Natürlich gilt es die garidianischen Flüchtlinge zu retten und den Warbird aus dem Gebiet der Föderation zu vertreiben - – aber damit ist es bei Weitem nicht getan: Die Crew der ''Enterprise'' ist dabei die Rätsel um eine alte garidianische Kolonie und eine antike Zivilisation - – genannt das Chodak-Imperium - – zu ergründen und die Unity-Sphäre zu suchen. Dabei liefert sie sich ein Wettrennen gegen zwei weitere Mächte: Die Romulaner und den letzten Rest der Chodak-Hinterbliebenen.

Obwohl die Handlung mehr als eine Doppelepisode vereinnahmen würde, entschied man sich das Spiel, wie eine Episode aufzuziehen: Zunächst führt ein kurzer Trailer den Spieler in die Handlung ein, dann folgt der Opener. Nun darf der Spieler in die Handlung eingreifen - – aber nicht, ohne dass der Titel ''"A final unity"'' erneut eingeblendet wird. Wird das Spiel erfolgreich beendet, werden die Credits angezeigt - – und das Spiel dann beendet.