[[2366]] kommt es zu einem Mordanschlag auf Dukat. Anhand von [[Indiz]]ien hält Odo die Bajoraner [[Ishan Chaye]], [[Jillur Gueta]] und [[Timor Landi]] für schuldig an dem Anschlag auf Dukat. Die drei Bajoraner beteuern ihre Unschuld, doch Odo glaubt ihnen nicht. Schließlich werden die Drei auf dem Promenadendeck öffentlich [[Hinrichtung|hingerichtet]]. Allerdings kommt es wenige Tage später zu einen weiteren Anschlag auf Dukat und Odo erkennt, da es der selbe derselbe Tathergang gewesen ist, dass Ishan, Jillur und Timor wirklich unschuldig gewesen sind und das er für den Tod dieser Bajoraner verantwortlich ist. Diese Schuld verfolgt Odo noch viele Jahre. ({{DS9|Die Schuld}})

Wenig später explodiert der cardassianische Frachter [[Bok'Nor|''Bok'Nor'']], als dieser Deep Space 9 verlässt. Es gibt keine Überlebenden. Die Führungsoffiziere beginnen sofort zu ermitteln, was die Explosion auf den Frachter ausgelöst hat. Zu dieser Zeit haben die Föderation und die Cardassianer einen neuen Vertrag abgeschlossen und es wurde eine [[Entmilitarisierte Zone]] gegründet, allerdings müsse beide Großmächte einige [[Kolonie]]n aufgeben. Sisko beginnt mit Commander [[Calvin Hudson]] wegen dieser Explosion zu ermitteln, da beide den neuen Friedensvertrag in Gefahr sehen. Schließlich mischen sich auch die Cardassianer in diese Ermittlung ein und Gul Dukat wendet sich an Sisko. Es kommt inzwischen zu Konflikten zwischen den Cardassianern und den Kolonisten in der Entmilitarisierten Zone und diese Kolonisten geben zu, dass sie für den Anschlag auf die ''Bok'Nor'' verantwortlich sind. Wenig später wird auch Dukat von diesen Kolonisten entführt. Odo ist verärgert, da wenn er die selben dieselben Freiheiten wie bei den Cardassianern gehabt hätte, währe Dukat niemals entführt worden. Sisko will diese Kolonisten, welche sich [[Maquis]] nennen, aufsuchen und verfolgt die Spur von Dukats Entführern in die [[Badlands]] und nimmt dafür auch Kira und Bashir mit. Auf einen Asteroiden trifft Sisko auf den Maquis und unter den Anhängern befindet sich auch Siskos Freund Hudson. ({{DS9|Der Maquis, Teil I}})

Bei der Löschung einiger Programme in der [[Erzverarbeitungsanlage]] aktiviert O'Brien aus Versehen das [[Antirebellionsprogramm]] der Cardassianer. Kira, Dax und Bashir versuchen das Programm von der OPS zu deaktivieren, doch ihnen gelingt dies nicht und auch Odo hat, trotz cardassianischer Sicherheitsberechtigung keine Möglichkeit das Programm zu deaktivieren. Zur selben Zeit kommt Quark in Odos Büro und beschwert sich, dass das Sicherheitsprogramm seiner Kundschaft Sorgen bereitet, doch Odo hat im Moment andere Sorgen. Inzwischen wird die nächste Stufe des Antirebellionsprogramms gestartet und Deep Space 9 wird durch [[Kraftfeld]]er abgesichert. Dadurch sitzen Odo und Quark im Sicherheitsbüro fest. Odo kann trotz seiner wandlerischen Fähigkeiten das Kraftfeld nicht durch dringen. Später aktiviert sich die nächste Stufe des Programms und aktiviert die [[Selbstzerstörung]] der Station. Da Quark weiß das dieser Sterben wird, spricht Odo ihm Mut zu. Sisko und O'Brien gelingt es zur selben Zeit die Energie, welche für die Vernichtung der Station verantwortlich ist, umzuleiten und sie können so das Programm entgültig endgültig deaktivieren. Danach werden Odo und Quark aus dem Büro befreit. ({{DS9|In der Falle}})

