Captain Kirk besucht daraufhin Präsident Kennedy im Weißen Haus. Kirk muss ihn nicht dazu überreden, sich für die Wiederherstellung der Zeitlinie selbst zu opfern, denn dies gelingt der ''Enterprise''-Crew auf anderem Wege. Man kehrt zufrieden in das 23. Jahrhundert zurück, wo nur eine leicht veränderte Zukunft auf die Helden wartet: Dr. McCoy ist zu seiner Überraschung plötzlich verheiratet.

In einer überarbeiteten Version des Skriptes erhielt die Handlung ein kontroverses Ende, das an die Tragik der Episode {{e|Griff in die Geschichte}} erinnert: Die Zeitlinie kann nur durch den Tod Kennedys wiederhergestellt werden. Spock sieht sich gezwungen, den Platz des Attentäters von Dallas einzunehmen und tötet Präsident Kennedy von einem Zaun aus mit dem Phaser. Dieses Ende ging den Paramountverantwortlichen jedoch entschieden zu weit und überzeugte sie endgültig davon, sich nach anderen kreativen Köpfen für die Weiterentwicklung ''Star Trek''s umzusehen. Die Idee eines Kennedy ermordenden Spocks fiel auch bei den Fans durch, während sich Roddenberrys langjährige Sekretärin Susan Sackett für den Plot begeistern konnte. <ref name="GeneII">Artikel: [http://trekmovie.com/2016/11/28/gene-roddenberrys-abandoned-star-trek-ii-film-concept/ Gene Roddenberry’s Abandoned Star Trek II Film Concept] auf [http://trekmovie.com/ TrekMovie.com]</ref>