Kurz darauf befindet sich die ''Enterprise'' auf den Weg nach [[Memory Alpha]], der Zentralbibliothek der Föderation. Zu dieser Zeit hat Scott eine Romanze mit Lieutenant [[Mira Romaine]]. Auf dem Weg nach Memory Alpha gerät das Schiff in einen [[Energiesturm]]. Dieser Energiesturm erweist sich sich später als die letzten Überleben vom Planeten [[Zetar]]. Die [[Zetarianer]] versuchen von Romaine Besitz zu ergreifenund Romaine beginnt sich darauf seltsam zu verhalten. Scott macht sich große Sorgen um ihr Wohlergehen. Zu beginn glaubt Scott, dass Romaine an der [[Raumkrankheit]] leidet. Der Sturm bewegt sich darauf auf Memory Alpha zu. Dort findet die Besatzung der ''Enterprise'' später nur noch Tote. Kurz darauf wird die ''Enterprise'' wieder von dem Sturm angegriffen. Romaine glaubt, dass sie eine Verbindung zu dem Energiesturm hat, aber Scott glaubt noch immer das es sich bei ihr um die Raumkrankheit handelt. Doch schließlich stellt sich heraus, dass die Zetarianer sie übernommen haben. Romaine warnt Kirk und Scott, dass sie den Tod von Scott voraussieht. Um die ''Enterprise'' und Romain vor den Zetrianern zu retten, muss Romaine in die Druckkammer. Doch durch die Zetarianer ist sie zu einer tödlichen Gefahr geworden. Scott macht sich große Sorgen um ihr Wohlergehenriskiert sein Leben und bringt diese in die Druckkammer. Durch die Druckkammer sterben die Zeterianer die von Romaine Besitz ergriffen haben. Scott kann kurz darauf sie wieder glücklich in seine Arme schließen. ({{TOS|Strahlen greifen an}})

Scott übernimmt einige Zeit darauf das Kommando , als Kirk mit seinem Außenteam auf den Planeten [[Ardana]] beamt. Später Auf der Oberfläche stellt Kirk fest, dass auf dem Planeten ein Zweiklassensystem herrscht. Scott bekommt er von Kirk den Befehl [[Plasus]] in die Höhle zu Kirk zu beamen. Damit will Kirk erreichen, dass Plasus die Lebensumstände der [[Troglyt]]en sieht. Plasus soll dadurch die Lebensumstände der Troglyten verbessern. Plasus erkennt, dass Kirk recht hat und das Zweiklassensystem wird aufgelöst. ({{TOS|Die Wolkenstadt}})

Einige Zeit später verfolgt die ''Enterprise'' das gestohlene Schiff ''[[Aurora]]''. Bei der Verfolgung der ''Aurora'' wird ihr Antrieb überlastet und im letzten Moment kann Scott die Flüchtlinge an Bord der ''Enterprise'' beamen. Es Doch die Flüchtlinge verhalten sich gegenüber Scott sehr abweisend und er meldet dies sofort der Brücke. Der Anführer der Gruppe stellt sich herausals Doktor [[Sevrin]] vor und erklärt, dass die Flüchtlinge, von er seine [[Sevrin|Dr. SevrinHippie]] geführt werden und auf dem Weg s zum Planeten [[Eden]] sindführen will. Um dieses Ziel zu erreichen, versucht Sevrin die ''Enterprise'' zu kapern und setzt die Besatzung mit Ultraschall außer Gefecht. Nachdem die Besatzung wieder die Kontrolle über das Schiff übernimmt, beamt Scott den Captain und ein Außenteam nach Eden um dort die Flüchtigen zu fangen. Doch es stellt sich heraus, dass Eden eine tödliche Welt ist. Sevrin will dies nicht wahr haben und begeht [[Selbstmord]], der Rest der Hippies kehrt verletzt auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TOS|Die Reise nach Eden}})

Kurz darauf erhält Scott erhält das Kommando, als Kirk mit einem Außenteam auf den Planeten [[Holberg 917G]] beamen, um [[Ryetalyn]] zu besorgen. Auf der ''Enterprise'' ist zu dieser Zeit das [[Rigelianisches Fieber|rigelianische Fieber]] ausgebrochen und die Crew droht daran zu sterben. Kirk will mit [[Flint]] auf den Planeten verhandeln, aber Flint will nicht. Um seine Macht zu beweisen verkleinert Flint die ''Enterprise'' mit der gesamten Besatzung. Flint macht später dies rückgängig und Kirk bekommt das Gegenmittel. ({{TOS|Planet der Unsterblichen}})

Auf dem Planet [[Camus II]] tauschen Kirk und Dr. Doktor [[Janice Lester]] ihre Körper. Die übrigen Mitglieder des Außenteams bekommen davon nichts mit. Lester/Kirk will auf diese Art Kontrolle über ''Enterprise'' erlangen. Spock merkt kurz darauf, dass etwas nicht mit dem Captain stimmt. Damit Lester/Kirk das Kommando behalten kann lässt er Kirk/Lester und Spock einsperren und verurteilt sie wegen Meuterei zum Tode. Das seltsame Verhalten des Captain verunsichert auch McCoy und Scott. Als Lester/Kirk das merkt werden die beiden auch zum Tod verurteilt. Kurz vor der Hinrichtung gelangt Kirk wieder in seinem Körper und bekommt wieder die Kontrolle über die ''Enterprise''. ({{TOS|Gefährlicher Tausch}})