Das Spiel beinhaltet die Story des Films "[[Star Trek: Treffen der Generationen]]" {{film|7}} mit einigen Abwandlungen bzw. Variationen. So ist der Spieler in der Lage Einfluss auf die Geschichte zu nehmen. [[Doktor]] [[Tolian Soran|Soran]] arbeitet mit den [[Romulaner]]n, den [[Klingone]]n und den Chodak zusammen und spielt sie gegeneinander aus. Er hat das Ziel bestimmte [[Stern]]e zu zerstören, um die Flugbahn des [[Nexus]] zu verändern. Die Crew der [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'']] ist ihm aber auf der Spur. Dreh- und Angelpunkt des Spiels ist die [[Stellarkartographie (Station)|Stellarkartographie]] der ''Enterprise''. Hier werden Entscheidungen getroffen, wo Soran zu suchen ist.