=== Filmfehler ===
==== Inhaltliche Ungereimtheiten ====
Nachdem das Sternenflotten Archiv vollkommen gesprengt wurde sieht man eine gewaltige Explosion in der Londoner Innenstadt. Dennoch heißt es auf der Konferenz später das "nur" 42 Männer und Frauen gestorben wären.
Der Klingonische Heimatplanet wird hier Kronos geschrieben statt Qo'noS wie in allen bisherigen Star Trek Referenzen.
Die Enterprise braucht bis nach Kronos mit voller Warpgeschwindikeit keine fünf Minuten, obwohl allein die neutrale Zone mehrere Lichtjahre entfernt sein müsste.
Später dann braucht die Enterprise trotz angeschlagenen Warpkerns weniger als eine Minute zurück zur Erde.
Die neutrale Zone scheint auch nur auf den Klingonischen Heimatplaneten beschränkt zu sein, da die Enterprise am "Rand" der neutralen Zone gestrandet ist, Kronos aber nicht weit genug entfernt ist als das sich Klingonen mit Warpgeschwindikeit näher würden und man den Planeten bequem mit dem Shuttle erreichen kann.
Khan versteckt sich auf Kronos, obwohl er ganz genau weiß das Admiral Marcus keine Skrupel davor hat den Heimatplanetend er Klingonen direkt anzugreifen, es sich sogar herbeisehnt einen Grund für einen Angriff zu haben. Somit hatte Khan seinem ärgsten Wiedersacher ohne Sinn sogar direkt in die Hände gespielt.
Khan versteckt seine gesammte Crew in den von ihm gebauten Torpedos wo er doch wissen müsste das diese irgendwann eingesetzt und damit auch seine Crew sterben würde. Und wie bekam Khan sie da hinein wo sie doch als Druckmittel eines hohen Admirals der Flotte verwendet wurden und daher warscheinlich schwer überwacht wurden?
Warum kann ein einfaches Shuttle ohne probleme auf das Gelände des Sternenflotten Obekommandos eindringen, während sich alle Rang hohen offiziere des Systems dort beraten und es eigentlich ettliche Sicherheitsbestimmungen geben müsste die unbefugtes eindringen verhindern sollten?
Während Khans Beschuss auf das Sternenflotten Hauptquartier kommt die ganze Zeit keine Luftunterstützung in Form von Angriffsshuttles oder änlichem, wo doch besonders das Hauptquartier vor Luftangriffen geschützt sein müsste.
Die Enterprise hatt auf einmal entlang der gesammten Seite der Maschinensektion Torpedostartröhren und nicht eine einzelne am Hals wie im vorherigen Film.
Trotz der scheinbaren Nähe zu Erde wurde von der Sternenflotte kein Kontakt zu einem oder beiden bekämpfenden Schiffe aufgenommen. Auf der anderen Seite hätte die Enterprise-Crew ebenfalls um Unterstützung bitten können, auch wenn die Verantwortlichen möglicherweise eher Admiral Marcus geglaubt hätten.
Die Enterprise wird von der Gravitation der Erde erfasst und auf dessen Oberfläche gezogen, obwohl sie sich zu diesem Zeitpunkt im Orbit nahe des Mondes befand. Eigentlich hätte die Anziehung daher nicht so stark sein können als das die Enterprise so schnell zur Erde hätte stürzen können.
Sulu meint noch das die Enterprise beim Eintritt in die Atmosphäre verglühen würde wenn Schilde und Energie nicht wieder hergestellt würden. Man sieht auch beim Eintritt in die obere Atmosphäre wie die Vorderseite der Untertassensektion anfängt zu verglühen. Aber als die Energie wieder hergestellt und die Schilde Aktiviert werden, befindet sich die Enterprise bereits soweit in der oberen Atmosphäre das sie schon hätte verglüht sein müssen.
Nachdem das riesige Raumschiff auf San Francisco gestürzt ist und zahlreiche Wolkenkratzer mitgerissen hat, gibt es viele Szenen, in denen man Menschen sieht wie sie scheinbar ihrem ganz normalen Alltag nachgehen, als wäre nichts geschehen.
Als man den erste Cryogenkapsel aus einem der Torpedos zieht meint Dr. McCoy noch das er nicht wüsste wie man diese öffnet ohne den Insassen zu töten. Doch als er darum verlangt das man eine Kapsel für Kirks Rettung leerräumt und ihn dann hinein steckt, scheint die Crew plötzlich ganz genau zu wissen wie man die Kapseln bedient.
Kirk und Khan gehen über dem Maschinenraum des feindlichen Schiffes zur Brücke da, laut Khans eigener Aussage, die feindliche Crew nahe dem Warpkern kein Feuergefecht riskieren würde um den Warpkern nich zu destabilisieren! Aber selbst nachdem alle 72 Torpedos auf einmal im Hangar nahe des Warpkerns explodiert sind und auch das Schiff mit voller Wucht auf der Erde aufschlug bleibt der Warpkern anscheinend stabiel und bricht nicht wie es eigentlich zu erwarten wäre, was das Schiff und alles in seiner näheren umgebung durch eine gewaltige Antimaterieexplosion vernichtet hätte.
==== Produktionsfehler ====