Als das Shuttle mit Kirk, Spock, McCoy, Uhura, Sulu, Sybok und die Botschafter den Botschaftern zum Hanger Hangertor der Enterprise fliegt, wird die Enterprise schon von dem getarnten Bird-of Prey erwartet, der sie unter Beschuss nimmt. Doch der Schuss erweist sich als Fehlschlag, weil der derzeitige Kommandant Cmdr. Pavel Chekov auf Warp geht. Durch eine Notfalllandung im Hanger wurde das Shuttle stark beschädigt. Kirk führt Sybok aus dem Shuttle und es kommt zu einer Auseinandersetzung in der eine Art Phaserkanone letztendlich Spock in die Hände fällt. Kirk verlangt das Spock seinen Halbbruder umbringt, aber Spock läst sich mit gefangen nehmen und verschont das Leben seines FamilienmitgliedesFamilienmitglieds.  Auf der Hauptbrücke erzählt er schließlich von seinem Plan: Er will ins Zentrum der Galaxis gelangen, auf dem der Planet Sha Ka Ree (vulkanischer Namen des Planeten ) liegt. Er denkt dort befände sich Gott höchstpersönlich. Kirk, der sich mit Spock und Dr. McCoy und der Hilfe von Scotty befreit hatte, schenkte Sybok kein Glauben, für ihn ist er nur ein Verrückter. Erst als Sybok an McCoy und Spock dessen schmerzlichsten Erinnerungen wiederbelebte wurden diese praktisch von ihm hypnothesiert. Doch letzten Endes stehen sie weiter hin hinter Kirk Rücken. Nachdem sie die große Barriere, die angeblich no nie ein Raumschiff durchflogen hat, überquert haben, nehmen Kirk, Spock, McCoy und Sybok ein Shuttle und steuern auf den mysteriösen Planeten zu. Dort angekommen entdecken sie eine Art Gesteinswelt, in der sich ein blaues Gebilde ausdehnt. In den Gebilde kommt ein Wesen zum Vorschein, dass sich für Gott hält.