James Kirk erkennt die potentielle Gefahr, welche von einer „scheinbar“ nicht autorisierten Nutzung des Projekts ausgeht und reagiert sofort. Auch wenn die Nachricht von Carol Marcus nur schwer verständlich und deutlich unvollständig war, informiert er besorgt das Sternenflottenkommando, um weitere Instruktionen bezüglich der weiteren Strategie einzuholen. Von höchster Stelle wird ihm sogleich der Auftrag erteilt, die notwendigen Schritte einzuleiten , um das Projekt zu sichern sowie die Hintergründe über diesen dieses besorgniserregenden Funkspruch Funkspruchs in Erfahrung zu bringen. Trotz Kirks berechtigter Einwände, nur eine Schiffsladung Kinder an Bord zu haben, beordert das Sternenflottenkommando die Enterprise als nächstgelegenes Schiff nach Regula 1.

Nach einem kurzen Informationsgespräch mit seinem alten Freund Spock über die neue Ausgangslage bietet ihm dieser völlig unverhofft sein altes Kommando wieder an mit der Begründung, dass laut Sternenflottenorder im tatsächlichen Einsatz der ranghöhere Offizier das Kommando zu übernehmen hat. Kirk allerdings, etwas verloren in seiner neuen Aufgabe, winkt sogleich ab und bittet Spock lediglich ihn nach Regula zu bringen, damit er nach dem Rechten sehen kann. Spock allerdings bleibt hartnäckig, wohl wissend über Kirks derzeitiges Dilemma. <q>Aber Jim, Sie verkennen völlig die Ausgangslage, ich bin Vulkanier, ich habe kein Ego , das man kränken kann - wenn ich so anmaßend sein darf, es war ein Fehler von ihnen Ihnen die Beförderung zu akzeptieren, das Kommando über ein Raumschiff ist ihre Ihre eigentliche Bestimmung, alles andere ist Verschwendung von Material!</q>

Langsam sieht auch James ein das , dass sein alter Freund diesbezüglich gar nicht so unrecht hat und akzeptiert schließlich, ein weiteres Mal das Kommando seiner Enterprise zu übernehmen.Auf der Brücke eingetroffen , staunen die dort Anwesenden nicht schlecht, als plötzlich Kirk aus dem Lift steigt, sie kurz und bündig über den Kommandowechsel und die Notsituation informiert und mit gewohntem Elan beginnt Befehle zu erteilen.

Auf dem Flug nach Regula beginnt inzwischen das große Rätselraten um über die bevorstehenden Ereignisse. Vor allem Kirk erscheint doch etwas nervös zu sein. <q>Genesis weggeben , hat sie gesagt, aber wem geben , Spock?</q> Doch Spock fehlen einfach die nötigen Fakten , um darauf eine klare Antwort parat zu haben. <q>Es würde meiner Analyse helfen , wenn ich wüsste, was Genesis überhaupt ist, und zwar mehr als in der Bibel steht!</q> James nickt, als ihm klar wird, dass er alleine, lediglich mit einer unerfahrenen Rumpfcrew ausgestattet, ohnehin nicht viel wird ausrichten können. Also genehmigt er in seinem Quartier für Spock und McCoy die Offenlegung des Projektes trotz des äußerst geheimen Hintergrunds.

