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Nur der [[Präsident der Föderation]] und der [[Föderationsrat]] sind weisungsbefugt ({{Quelle fehlt}}).
Dem Befehlshaber sind alle stationären und fliegenden Verbände der Sternenflotte unterstellt . In Kriegszeiten wie dem [[Dominion-Krieg]] sind die Schiffe der Sternenflotte in [[Flotten der Sternenflotte|Flotten]] zusammengefasst. Diese besitzen auch einen Teil von Schiffen anderer Völker z.B. die der Klingonen. [[General]] [[Martok]] von der [[Klingonische Verteidigungsstreitmacht]] wurde sogar auf Wunsch von [[Captain]] [[Benjamin Lafayette Sisko|Sisko]] zum Kommandanten der [[Neunte Flotte|9. Flotte]] befördert. ({{Quelle fehlt}}).
Das Kommando, der so genannte [[Admiral]]stab, setzt sich zusammen aus den Chefs, meist Admiräle, der Abteilungen beziehungsweise der Bereiche. Diese sind im Einzelnen: [[Sicherheitsdienst der Sternenflotte|Sicherheitsdienst]], [[Medizinisches Corps der Sternenflotte|Medizinisches Corps]], [[Geheimdienst der Sternenflotte|Geheimdienst]] ({{Quelle fehlt}}).
Der [[Stabschef der Sternenflotte|Befehlshaber der Sternenflotte ]] ist ein Admiral im [[Rang]] eines [[Flottenadmiral]]s. Das Kommando hat seinen Sitz in [[San Francisco]] auf der Erde ({{Quelle fehlt}}).
[[2375]] greifen die [[Breen]] im Zuge ihrer [[Dominion-Breen-Allianz|Allianz]] mit dem [[Dominion]] überraschend das [[Hauptquartier der Sternenflotte]] in San Francisco an und beschädigen sowohl die Einrichtung, als auch die [[Golden Gate Bridge]]. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})