Als Khan und Kirk Admiral Marcus auf dessen Brücke erreichen, [[Verrat|verrät]] betäubt Scotty Khan Kirkauf Kirks Befehl. Dieser erwacht kurz darauf aber, attackiert ihn Kirk und tötet Admiral Marcus. Dann fordert er von Spock die Herausgabe seiner 72 Männer und Frauen, da er sonst Kirk töten will. Spock geht zum Schein auf diese Forderung ein, indem er die 72 Torpedos zu Khan beamen lässt und diese später sprengt. Kurz zuvor werden Kirk , Scotty und Carol Marcus werden von Khan auf die ''Enterprise'' gebeamt, da <q>kein Schiff ohne seinen Captain untergehen solle</q>. Khan nimmt das Schiff unter schwerem Beschuss und beginnt auf die Erde abzustürzen. Spock ordnet die [[Evakuierung]] an, doch [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] und andere [[Offizier]]e weigern sich, das Schiff zu verlassen. Scotty gelingt es nicht die Hauptenergie wiederherzustellen, damit ist das Schiff praktisch tot. Doch Kirk sieht noch einen Weg: er begibt sich in den stark verstrahlten Maschinenkern des Schiffes um ihn wieder zum Laufen zu bringen. Er hat Erfolg: der Antrieb kann wieder gestartet werden und die ''Enterprise'' kann sich aus dem Orbit befreien. Doch der Preis ist hoch: Kirk wurde zu stark verstrahlt und stirbt kurz darauf. Spock ist traurig und fassungslos - er will sich dafür an Khan rächen.