[[2285]] ist Scott für die [[Kadett]]en im Maschinenraum verantwortlich. Unter den Kadetten befindet sich auch sein Neffe [[Peter Preston]]. Admiral Kirk bekommt zu der Zeit den Auftrag die ''Enterprise'' zu inspezieren und führt mit dem Schiff einen Trainingsflug durch. Bei dem Trainingsflug erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von der [[Raumstation]] [[Regula 1]]. Auf dem Weg nach Regula 1 wird die ''Enterprise'', von der von Khan übernommenen [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] angegriffen. Die ''Enterprise'' trägt bei dem Angriff schwere Schäden davon. Im Maschinenraum gibt es viele Verletzte und Tote, darunter auch Scotts Neffe. Scott ist über den Verlust ziemlich geschockt. Beim Kampf gegen die ''Reliant'' im [[Mutara-Nebel]] erleidet Scott leichte Strahlenschäden. Spock versucht im Reaktorraum den Warpantrieb zu reparieren. Dort stirbt Spock. Als Kirk den sterbenden Spock sieht müssen Scott und McCoy ihn aufhalten damit er nicht in den Reaktorraum hinein geht. Scott begründet diese Aktion mit: "Er (Spock) ist doch bereits tot." Bei Spocks Trauerfeier spielt Scott auf dem [[Dudelsack]] das Lied [[Amazing Grace]]. ({{Film|2}})

Im selben Jahr wird Scott zum Captain befördert und wird auf die [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] versetzt, um bei der Entwicklung des [[Transwarpantrieb]]s mitzuhelfen. Im Auftrag von Admiral Kirk sabotiert er diesen um der entführten ''Enterprise'' die Flucht zu ermöglichen. Scott hilft Kirk den Leichnam von von Spock auf dem verbotenden Planet [[Genesis (Planet)|Genesis]] zu finden. Als die ''Enterprise'' von den Klingonen übernommen wird muss Kirk die Selbstzerstörung aktivieren. Auch Scott gibt dazu seinen Kommando Code ein. Nach der Rettung von Spock fliegen Scott und die anderen mit dem eroberten [[Klingonischer Bird-of-Prey|Bird-of-Prey]] nach [[Vulkan]]. Dort nimmt auch Scott an dem Ritual teil, indem Spocks [[Katra]] mit seinem Köper wieder vereinigt wird. Scott freut sich, dass es Spock wieder gut geht. ({{Film|3}})