Vor dem [[Start]] der ]][[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'']] im Jahr [[2151]] ist [[Malcolm Reed]] Mitglied von Sektion 31. Im Jahr [[2154]] tritt sein ehemaliger [[Vorgesetzter]] [[Harris (Sektion 31)|Harris]] erneut an Reed heran und fordert dessen Mitarbeit bei einer Operation, das beinhaltet die Vernichtung von Beweisen an Bord der Enterprise]]. Als Archer dahinter kommt, lässt er Reed in eine Zelle sperren. Nachdem Harris Archer über alles Informiert hat wird Reed wieder frei gelassen. ({{ENT|Die Heimsuchung|Die Abweichung}})

In der ''[[Neue Zeitlinie|neuen Zeitlinie]]'' engagiert Sektion 31 unter [[Alexander Marcus]] den [[Augment]] [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan Noonien Singh]] unter dem Decknamen John Harrison als Agenten. Sie setzen die restliche Besatzung der [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']] als Druckmittel gegen ihn ein. Khan der glaubt John Harrison zu sein und sein Gedächtnis bei einer Außenmission auf [[Qo'noS]] verloren zu haben, vernichtet bei einer Operation Praxis. Khan seinerseits stiftet [[2259]] einen Mitarbeiter des [[Kelvin Gedenkarchiv]]s in [[London]], welches in Wirklichkeit eine geheime Produktionsbasis von Sektion 31 ist, einen Anschlag auf eben jenes zu verüben. Die Basis wird gänzlich vernichtet. ({{Film|12}})