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[[2267]] wird die ''Botany Bay'' antriebslos von der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] im [[Mutara-Sektor]] gefunden. Ein [[Außenteam]], geführt von [[Captain]] [[James Tiberius Kirk|Kirk]] [[beamen|beamt]] an Bord, um das Schiff zu untersuchen. Sie finden auch die Besatzung, welche sich noch immer im Kälteschlaf befindet. Als [[Montgomery Scott]] die [[Energie]] einschaltet, wird auch die Kammer aktiviert in der sich Khan Noonien Singh befindet. Bei den Schläferschiffen ist es üblich, dass der [[Kommandant]] des Schiffes zuerst geweckt wird. Khan wird an Bord der ''Enterprise'' genommen und die ''Botany Bay'' wird in Schlepptau genommen.
Khan kann mit Hilfe von [[Marla McGivers]] die übrige Besatzung der ''Botany Bay'' aufwecken und mit ihnen übernimmt er die Kontrolle über die ''Enterprise''. Die ''Botany Bay'' läßt lässt Khan treibend im [[Weltraum]] zurück. Nachdem Kirk und seine [[Liste der Crew der USS Enterprise (NCC-1701)|Crew]] wieder die Kontrolle über die ''Enterprise'' bekommen haben, werden Khan und seine Gefolgsleute mit dem Frachtcontainer der ''Botany Bay'' auf [[Ceti Alpha V]] ausgesetzt. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})
Erst [[2285]] wird die ausgesetzte Mannschaft von der Besatzung der [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] entdeckt und unbeabsichtigt befreit. Khan übernimmt die Kontrolle über die ''Reliant'' und setzt die Mannschaft der ''Reliant'' auf dem Planeten aus. Später wird die Besatzung der ''Reliant'' von [[Admiral]] Kirk gerettet. ({{Film|2}})