[[Spock]], der mittlerweile zum [[Captain]] befördert wurde und das Kommando über die [[USS Enterprise (NCC-1701)|''Enterprise'']] übernommen hat, bittet die beim Test anwesende [[Liste der Crew der USS Enterprise (NCC-1701)|Crew]] des [[Raumschiff|Schiffs]], sich am nächsten Tag auf der ''Enterprise'' einzufinden – das Schiff wurde mittlerweile mit Schulungsaufträgen junger Sternenflottenmitglieder betraut.

Da es Kirks Geburtstag ist, erhält er in Abwesenheit der Anwesenden von Spock einen [[Die Geschichte zweier Städte|dicken Wälzer]] als Geschenk – von seinem Freund [[Leonard McCoy|Pille]] am folgenden Abend eine passende Lesebrille, da Kirk das Medikament [[Retinax V]] nicht verträgt. Sowohl Spock, als auch Pille raten ihrem Freund "durch die Blume", möglichst schnell wieder ein Kommando über ein Schiff zu übernehmen, bevor er endgültig zu alt für den Job sei.

Daraufhin lassen sich Terrell und Chekov auf den Planeten beamen, um die merkwürdigen Sensordaten vor Ort genauer zu untersuchen. <!-- Hint: Den Grund dafür erfährt der Zuschauen im nächsten Film! --> Recht schnell findet man im dem auf der Oberfläche tobenden Sandsturm ein Schiffswrack, in das man auch recht einfach kommt.

Die beiden untersuchen das Wrack und merken schnell, dass es sich bei den Schiffbrüchigen wohl um Menschen handeln muss. Es gibt ein Damebrett und eine kleine Schiffsbibliothek. Der Schreck fährt durch Chekovs Glieder, als er auf einer Gürtelschnalle einen bekannten Namen liest: [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']]. Die Untersuchung endet jedoch recht schnell – eine Gruppe von Menschen erwartet die zwei schon vor dem Wrack.

Die Freude über den errungenen Sieg währt jedoch nicht lange: Scotty kommt mit seinem schwer verletzten Neffen auf die Brücke – auf der Krankenstation, auf der sich die Verletzten schon stapeln, verstirbt dieser. Allerdings ist keine Zeit fürs Trauern – der Warpantrieb ist ausgefallen.

Als die ''Enterprise'' dann schließlich ''Regula 1'' erreicht, bietet sich dem [[Landetrupp]] bestehend aus Kirk, McCoy und Saavik ein Anblick des Grauens. Khan war vor ihnen an Bord und hat den größten Teil der Wissenschaftler gefoltert bis sie starben, um sich des Genesis-Projekts zu bemächtigen. Auf der Station findet man auch Chekov und Terrell – eingesperrt in einem Container. Das nun verstärkte Team verfolgt die Spuren der überlebenden Forscher, die offenbar den [[Transporter|Stationstransporter]] benutzt haben, um zu entkommen. Das Merkwürdige daran ist allerdings, dass die eingestellten [[Koordinaten]] in dem Planeten liegen.

Hier kommt es auch zum Kampf zwischen Kirk und seinem Sohn – David. Beide sind überrascht, als sie erkennen, dass sie Vater und Sohn sind – Carol hatte beide voneinander getrennt, da Kirk nie ein Familienmensch war. Doch die nächste Krise bahnt sich an, denn Terrell und Chekov stehen noch immer unter Khans Kontrolle und halten nun die Gruppe mit ihren [[Phaser]]n in Schach. David, der auf Terrell losgeht, wird von Saavik zu Boden gerissen – einer seiner Kollegen wird von dem Phaserstrahl getroffen und desintegriert. Als Khan den Befehl gibt, Kirk zu töten, erschießt sich Terrell selbst, während Chekov zusammenbricht. Aus seinem Ohr kriecht die Larve, die Khan ihm einsetzte – da sie eine potenzielle Gefahr für die Menschen zu sein scheint, tötet Kirk sie mit einem Phaserschuss.

Obgleich Kirk noch lebt, bleibt Khan noch immer am Drücker: mit dem Transporter der ''Reliant'' lässt er das Genesis-Projekt an Bord holen, während die [[Genesis-Höhle]] zu Kirks Grab werden soll – genauso, wie auch Kirk ihn aussetzte. Nachdem sich McCoy um den bewusstlosen Chekov gekümmert und Kirk seine "kreative Lösung" des ''Kobayashi Maru''-Test offenbart hat, wird dem Landetrupp ein kleines Wunder gezeigt – die zweite Phase des Genesis-Projekts.