Wenig später kommt der Klingone [[Kurn]] an Bord der Station, allerdings ist dieser betrunken und bedroht Odo und seine Sicherheitsoffiziere. Schließlich kommt Worf hinzu, um sich um seinen Bruder zu kümmern. Kurn will, dass Worf bei ihm das [[Mauk-to'Vor]] durchführt, damit dieser einen ehrenvollen Tod stirbt. Doch Dax findet heraus, dass Worf seinen Bruder töten will. Sie und Odo versuchen Worf aufzuhalten, doch sie kommen zu spät Worf hat das Messer schon in den Körper von Kurn gestoßen. Dax beamt Kurn sofort auf die Krankenstation und Odo droht Worf, falls dieser stirbt er Worf wegen Mordes anklagen wird. Bashir gelingt es jedoch das Leben von Kurn zu retten. Damit Kurns Leben wieder einen Sinn ergibt bittet Worf Odo, dass Kurn bei seinem Sicherheitsteam arbeitet. Odo stimmt der Bitte Worfs zu und Worf weiß nun das er in der Schuld von Odo steht. Doch Odo ist von Kurns arbeitet in der Sicherheit positiv überrascht, da Kurn sehr sorgfältig arbeitet. Doch wenig später lässt sich Kurn von einem Schmuggler niederschießen und Odo erkennt das Kurn sich noch immer umbringen will. Darauf entlässt er Kurn aus seinem Sicherheitsteam. Kurn nun entgültig endgültig seinen Lebenswillen verloren und will nur noch sterben. Für Worf gibt es nur noch einen Weg das Leben seines Bruders zu retten, er lässt von Bashir das Gedächtnis von Kurn löschen und Kurn bekommt eine neue Identität als [[Rodek]], damit dieser ein neues Leben beginnen kann. ({{DS9|Die Söhne von Mogh}})

Auch nach einigen Monaten hat Odo noch immer Schwierigkeiten ein Solid zu sein. Aufgrund seiner noch immer steifen Haltung leidet Odo nun unter Rückenschmerzen. Als sich Odo von [[Julian Bashir (Gründer)|Bashir]] behandeln lässt, kommt Quark zu ihm und verkauft ihn ein krankes [[Baby (Wechselbalg)|Wechselbalgbaby]]. Odo holt sich von Sisko die Erlaubnis sich um das Wechselbalgbaby zu kümmern. Bashir behandelt das Baby und dem Wechselbalg scheint es besser zu gehen. Odo kümmert sich liebevoll um das Wechselbalgbaby, damit es sich entwickeln kann. Während sich Odo um das Baby kümmert, erscheint Doktor Mora und bietet Odo seine Hilfe an. Doch Odo lehnt seine Hilfe ab, da er nicht wünscht das Mora die selben dieselben Experimente an dem Baby durchführt wie bei ihm. Odo kommt nur sehr langsam voran mit der Entwicklung des Kindes und die Sternenflotte übt Druck aus, da diese Kontakt mit dem Wechselbalg aufnehmen will, um so mehr über das Dominion zu erfahren. Damit sich Odo weiter um den Wechselbalg kümmern kann, nimmt er nun die Hilfe von Mora an. Mit den Experimenten von Mora nimmt nun auch der junge Wechselbalg andere Formen an und Odo macht Fortschritte. Der junge Wechselbalg ahmt sogar Odos Gesicht nach und Mora ist begeistert über die Fortschritte welche Odo mit den jungen Wechselbalg macht. Während seiner Arbeit erkennt Odo auch, dass Mora das selbe dasselbe mit ihm als jungen Wechselbalg erlebt hat und Odo beginnt Mora besser zu verstehen. Die beiden feiern über ihre Fortschritte, doch plötzlich kommt eine Meldung aus dem Labor, dass sich die Werte des Wechselbalgs verschlechtern. Der junge Wechselbalg liegt im sterben, aber weder Mora noch Bashir können den Wechselbalg retten. Kurz bevor der Wechselbalg stirbt, intrigiert sich dieser in den Körper von Odo. Odo erleidet einen kurzen Schmerz und bemerkt, dass er seine wandlerischen Fähigkeiten zurück hat. ({{DS9|Das Baby}})

