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Wenig später gehört Neelix zu einem Außenteam, welches mit einem Shuttle in einen Nebel fliegt, um dort Protomaterie zu sammeln. Paris ist der Pilot auf dieser Mission. Doch im Nebel wird Neelix von einer Energieentladung getroffen und bricht zusammen. paris tut alles um Neelix zu retten, doch er kann nichts für ihn tun und Neelix stirbt. Obwohl Neelix bereits über 18 Stunden tot ist, gelingt es Seven of Nine Neelix mit Hilfe von Nanosonden wieder zu beleben. Später nimmt Paris an den [[Tage von Prixi|nTagen von Prixin]], einem talaxianischen Familienfest teil. Dort spricht Paris einen Toast zu ehren von Neelix aus. ({{VOY|Leben nach dem Tod}})
Kurz darauf hat die gesamte Crew seltsame [[Albtraum|Alpträume]] und auch Paris ist davon betroffen. In seinem Alptraum sieht sich Paris in einem abstürzenden Shuttle und er sieht einen Fremden. Darauf erwacht dieser und bei Gesprächen mit Kollegen bemerkt Paris, dass auch seine Kollegen unter Alpträumen leiden. Darauf wird dieser Vorfall von den Führungsoffizieren untersucht und es stellt sich auch heraus, dass einige Crewmitglieder nicht mehr aus ihrem Schlaf erwacht sind. Der Doktor untersucht diese Crewmitglieder, kann jedoch nichts für sie tun. Da jeder eine [[Traumspezies|fremde Spezies]] gesehen hat, versucht Chakotay mit dieser Spezies in einem Traum Kontakt aufzunehmen. Da Chakotay seine Träume kontrollieren kann, willigt Janeway in diesen Plan ein und der Doktor überwacht Chakotays Schlaf. Die Fremden erklären Chakotay im Traum einen Kurs, wie die ''Voyager'' das Gebiet der Fremden verlassen kann. Chakotay wacht auf, die ''Voyager'' verlässt das Gebiet der Fremden und alle wachen wieder auf. Plötzlich greifen jedoch die Fremden die ''Voyager'' an und übernehmen das Schiff. Plötzlich erkennt Chakotay, dass er noch immer träumt, und es gelingt ihm sich wieder zu wecken. Der Doktor berichtet, dass nun die gesamte Crew schläft und alle im selben Traum gefangen sind. Auch die Crew erkennt inzwischen, dass diese in einem Traum gefangen sind. Chakotay und der Doktor versuchen nun die Fremden in der realen Welt zu finden, um so die Crew aus der Traumwelt zu befreien. Doch auch Chakotay schläft regelmäßig ein, auch wenn der Doktor immer weiter versucht ihn wach zu halten. Als die ''Voyager'' den Planeten erreicht, beamt Chakotay auf die Oberfläche und findet die schlafenden Fremden. Chakotay befiehlt den Doktor im Notfall einen Torpedo auf die Oberfläche zu feuern. Als er einschläft und wieder in die Traumwelt gelangt, warnt er die Fremden, dass der Doktor einen Torpedo auf sie feuern wird. Darauf geben die Fremden die Besatzung wieder frei und sie wacht wieder auf. ({{VOY|Wache Momente}})
Mit Hilfe eines [[Hirogen-Kommunikationsnetzwerk|Kommunikationsnetzwerkes]] einer unbekannten Spezies entdeckt Seven of Nine ein Föderationsraumschiff. Mit dem Netzwerk versucht die ''Voyager'' Kontakt zum dem Schiff, das sich an der Grenze zum Alpha-Quadranten befindet, aufzunehmen. Aber das Signal ist zu schwach und kommt zum Schiff nicht durch. Captain Janeway beschließt ein stärkeres Signal durch das Netzwerk zu transferieren. Janeway schickt darauf den Doktor durch das Netzwerk in den Alpha-Quadranten. Der Doktor wird darauf auf dieses Schiff, die [[USS Prometheus (Prometheus-Klasse)|USS ''Prometheus'']] transferiert, während Paris nun für die Krankenstation verantwortlich ist. Paris kümmert sich um einige Patienten, doch er macht sich Sorgen das der Doktor nicht aus dem Alpha-Quadranten zurück kommt und sich dauerhaft um die Krankenstation kümmern muss. Paris bittet darauf Kim ein neues medizinisches Notfallprogramm zu programmieren. Doch dies ist sehr aufwändig und Kims neues Hologramm ist nicht in der Lage als Arzt zu arbeiten und paris muss sich damit abfinden sich weiter um die Krankenstation zu kümmern. Im Alpha-Quadranten gelingt es inzwischen dem Doktor Kontakt zur Sternenflotte aufzunehmen. Der Doktor berichtet der Sternenflotte, dass die ''Voyager'' im Delta-Quadranten verschollen ist, und über die Erlebnisse der Crew. Die Sternenflotte tut nun alles, um die verschollene ''Voyager'' nach Hause zu holen. Danach wird der Doktor durch das Netzwerk zurück auf die ''Voyager'' transferiert. ({{VOY|Flaschenpost}})
In den nächsten Wochen erhält die ''Voyager'' Botschaften der Sternenflotte über das Kommunikationsnetzwerk. Paris erwartet jedoch keinen Brief aus dem Alpha-Quadranten und er will auch nichts davon wissen. Doch zu seiner Überraschung erhält auch Paris einen Brief, doch dies scheint ihm egal zu sein. Paris erklärt, dass er mit seinem verbrecherischen Leben im Alpha-Quadranten abgeschlossen hat und durch diese Briefe aus der Heimat an die Vergangenheit erinnert wird. Doch nach einem Gespräc mit Torres möchte Paris den Brief von seinem Vater lesen. Doch die [[Hirogen]], welchen das Netzwerk gehört, greifen die ''Voyager'' an. Bei einem Kampf mit ihnen wird das Netzwerk zerstört und der Kontakt zu Sternenflotte bricht wieder ab. Dadurch kann auch der Brief an Paris vollständig geladen werden und er weiß nicht was sein Vater ihn schreiben wollte. ({{VOY|Jäger}})
2374 gelangt ein [[Thomas Eugene Paris (Silberblut)|Duplikat von Tom Paris]] auf die ''Voyager'', währenddessen er auf dem [[Dämon-Klasse|Dämonplaneten]] bewusstlos liegt. ({{VOY|Dämon}})