durch das die [[Nehret]] geschwächt Krankheit zusammen bricht. Janeway istverärgert, dass Kohlar sie nicht über diese Krankheit informiert hat. Da nur Klingonen diese Krankheit bekommen können, ist nun auch Torres mit dieser Krankheit infiziert. Doch dem Doktor gelingt mit Hilfe der Hybriden DNS des ungeborenen Kindes ein Heilmittel gegen das Nehret zu finden und somit wird das ungeborne Kind wie in der Legende zu Retterin der Klingonen. Später werden die Klingonen auf einen Planeten gebracht, welche sie Kolonisieren. ({{VOY|Die Prophezeiung}}) Einige Wochen später wird die ''Voyager'' in eine Region gezogen, welche als die [[Die Leere (Anomalie)|die Leere]] bezeichnet wird. Dort ist die ''Voyager'' gefangen und wird gleich von anderen Schiffen angegriffen und die Fremden stehlen verschiedene Materialien von Bord. In dieser Region wird der ''Voyager'' auch viel Energie entzogen und Janeway versucht alles, um mit der ''Voyager'' aus dieser Anomalie zu entkommen. Doch der erste Fluchtversuch aus der Anomalie scheitert. Später kann Janeway mit anderen schließen, welche in der Leere gefangen sind und zusammen mit den anderen Schiffen, kann Paris die Voyager aus der Anomalie zu fliegen. ({{VOY|Die Leere}}) Kurz darauf stößt die ''Voyager'' auf eine Subraummine und das Schiff wird verstrahlt. Der Doktor muss die Crew behandeln, doch Janeway beschließt die ''Voyager'' zu evakuieren. Janeway aktiviert den Doktor als Notfall-Kommando-Hologramm, das die Strahlung beseitigen soll. Doch plötzlich wird die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen und der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Nebel. Die übrige Besatzung wird von den fremden Schiffen entführt und auf den Planeten [[Quarra]] gebracht. Dort wird das Gedächtnis der Crew verändert, so dass sie glauben glücklich auf Quarra zu leben und zu arbeiten. Paris schafft es dort mit seiner Art aus seiner Arbeit entlassen zu werden. Zum Glück findet Paris bei [[Umali]] eine Arbeit und kann in ihrer Bar aushelfen und dort die Gäste bedienen. Dort trifft Paris auf Torres und ihm fällt auf das sie immer allein ist. Trotz ihrer Schwangerschaft flirtet er mit ihr und er beginnt sich mit ihr anzufreunden. Wenig später ortet die ''Voyager'' mit nur noch Neelix, Chakotay und dem Doktor an Bord ihre vermisste Crew auf Quarra. Auf der Oberfläche gelingt es Chakotay Torres aufzuspüren und zusammen mit Neelix an Bord der ''Voyager'' zu beamen. Plötzlich tauchen Sicherheitskräfte auf und verfolgen Chakotay, während die ''Voyager'' im Orbit angegriffen wird. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}}) Chakotay gelingt es zwar den Wächtern zu entkommen, allerdings wird er dabei verletzt. Währenddessen gelingt es dem Doktor dank seines taktischen Wissens die angreifende Schiffe außer Gefecht zu setzen und die ''Voyager'' entkommt den Angreifern. Der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Krater auf einem Mond. Dort können Kim und Neelix die Reparaturen fortsetzen, während der Doktor sich um Torres kümmert. Neelix hilft Torres ihre Erinnerungen wieder zu finden. Auf Quarra gelingt es Chakotay inzwischen das Vertrauen von Janeway zu gewinnen, doch plötzlich tauchen Fremde auf und nehmen Chakotay gefangen. Die Entführer zwingen Chakotay die ''Voyager'' mit einer falschen Nachricht in eine Falle zu locken. Die ''Voyager'' erhält den falschen Notruf von Chakotay und darauf begibt sich die ''Voyager'' sich zum Planeten und erhält plötzlich eine Nachricht von Janeway. Janeway ist erstaunt, dass der Doktor und Kim sie als Captain bezeichnen, doch die beiden bestätigen Chakotays Aussagen gegenüber Janeway. Unerwartet tauchen wieder fremde Schiffe auf und greifen die ''Voyager'' an. Diesmal gelingt es Kim die Angreifer auszutricksen und die Schiffe werden schwer beschädigt. Nachdem Janeway auf dem Planeten die Schildemitter deaktiviert hat, können Kim und der Doktor die gesamte Crew wieder an Bord beamen. Der Doktor hilft beim Wiederherstellen der Erinnerungen der Crew und übergibt schweren Herzens das Kommando wieder an Janeway. Mit ihren zurückerlangten Erinnerungen boxt Torres Paris leicht, da er in der Bar geflirtet hat, allerdings küsst sie ihn auch, da er sich so lieb um sie gekümmert hat. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil II}}) Kurz darauf überrascht Paris Torres mit einer Babyparty und diese ist begeistert von der Feier. Später muss Paris die ''Voyager'' durch ein Testgebiet fliegen, welches mit [[Langstrecken-Subraumsprengkopf|Langstrecken-Subraumsprengköpfen]] ausgestattet ist. ({{VOY|Menschliche Fehler}})
Nachdem der Doktor einen neuen [[Holoroman]] namens ''[[Photonen brauchen Freiheit]]'' veröffentlicht hat, spielt ihn Tom Paris auf dem [[Holodeck]] nach. Nach einem Streit in der Crew, in dem es über den Holoroman des Doktors geht, überarbeitet Tom den Holoroman, nachdem er die ursprüngliche Fassung unter der Datei Data 1.5 abgelegt hat. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})