Die USS ''Dauntless'', ein Schiff der [[Galaxy-Klasse|''Galaxy''-Klasse]] ist in das Vesuvi-System eingeflogen, um einige ungewöhnliche Sonneneruptionen des Zentralgestirns zu observieren. Als der [[Captain]] mit dem [[Shuttle]] ''Ikarus 2'' zur Oberfläche einer der dem Stern nahegelegenen Terraforming-Station auf Vesuvi 4 übersetzen will, bemerkt er, dass die Sonne kurz vor einer [[Supernova]] steht und befiehlt seinem [[Erster Offizier|Ersten Offizier]], sich mit der ''Dauntless'' zurückzuziehen. Für ihn ist es zu spät: Der Stern explodiert und zerstört die Kolonie und das Shuttle. Die ''Dauntless'' kann sich nur mit knapper Not retten: Einige Bruchstücke des Sterns treffen auf die [[Schutzschild|Schilde]] des Schiffs und können abgewehrt werden, eines beschädigt jedoch eine der [[Warpgondel]]n. Nur mit einem überlasteten [[Impulsantrieb]] rettet sich das Schiff, bemerkt noch ein unidentifizierbares Objekt, welches das System mit Warpgeschwindigkeit verlässt und wird schließlich zum nächsten Raumdock geschleppt. <!--Terminologie im Spiel "space dock".-->

Nachdem die ''Dauntless'' ausgiebig instandgesetzt wurde, meldet sich der Spieler als neuer Kommandant auf der [[Brücke]], wo er seine ersten Befehle von [[Admiral]] Liu erhält, die ihm aufträgt, bei Sternenbasis 12 Versorgungsgüter aufzunehmen und sie zu den verbliebenen Kolonien des Vesuvi-Systems zu bringen. Als besonderer Gast kommt &ndash; in Begleitung des neuen Ersten Offiziers Commander Larsen &ndash; Captain Picard an Bord, der dem frisch gebackenen Kommandanten beratend zur Seite stehen soll.

Captain Picard bittet daraufhin Captain Draxon mit ihm zur Biranu-Station weiterfliegen zu dürfen und verlässt dann die ''Dauntless'', die dann auch von der ''Zhukov'' abgelöst wird, welche die ''Sovereign'' zur Sternenbasis 12 geleiten soll.

Die ''Dauntless'' macht sich wieder auf den Weg in das Vesuvi-System und versorgt dort die Geki-Kolonie mit den Gütern, als man ein [[Notruf|Notsignal]] des [[Cardassianer|cardassianischen]] [[Frachtschiff|Frachters]] ''Karoon'', dessen Captain berichtet, dass sein Schiff von einem romulanischen Schiff angegriffen wurde. Die ''Dauntless'' setzt Kurs auf den Ursprung des Signals, ein [[Asteroid]]enfeld im Beol-System, wo man sich erneut Captain Torenn gegenübersieht, welche die Besatzung der ''Karoon'' der Schmugglerei beschuldigt. Auch hier zieht sie sich zurück, nachdem das Schiff in einem Gefecht stärker beschädigt ist.

Nachdem die Gefahr gebannt ist, erzählt Praag von den Geschäften mit den Cardassianern &ndash; und auch davon, dass den Romulanern zwei ihrer [[Tarnvorrichtung]]en abhanden gekommen seien, was ihre Aktivitäten erklären würde. Die gesammelten Daten und die jüngsten Leistungen der Crew beeindrucken Admiral Liu derart, dass sie die Besatzung zurück zur Sternenbasis 12 beordert, wo sie ihr einen [[Landurlaub]] gewährt.

Die gesamte Crew der ''Dauntless'' wird nunmehr auf die ''Sovereign'' transferiert. Die ersten Tests bringen das Schiff zur Savoy-Station, wo sämtliche System ausgiebig getestet werden, der Deflektor bedarf einer Justierung und die Phaser sind auch noch nicht sehr zielgenau – die ''Sovereign'' ist gerade erst zur Serienreife umgerüstet worden. Als dies gelungen ist, will man sich nun einem Test der [[regenerativer Schutzschild|regenerativen Schilde]] und der [[Quantentorpedo]]s widmen, als die USS ''Geronimo'' im Testgebiet auftaucht und die Besatzung der ''Sovereign'' zu einem kleinen simulierten Gefecht herausfordert. Als es der Besatzung gelingt, ihre Fähigkeiten unter Beweis zu stellen, das neue Schiff zu führen und die USS ''Geronimo'' in der Simulation zerstört, enttarnen sich zwei klingonische Bird-of-Prey. Captain Draxon von der IKS ''RanKuf'' bietet sich an, um den Kampf neu zu starten und die Bedingungen etwas zu verschärfen, doch auch dies ist Letztenendes keine wirkliche Herausforderung. Nachdem Draxon der Besatzung seinen Respekt bekundet hat und die drei verbündeten Gegner das System verlassen haben, erhält man den ersten Auftrag von Admiral Liu:

Der nächste Auftrag führt die Besatzung der ''Sovereign'' zu einem gemeinsamen Auftrag mit der USS ''Enterprise'', von der ein erfreuter Picard grüßt, der sich sichtlich über die Zusammenarbeit freut. Beide Schiffe sollen die cardassianische [[Schiffswerft]] im Chambana-System angreifen und zerstören. Ist dies bewältigt, kehrt die ''Sovereign'' zur Sternenbasis 12 zurück.

