Der Film handelt von dem jungen Kirk und Spock und ihrer ersten Mission an Bord der [[USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701)]]. Zusammen müssen sie in einer [[Narada-Kelvin-Neue Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] den Romulaner Nero aufhalten, welcher die gesamte Föderation vernichten will. Die beiden bekommen unerwartet Hilfe von Botschafter Spock, welcher ebenfalls durch die Zeit zurück gereist ist.