Wenig später wird die ''Enterprise'' auf ihrem Kurs nach Regula plötzlich von der ''Reliant'' abgefangen. Zunächst herrscht Rätselraten über Mission und Kurs des Schiffes sowie die, auch nach mehrmaligen Versuchen, nicht zustande kommende Kommunikation. Über Subraum erhält die Crew der ''Enterprise'' die Meldung der ''Reliant'', dass unter anderem ihr Kommunikationssystem defekt sei, dass sie empfangen , aber nicht senden können. Spocks diesbezüglicher Test verläuft allerdings negativ. Da man weiterhin im sicheren Glauben ist , das Schiff sei ungefährlich, leitet Kirk sicherheitshalber "nur" den gelben Alarm ein, ohne das Schiff auf einen etwaigen Kampf vorzubereiten. Auf der ''Reliant'', inzwischen bereits unter dem Kommando Khans, registriert man die fehlende Kampfbereitschaft der ''Enterprise'' durchaus mit Wohlwollen. Als sich beide Schiffe immer näher kommen, lässt Khan plötzlich die Schutzschirme entfalten und aktiviert seine Bordwaffen. Als man auf der Brücke der ''Enterprise'' dies bemerkt und geeignete Verteidigungsparameter setzten will, ist es allerdings schon zu spät. Khan richtet seine Waffen aus und feuert auf strategisch wichtige Punkte, um Kirks Schiff mit nur einem Schlag lahm zu legen! . Die ''Enterprise'', diesem heimtückische Angriff schon fast hilflos ausgeliefert und ohne nennenswerte Gegenwehr, versucht noch auszuweichen, wird allerdings von der Wucht des Angriffes schwer getroffen. Der Antrieb ist ausgefallen, die eben etablierten Schirme verlieren Integrität, die Außenhülle ist schwer in Mitleidenschaft gezogen, der Notstrom ist zerstört und das Schiff verliert Energie. Das einzige , was der Besatzung noch bleibt , ist der Hilfsstrom, mit dem man aber nicht entkommen kann. Doch damit nicht genug: Die ''Reliant'' wendet und bereitet einen weiteren Angriff vor. Auf der ''Enterprise'' wird es unterdessen hektisch. <q>Verdammt wer sind die?</q> Die Besatzung um Kirk hat inzwischen alle Hände voll zu tun, um das Schiff einigermaßen stabil zu halten. Doch selbst Kirk steht der unmittelbaren Vernichtung etwas hilflos gegenüber, zumal sein Schiff ja nicht gerade in Höchstform ist.Gerade als man denkt, dass der Gegner zum finalen Schlag ausholt, verlangt dieser nach einer Kapitulation. Kirk, in Ermangelung einer besseren Lösung , stimmt dieser zu. Als ein Kanal geöffnet wird und auf dem Bildschirm der diabolisch grinsende Khan erscheint, staunt die Crew nicht schlecht. Vor allem Kirk ist überrascht, Khan nach so vielen Jahren wieder zu sehen. Vor allem wiederzusehen, nicht zuletzt, da man ja bisher annahm, dass er tot wäre!.

Kirk reagiert verständlicherweise sauer, als Khan die Kapitulationsverhandlungen eröffnet und im gleichen Atemzug Kirks Tod sowie alle Informationen bezüglich des Genesis -Projektes fordert. Da die Enterprise schwer beschädigt im All treibt und Kirk im Augenblick keine Alternative parat hat, geht er auf Khans Forderung ein, allerdings mit einem listigen Hintergedanken. James erreicht auf Grund der schweren Beschädigungen des Schiffes eine zweiminütige Frist, um die geforderten Informationen aus der Speicherbank zu laden.

In diesen Augenblicken lässt sich auch das blinde Verständnis zwischen Spock und Kirk wieder erkennen , als sie, stets von Khan beobachtet, tief in ihre Trickkiste greifen. Vor allem Saavik ist etwas erstaunt über die nicht gerade regelkonforme Intervention der beiden Offiziere, welche es auf die Leitziffer ''(Prefix Code)'' des feindlichen Sternenflottenschiffes abgesehen haben.

Gegen Ende der Frist gelingt es Spock so, welcher zum Schein und zum Unwissen ohne Wissen Khans die Genesisdaten zu überspielen scheint, mit dem [[Prefix-Code]] eine vorübergehende Teilkontrolle der ''Reliant'' zu erlangen und ihre Schilde zu senken, damit die geschwächte ''Enterprise'' zum Gegenschlag ausholen kann. Sulu, der inzwischen die Phaser ausgerichtet hat, feuert eine komplette Salve auf die ''Reliant'' und beschädigt sie ähnlich schwer , wie es zuvor die Enterprise traf. Khan muss gezwungenermaßen, von Tobsuchtsanfällen gebeutelt, vorerst das Weite suchen. Allerdings besitzt er trotz allem noch einen Vorteil: Die ''Reliant'' ist von Kirks Gegenschlag längst nicht so beschädigt worden wie die ''Enterprise'' zuvor.