Als man bei der Sternenbasis ankommt, findet man eine stark beschädigte USS ''Geronimo'' im Dock der Basis vor. Admiral Liu beauftragt die Besatzung der ''Sovereign'' damit, die Aufgabe der ''Geromino'' fortzusetzen, die wiederum einen cardassianischen Außenposten suchen sollte.

Nachdem man der Bitte nachgekommen ist, zieht sich die ''Sovereign'' zur Sternenbasis 12 zurück.

Es bleibt kaum Zeit für eine Verschnaufpause: Admiral Liu beauftragt die Besatzung der ''Sovereign'' damit, die USS ''San Francisco'' im Artrus-System zu unterstützen. Im System angekommen, platzt die Besatzung in ein Gefecht zwischen dem Föderationsraumschiff der ''Galaxy''-Klasse und einigen cardassianischen Schiffen. Sind diese ausgeschaltet, erhalten beide Schiffe einen Ruf aus dem Ona-System. Die [[USS Venture|USS ''Venture'']] und die die USS ''Devore'' stehen unter Beschuss und fordern von beiden Schiffen Verstärkung an.

Gemeinsam machen sich die verbliebenen Schiffe auf den Weg zur cardassianischen Basis, die nun ohne Verteidigung scheint, und erneut ist es die ''Khitomer'', deren Shuttles dieses Mal in Richtung der Planetenoberfläche starten. Allerdings ist man nicht lange ungestört: Nach und nach kommen immer mehr Schiffe in das System und zwar schließlich so viele, dass man nun ein ernstes taktisches Problem hat, denn sogar einige Kessok-Schiffe beteiligen sich an der Schlacht. Die ''Khitomer'' gibt schließlich das Signal zum Rückzug, also geben die anderen Föderationsschiffe so lange Deckung, bis die Shuttles wieder aus der Atmosphäre des Planeten aufgestiegen sind. Von dort aus, aktivieren diese ihren Warpantrieb und ziehen sich in das Beol-System zurück. Die ''Sovereign'' folgt ihnen, als man sicher ist, dass alle entkommen sind…

Die Sovereign ist auf dem Weg zum Beol-System, als ein Notruf von Sternenbasis 12 ankommt: Eine Streitmacht aus cardassianischen und Kessokschiffen befindet sich auf dem Weg zu ihr. Die Sovereign ist das am nächsten liegende Schiff zur Sternenbasis, weshalb es sofort den Kurs ändert und dort hin fliegt. Als sie bei Sternenbasis 12 eintrifft, kann sie noch einige Torpedos an Bord nehmen; für umfassende Reparaturen bleibt jedoch keine Zeit.

Während seiner Anwesenheit konnte er viel über das Gerät herausfinden. Es ist ein Solarformer. Die Kessok benutzen die Geräte, um Sterne und Planeten mittels Terraforming in für sie bewohnbare Planeten umzuwandeln. Sie wurden erst zu Waffen, als die Cardassianer mit ihnen experimentierten. Diese Geräte strahlen eine einzigartige Antiproton-Signatur aus, weshalb sie nach einer entsprechenden Konfiguratin gut zu orten sind. Unterdessen begibt sich die Kampftruppe zurück zur Sternenbasis 12. Die Enterprise nimmt ihren alten Kurs wieder auf.

Zusammen mit der Geronimo und der San Francisco erhält man den Auftrag, weitere Solarformer zu finden und zu zerstören. Ein Scan ergibt, dass sich einer dieser Geräte im Riha System befindet. Die Schiffe nehmen Kurs auf. Dort findet man allerdings nur Schiffe vor, die Sensoren finden keinen Solarformer. Die Kessokschiffe werden zerstört und ein cardassianerischer Galor wird außer Gefecht gesetzt. Anschließend werden die Logbücher des Schiffes nach Hinweisen durchsucht: Der Solarformer wurde von dem Galor aus getarnt. Durch Zerstörung des Schiffes wird der Former enttarnt. Weiterhin findet die Sovereign heraus, dass insgesamt 4 Solarformer im Einsatz sind. Der Galor wird zerstört und daraufhin vernichtet die Angriffsflotte den mittlerweile enttarnten Solarformer.