Das Computersystem ist ebenfalls mit bioneuralen Gelpacks aufgewertet, wie es auch bei der [[Sovereign-Klasse|''Sovereign''-Klasse]] der Fall ist. Sie gestalten den Datenfluss effektiver und erhöhen so die Leistungs- und Reaktionsfähigkeit immens. Der unmittelbare Vorläufer, der sogenannte [[Isolinearer Chip|isolineare Chip]], hat auch bei dieser Schiffsklasse endgültig ausgedient. Die Computersysteme sowie das komplexe [[ODN]]-Netzwerk, laufen alle in einem riesigen [[Computerkern]] zusammen, der sich über mehrere Decks erstreckt und begehbar ist. Da sich das Schiff durch den Multi-Vektor-Angriffsmodus in drei Schiffe aufteilen kann, ist es möglich, dass sich in jedem Schiffteil ein separater Computerkern befindet. Durch einen mündlichen [[Befehl]] des [[Captain]]s oder des [[Kommandant|kommandierenden Offiziers]], können sämtliche Kommandofunktionen des Schiffes gesperrt werden. Das hat zur Folge, dass die wichtigsten Systeme wie [[Antrieb]] oder [[Waffe]]n nicht mehr funktionsfähig sind. Außerdem kann der Computer durch weitere verbale Befehle spezielle Prozeduren ausführen, wie [[Beamen|Beamvorgänge]] auslösen oder, wie bei dieser Klasse, den Multi-Vektor-Angriffsmodus einleiten. Diese Klasse ist hochautomatisiert (notfalls kann diese Schiffsklasse von nur vier Besatzungsmitgliedern von der Brücke, und vermutlich auch von den Maschienenräumen, aus gesteuert werden). Vermutlich kann jede, nicht manuelle Funktion des Schiffs so gesteuert werden.

{{Meta|Nach dem Diebstahl der Prometheus und der darauf folgenden Flucht aus dem Föderationsraum fliegt die romulanische Crew das Schiff mit Warp 9,9 in Richtung neutrale Zone. Es ist allerdings unbekannt, ob die Warpgeschwindigkeit aufgrund äußerer Umstände oder Beschädigungen nicht voll ausgereizt wurde, oder ob Warp 9,9 die maximale, für die Dauer der Flucht erreichbare, Geschwindigkeit ist. Das MHN Typ II bestätigt, dass sie das schnellste Schiff der Flotte ist, daher ergeben sich die Warp 9,975, die Höchstgeschwindigkeit der USS ''Voyager'', als Mindesthöchstgeschwindigkeit. Das MHN-II gibt an, dass die ''Prometheus'' das <q>zur Zeit</q> schnellste Schiff ist. Allerdings ist auch anzunehmen, das es noch andere Schiffe der Intrepid-Klasse mit gleichstarkem Antrieb, wie die Voyager gibt, was darauf schließen lässt, das die Promethus tatsächlich das schnellste Schiff der Sternenflotte ist. Da die ''Prometheus'' das Typschiff der [[Prometheus-Klasse|gleichnamigen Klasse]] ist, kann angenommen werden, dass diese Klasse über den leistungsfähigsten Antrieb verfügt.}}