Einige Zeit später bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag [[Botschafter]] [[Kollos]] ein [[Meduser]] zu seiner Heimatwelt zu bringen. Zu seiner Delegation gehört auch [[Lawrence Marvick]], einem Konstrukteur der ''Enterprise''. Für Scott ist es eine große Ehre ihn kennen zu lernen. Aber Marvick will Kollos aus Eifersucht töten. Bei dem Versuch wird er durch die Strahlung von Kollos wahnsinnig. Er begibt sich darauf in den Maschinenraum und Scott freut sich endlich mit ihn über den Antrieb unterhalten zu können. Doch der wahnsinnige Marvick greift darauf Scott an und schlägt diesen nieder und steuert die in ''Enterprise'' in die Galaktische galaktische Barriere. Mit Kollos Hilfe kann die ''Enterprise'' wieder aus der Barriere entkommen. ({{TOS|Die fremde Materie}})

Kurz darauf übernimmt Scott übernimmt das Kommando über die ''Enterprise'', als Kirk mit einem Außenteam auf den Planeten [[Minara II]] beamt. Das Außenteam wird von den [[Vianer]]n gefangen genommen. Als das Außenteam fliehen kann, erzeugen die Vianer eine Illusion von Scott. Kirk glaubt er sei gerettet als er Scott sieht, aber Kirk erkennt schnell, dass es sich um eine Täuschung der Vianer handelt. Er später können Kirk, Spock und McCoy den Vianern entkommen und kehren zurück auf die ''Enterprise''. ({{TOS|Der Plan der Vianer}})

Im selben Jahr Wenig später befindet sich die ''Enterprise'' auf der Suche nach der im Tholianischen Raum verschollenen [[USS Defiant (NCC-1764)|USS ''Defiant'']]. Kirk und ein Außenteam beamen auf die ''Defiant'' und Scott übernimmt das Kommando über die ''Enterprise''. Währenddessen beginnt sich die ''Defiant'' aufzulösen und verschwindet in ein anderes [[Spiegeluniversum|Universum]]. Scott versucht das Außenteam wieder an Bord zu beamen. Mit Ausnahme von Captain Kirk gelangen alle sicher an Bord. Kirk befindet sich noch im Beamstrahl als die ''Defiant'' in das andere Universum verschwindet. Scott versucht alles um Kirk an Bord zu beamen aber es war nicht mehr möglich und Kirk wird für tot erklärt. Durch das Raumphänomen breitet sich eine Art von Wahnsinn an Bord der ''Enterprise'' aus. Auch einige von Scotts Männern im Maschinenraum sind davon betroffen. Es kommt zu Streitereien und Scott muss dazwischen gehen. Später erscheint Kirk im Maschinenraum und Scott gehört glaubt nun, dass er auch zu den ersten welche die Erscheinung von Captain diesem Wahnsinn betroffen ist. Doch da auch Uhura und andere Brückenoffiziere Kirk sehengesehen haben, glaubt Spock Scotts Bericht. Nach langem Forschen findet McCoy schließlich ein Gegenmittel gegen die Krankheit. Er verwendet dazu das klingonische Nervengift [[Teragen]] Scott findet Gefallen an dem Getränk. Nachdem die Krankheit geheilt ist und die ''Enterprise'' aus dem Tholianischen Raum entkommen ist, kann auch Kirk gerettet an Bord gebeamt werden. ({{TOS|Das Spinnennetz}})

Wenig später wird die ''Enterprise'' von Raketen angegriffen. Kirk lässt einen Kurs auf dem Ursprungsort der Raketen setzen. Diese stammen von einem Asteroiden. Während Kirk mit einem Außenteam auf die Oberfläche beamt übernimmt Scott übernimmt wieder das Kommando über die ''EnterpriseEnterpise''. Dort stellt es sich heraus, als dass der Asteroid in Wirklichkeit ein Raumschiff ist. Bei der Mission helfen Kirk, Spock und McCoy dabei für die Fabrini, welche auf das als Asteroid getarnten dem Raumschiff [[Yonada]] beamenleben, eine neue Heimat zu finden. ({{TOS|Der verirrte Planet}})

Auf dem Planet Die ''Enterprise'' erhält einige Wochen später einen Notruf vom Planeten [[Beta XII-A]] werden Überlebende . Dort soll sich angeblich eine Kolonie der Föderation befinden. Als Kirk mit einen Außenteam auf den Planeten beamt, gibt es jedoch keine Anzeichen einer Kolonie auf dem Planeten. Plötzlich erscheinen einige Klingonen, angeführt von einem klingonischen [[Kang]] und machen die Menschen für einen Angriff auf ihr Schiff und unbewusst verantwortlich. In Wirklichkeit ist ein Fremdes fremdes [[Beta-XII-A-Wesen |Wesen]] für diese Täuschungen verantwortlich. Zusammen mit den Klingonen, beamt das Außenteam daraufhin an Bord der '' Enterprise'' aufgenommen. Das Da das Wesen vom Planeten von Hass lebt, schürt [[dieses Hass]] zwischen den Klingonen Menschen und den Menschen und es kommt zu Kämpfen an BordKlingonen. Auch Scott wird vom Hass übermannt und kämpft gegen die Klingonen. Als Scott die Waffenkammer untersucht entdeckt dieser, dass sämtliche Phaser in [[Schwert]]er transformiert worden und er setzt das Schwert gegen die Klingonen ein. Kirk erkennt, dass das fremde Wesen für die Gewalt an Bord verantwortlich ist. Kirk versucht auch Scott zu überzeugen, dass das Wesen für die Kämpfe an Bord verantwortlich ist. Aber in seinem Hass greift er fast den Captain an. Darauf merkt auch Scott was das Wesen mit ihm anrichtet. Durch die Zusammenarbeit zwischen Menschen und Klingonen kann das Wesen schließlich besiegt werden. ({{TOS|Das Gleichgewicht der Kräfte}})