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Die [[Omega-Direktive]] ist inoffiziell die oberste Direktive der [[Sternenflotte]]. Als Reaktion auf die erste durch [[Omega-Molekül]]e verursachte Katastrophe in den [[2270er]]n, wird die Direktive gebildet, um sämtliche bekannten Omega-Moleküle zu zerstören. Sie ist nur den [[Captain]]s und [[Admiral|Admirälen]] der Sternenflotte bekannt.
Wenn Omega von den [[Sensoren]] eines [[Liste der Raumschiffe der FöderationFöderationsraumschiffe|Schiffes]] der Sternenflotte entdeckt wird, werden automatisch alle [[Computer]]systeme an Bord gesperrt. Dabei erscheint auf den [[LCARS]]-[[Interface]]s das griechische Omega. Allein der Captain hat die nötigen [[Autorisationscode|Zugriffcodes]], um die Computerblockade aufzuheben. Er muß nach Entdeckung des Moleküls sofort das [[Sternenflottenkommando]] benachrichtigen. Dieses schickt anschließend ein Spezialteam zu den entsprechenden [[Koordinaten]] und beginnt mit der Zerstörung des Moleküls.
Aufgrund der extrem hohen Gefahr, die von dem Omega-Molekül ausgeht, setzt die Omega-Direktive die offizielle [[oberste Direktive]], die Nicht-Einmischung in andere [[Kultur]]en, außer Kraft.