Schon nach der ersten Staffel gab es schon größere Veränderungen an der Serie. Denise Crosby stieg noch während der ersten Staffel aus der Serie aus. Sie fand, ihre Rolle habe eine zu geringe Bedeutung. Gates McFadden verließ die Serie, und wurde durch [[Diana Muldaur]] als [[Katherine Pulaski|Doktor Pulaski]] ersetzt. [[Colm Meaney]] bekam ab der zweiten Staffel regelmäßige Auftritte als [[Miles O'Brien|Chief O'Brien]]. Der bemerkenswerteste Neuzugang war aber [[Whoopi Goldberg]] als [[Guinan]], die die Produzenten um eine Gastrolle in der Serie bat und sich zu einer wiederkehrenden Figur innerhalb der Serie entwickelte. Aufgrund des Autorenstreiks von 1988 wurden für die zweite Staffel nur 22 Folgen anstatt der üblichen 26 Folgen produziert. Zu dieser Zeit strahlten 216 Sender die Serie aus.

Die Produzenten waren mit der Rolle der Dr. Pulaski nicht zufrieden und strichen sie wieder aus der Serie. Man wollte nicht wieder einen neuen Arzt in die Serie einführen. So kam es, dass McFadden zu Beginn der dritten Staffel in die Serie zurückkehrte. In dieser Staffel wurden für die männlichen Besatzungsmitglieder die zweiteiligen Uniformen eingeführt. Die alten einteiligen Overalls hatten den Nachteil, dass sie sich unter den Scheinwerfern schnell aufheizten. Bei diesen Uniformen hatte Stewart das Bedürfnis, die Jacke ständig herunter ziehen zu müssen. Später nannte man diese Angewohnheit auch „[[Picard-Manöver|Das Picard-Manöver]]“. Mit der Zeit nahmen auch die anderen Schauspieler dieses Verhalten an. Während der dritten Staffel kostete eine Folge 1,3 Millionen Dollar. Am Ende der dritten Staffel gab es den ersten Cliffhanger: {{e|In den Händen der Borg}}, der mit den Worten: <q>Fortsetzung folgt</q> endete, um bei den Zuschauern Neugier auf die vierte Staffel zu wecken.