Die Freude über den errungenen Sieg währt jedoch nicht lange: Nicht nur, dass das Schiff bei Weitem nicht kampftauglich ist, auch der Antrieb funktioniert nur minimal. Zu allem Überfluss kommt auch Scotty noch blutüberströmt mit seinem schwer verletzten Neffen auf die Brücke, welcher später auf der Krankenstation, auf der sich die Verletzten schon stapeln, verstirbtstirbt. Dieser Verlust trifft den Chefingenieur hart. Auch die anwesenden Dr. McCoy und James Kirk leiden mit Scotty und zeigen sich ebenfalls tief bestürzt. Allerdings, so hart es klingt, ist keine Zeit fürs zum Trauern – der Antrieb muss repariert werden, da das Schiff immer noch wie auf dem Präsentierteller sitzt.

Im weiteren Verlauf bietet sich dem [[Landetrupp]], nun bestehend aus Kirk, McCoy und Saavik, ein Anblick des Grauens. Khan war tatsächlich vor ihnen auf der Station und hat den größten Teil der Wissenschaftler gefoltert , bis sie starben, um sich des Genesis-Projekts zu bemächtigen. Doch der Großteil der Expedition Expeditionsteilnehmer fehlt. Auch von Dr. Marcus ist keine Spur zu entdecken. Im Rahmen der Untersuchung findet man allerdings ''(die mit voller Absicht Khans dort platzierten)'' Chekov und Terrell – eingesperrt in einem Container. Die beiden berichten Kirk, welche Grausamkeiten Khan an diesen Menschen vollzogen hat , um an Genesis zu kommen, dass er Kreaturen in ihre Körper trieb , um das Gehirn zu kontrollieren und dass er ihn für den Tod seiner Frau verantwortlich macht. <q>Ich weiß , was er von mir will!</q> Die Offiziere hören zwar alles , was Chekov und Terrell sagen, interpretieren es allerdings mehr als Schockzustand. Das so verstärkte Team verfolgt nun energisch die Spuren der überlebenden Forscher, die offenbar den [[Transporter|Stationstransporter]] benutzt haben, um zu entkommen. Das Merkwürdige daran ist allerdings, dass die eingestellten [[Koordinaten]] in dem Planeten liegen.

Um die Crew der ''Enterprise'' über das weitere Vorgehen zu informieren, nimmt Kirk Kontakt auf und fragt zugleich nach, wie lange die Reparaturen noch dauern. Da anzunehmen ist, dass Khan die Frequenz abhört (was er auch tut), wird der Statusbericht verschlüsselt. Spocks detaillierter Bericht hört sich dabei an wie ein Trauerspiel. Man könne froh sein das , dass die Enterprise überhaupt noch in einem Stück ist. Spock informiert Kirk, dass die meisten Systeme ohne einen ein Raumdock nahezu irreparabel geschädigt wären. Daraufhin erteilt Kirk Spock den Befehl, sollten sie innerhalb von zwei Stunden nicht von ihnen hören , zur nächsten Raumbasis zu fliegen und dem Sternenflottenkommando Bericht erstatten. Schließlich macht sich der Trupp, weiterhin unter Kirks Führung, allerdings zum Unmut Dr. McCoys, zu den Koordinaten auf, wo man die Wissenschaftler vermutet! . Einige Augenblicke später materialisiert man sich zu aller Erstaunen in einer tunnelartigen Höhle. Allerdings bleibt man nicht lange unbehelligt – die überlebenden Wissenschaftler, allen voran Dr. David Marcus greifen den Trupp an, gerade in dem Augeblick Augenblick, als Kirk und McCoy das vermeintliche Genesis-Projektil entdecken.