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Dort angekommen, wird die Enterprise von der USS Reliant empfangen, nicht ahnend, dass deren Crew aus Khans Gefolgsleuten besteht. Im Vorbeiflug eröffnet die Reliant das Feuer und beschädigt die Enterprise an vielen kritischen Stellen. Khan gibt sich zu erkennen und droht die Enterprise zu vernichten, doch Kirk und Spock nutzen die kurze Schlachtpause zum Aushebeln der Reliant-Schutzschilde, was Khan kurzzeitig zum Rückzug zwingt.
Während Captain Spock und Ingeneur Scottie notdürftige Reparaturen an der USS Enterprise veranlassen, beamen Kirk und McCoy mit einem Außenteam auf die Raumstation Regula 1, die um einen toten Mond kreist, aber verlassen ist. Mit dabei sind die - abgesehen von den letzten anwesenden Vertreter Vertretern der Reliant-Crew, unter Anderem Pavel Chekov. Die letzten Transporter-Daten der Station weisen darauf hin, dass sich einige Forscher in das Innere des naheliegenden Mondes retten konnten, bevor Khan die Station auf der Suche nach dem Genesis-Projektil auseinandernahm. Sie beamen ebenfalls hinunter und finden dort Dr. Marcus samt Sohn - der Sohn von Admiral Kirk, der ebenfalls am Genesis-Projekt beteiligt ist.
Da Khan die letzten Mannschaftmitglieder der Reliant durch verabreichte Hirnparasiten kontrolliert, erfährt er, wo sich das Genesis -Projektil befindet und beamt es zu sich auf die Reliant. Kirk und Mannschaft kehren daraufhin zur Enterprise zurück, die noch immer unter schweren Schäden leidet und nur bedingt Einsatzfähig ist. Dennoch ist die Konfrontation mit Khan unausweichlich. Um die Chancen anzugleichen, fliegt die Enterprise in den nahegelegenen Mutara-Nebel, in dem Schutzschilde und Sensoren faktisch nutzlos sind. Dort kommt es nach einigen taktischen Manövern zum letzten Feuergefecht zwischen Relant und Enterprise. Beide tragen erhebliche Verlusste und starke Schäden davon. Scottie muss sogar den Warp-Antrieb der Enterprise deaktivieren.