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Bei einer Mission auf dem Planeten [[Pyris VII]], werden Scott und Sulu von den dort lebenden Wesen [[Korob]] und [[Sylvia (Pyris VII)|Sylvia]] gefangen genommen. Mit Hilfe des [[Transmutator]]s werden beide in seelenlose [[Marionette]]n verwandelt. Die beiden helfen dann später, ohne das sie davon wissen, bei der Gefangennahme von Kirk und seinem Außenteam. Kirk vernichtet kurz darauf den Transmutator und Scott und Sulu bekommen ihren freien Willen zurück. ({{TOS|Das Spukschloss im Weltall}})
[[Datei:Scotty auf der Constellation.jpg|thumb|left|Scott an Bord der ''Constellation''.]]
Wenig später übernimmt Scott das Kommando über die ''Enterprise'', nachdem Kirk, Spock und McCoy, sowie [[Nancy Hedford]], eine Gesandte der [[Föderation]], mit einem [[Shuttle]] zum Planeten [[Epsilon Canaris III]] fliegen. Nachdem das Shuttle vom Kurs verschwunden ist, macht sich Scott mit der ''Enterprise'' auf die Suche nach dem Shuttle. Scott findet schließlich das Außenteam auf einem unerforschten [[Planetoid]]en in der [[Gamma Canaris|Gamma-Canaris]]-Region. ({{TOS|Metamorphose}})
Einige zeit darauf verliebt sich Scott in in die [[Historiker]]in Lieutenant [[Carolyn Palamas]]. Zur selben Zeit wird die ''Enterprise'' im Orbit von [[Pollux IV]] von der [[Hand]] des [[Apoll]] festgehalten. Apoll bittet darauf ein Außenteam auf die Oberfläche und Scott begleitet das Außenteam. Als Apoll Interesse für Palamas zeigt, reagiert Scott eifersüchtig und greift Apoll an. Apoll greift Scott mit einem Blitz an und Scott verliert dabei sein Bewusstsein. Als Scott wieder zu Bewusstsein kommt warnt Kirk diesen Apoll nochmal zu reizen. Mit der Zeit findet Kirk die Schwachstelle von Apoll. Um Apoll zu schwächen provozieren Scott und die anderen Apoll, damit dieser Abgelenkt ist. Darauf feuert die ''Enterprise'', auf die Energiequelle von Apoll. Durch diesen Phaserbeschuß verliert Apoll endgültig seine Kraft und stirbt. Scott und die anderen können darauf von Pollux IV entkommen. ({{TOS|Der Tempel des Apoll}})
Kurz darauf reagiert die ''Enterprise'' auf den Notruf der [[USS Constellation (NCC-1017)|''Constellation'']]. Kirk beamt mit einem Landetrupp, darunter auch Scott, auf das Schiff. An Bord ist Scott ist dort für die Reparaturen des Schiffes verantwortlich. Während seiner Reparaturarbeiten findet Scott findet auch das [[Computerlogbuch]] des Schiffes. So findet Kirk heraus, was mit dem Schiff und seiner Crew geschehen ist und das diese von einem [[Planetenkiller]] angegriffen worden ist. Scott Kurz darauf gelingt es, Scott das Schiff kurz darauf wieder manövrierfähig zu machen. Als An Bord der ''Constellation'' gibt es nur einen Überlebenden [[Commodore]] [[Matt Decker]]. Da der Planetenkiller Deckers gesamte Mannschaft getötet hat, will er den Plantenkiller vernichten und bringt dabei die ''Enterprise'' von dem in Gefahr. In seinen Wahn den Planetenkiller zu vernichten fliegt Decker in einer Fähre in diesen hinein und dabei kommt er ums Leben. Dies bringt Kirk auf die Idee mit der ''Constellation'' in den Planetenkiller fliegen zu lassen und diese dort zur Explosion zu bringen. Scott überlastet dafür den [[Planeten-KillerImpulsantrieb]] angegriffen wird, lässt Kirk sein Team wieder an Bord der ''EnterpriseConstellation'' beamenund gibt Kirk den Zünder dafür. Scott richtete vorher beamt auf die Selbstzerstörung auf ''Enterprise'' und Kirk fliegt mit der ''Constellation'' ein und kurz bevor das Schiff im Planeten-Killer explodiertin den Planetenkiller, beamt er um dort den Sprengsatz zu aktivieren. Doch als Kirk an Bord zurück beamen will fällt der Transporter aus. Bevor die ''EnterpriseConstellation''gelingt es Scott Kirk an Bord zu beamen. Durch die Explosion wird der Planetenkiller außer Gefecht gesetzt. ({{TOS|Planeten-Killer}})
[[Datei:Scotty Nomad.jpg|thumb|left|Scott wird von Nomad getötet.]]
[[Datei:Scotty Spiegeluniversum.jpg|thumb|Scott gefangen im Spiegeluniversum.]]