Zur Zeit lebt Bakula mit seiner Frau Chelsea, die er 1996 geheiratet hat, in Los Angeles. Von 1981 bis 95 war er mit Krista Neumann verheiratet, mit der er auch eine Tochter, Chelsy (* 1985) und einen Adoptivsohn Cody, hat. Sein Sohn Wil (* 1995) stammt aus seiner Beziehung mit seiner zweiten Frau.

Bakula hat auch noch eine Farm im Bundesstaat New York.

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