Kurz darauf fälscht Weyoun eine Botschaft, um Odo zu sich locken. Als Odo erkennt, dass die Botschaft von Weyoun stammt, will dieser sofort gehen, doch Weyoun erklärt er habe die Botschaft gefälscht, um sich mit Odo zu treffen. Weyoun erklärt, dass er zur Föderation überlaufen und das Dominion verlassen will. Weyoun verspricht darauf Odo mit Informationen zu versorgen, damit die Föderation den Krieg gewinnt. Darauf nimmt Odo Weyoun mit an Bord seines Runabouts und fliegt mit diesen in den Föderationsraum zurück. Während des Fluges erhält Odo eine Botschaft von Cardassia und diese stammt von einem weiteren Weyoun. Dieser Weyoun erklärt, dass er der [[Weyoun 7|siebete Klon der Weyouns]] ist und das bei Odo sein Vorgänger sitzt. Weyoun 7 erklärt Odo das sein Vorgänger [[Weyoun 6]] ein fehlerhafter Klon ist und dieser sich umbringen soll. Doch Weyoun 6 will dies nicht tun und Weyoun 7 fordert von Odo die Auslieferung seines Vorgängers. Doch Odo weigert sich ihn aus zu liefern. Odo beendet darauf die Transmission und erfährt von Weyoun 6 die Wahrheit. Dieser Weyoun hält es für falsch den Krieg zu führen und deswegen sollte er sich umbringen. Da Damar in Weyoun 6 eine große Gefahr sieht beschließt er das Runabout von Odo zu zerstören. Weyoun 7 gefällt es gar nicht für den Tod eines Gründers verantwortlich zu sein, dennoch erkennt er die selbe dieselbe Gefahr, welche von seinem Vorgänger ausgeht. Wenig später wird das Runabout von einem Jem'Hadar-Angriffsjäger angegriffen, doch mit dem Wissen von Weyoun, kann Odo den Angriffsjäger vernichten. Nach dem Weyoun und Odo den Angriff überstanden haben, erfährt Odo von Weyoun das die Gründer an einer geheimnisvollen Krankheit leiden und alle sterben werden. Odo bedrückt dies sehr, dass sein Volk sterben wird, doch plötzlich greifen vier Jem'Hadar-Angriffsjäger das Runabout an. Odo flieht mit dem Runabout in ein Asteroidenfeld, welches aus Eis besteht. Das Runabout fliegt in einem Asteroiden und deaktiviert die Energie, damit sich das Runabout der Außentemperatur anpasst und so nicht entdeckt wird. Doch nach ein paar Stunden wird das Runabout von den Jem'Hadar entdeckt. Als Weyoun 6 erkennt, dass sie den Kampf gegen die Jem'Hadar-Angriffsjäger nicht überleben werden, nimmt dieser Kontakt mit Weyoun 7 auf. Weyoun 6 bittet, um Odo zu retten, dass sein Nachfolger den Angriff abbricht und im Gegenzug begeht Weyoun 6 Selbstmord. Nachdem Weyoun 6 gestorben ist, bricht Weyoun 7 den Angriff auf das Runabout ab. Odo kehrt mit dem Wissen nach Deep Space 9 zurück das er bald der letzte seiner Art sein wird. ({{DS9|Verrat, Glaube und gewaltiger Fluß}})

{{Dialogzitat|Odo|Ich hab eine Freundin beim Sicherheitsdienst der Sternenflotte und deren Freundin hat einen Cousin der mit einer Assistentin eines Mitglieds des medizinischen Rates der Förderation Föderation verheiratet ist…|Bashir|…ach wirklich?|Odo|Und nach Aussage meiner Freundin hat ihre Freundin von ihrem Cousin gehört, dass seine Frau etwas von ihrem Mann gehört hat, dass für Sie möglicherweise von Interesse sein könnte: Dr. Raid wird den Carringtonpreis nicht gewinnen!}} ({{DS9|Das Motiv der Propheten}})