Im selben Jahr wird Scott zum Captain befördert und wird auf die [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] versetzt, um bei der Entwicklung des [[Transwarpantrieb]]s mitzuhelfen. Im Auftrag von Admiral Kirk sabotiert er diesen um der entführten ''Enterprise'' die Flucht zu ermöglichen. Scott hilft Kirk den Leichnam von von Spock auf dem verbotenden Planet [[Genesis (Planet)|Genesis]] zu finden. Als die ''Enterprise'' von den Klingonen übernommen wird muß Kirk die Selbstzerstörung aktivieren. Auch Scott gibt dazu seinen Kommando Code ein. Nach der Rettung von Spock fliegen Scott und die anderen mit dem eroberten [[Klingonischer Bird-of-Prey|Bird-of-Prey]] nach [[Vulkan]]. Dort nimmt auch Scott an dem Ritual teil, indem Spocks [[Katra]] mit seinem Köper wieder vereinigt wird. Scott freut sich, dass es Spock wieder gut geht. ({{Film|3}})

[[2286]] müssen Scott und die anderen, sich für ihre Aktionen bei der Rettung von Spock verantworten. Sie Nachdem sie drei Monateauf Vulkan verbracht haben, fliegen sie mit dem Bird-of-Prey zur Erde. Zu dieser Zeit wird die Erde von einer [[Walsonde|unbekannten Sonde]] kontaktiert. Dieser Kontakt hat aber zur Folge, dass die Erde sich in Gefahr befindet. Spock erkennt, dass Buckel[[walBuckelwal]]e die Erde retten können. Aber um welche zu finden, müssen sie ins 20. Jahrhundert zurück reisen. Im 20. Jahrhundert ist Scott für den Wassertank in dem die Wale [[Wal]]e transpotiert werden müssen verantwortlich. Um an das Material für den Tank ran zu kommen bietet Scott Doktor [[Nichols]] im Austausch die Formel für [[Transparentes Aluminium]] an. Mit den Tanks können die Wale ins 23. Jahrhundert transportiert werden und die Erde ist , durch die Kontaktaufnahme der Wale mit der Sonde, gerettet. Auf Grund der Rettung der Erde bleibt die Sabotage der ''Excelsior'' und die anderen Anschuldigungen für Scott ohne Folgen. Scott wird kurz darauf Chefingenieur auf der [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-A)]]. ({{Film|4}})

[[2287]] ist die ''Enterprise'' noch nicht voll Einsatzfähig und Scott leitet die Reperaturen. Er ist Entsetzt als die ''Enterprise'' den Einsatzbefehl bekommt nach [[Nimbus III]] zu fliegen. Nachdem die ''Enterprise'' von [[Sybok]] übernommen wurdewurden ist, befreiht Scott Kirk aus dem Gefängnis. Kurz nach der Befreihung hat Scott eine unangenehme Begegnung mit einem Balken. Er wird von Syboks Anhängern kurz ohnmächtig aufgefunden und darauf Gefangen genommen. Die lassen Sybok läßt ihn aber wieder frei, weil Scott weiter das Schiff reparieren muss. ({{Film|5}})

[[2293]] ist Scott Gast beim Empfang von Kanzler [[Gorkon]]. Später muß Scott unter falschen Umständen melden, dass die ''Enterprise'' Probleme mit ihrem Antrieb hat. Durch diese Lüge gewinnt die Besatzung mehr Zeit um Kirk und McCoy aus [[Rura Penthe]] zu retten. Scott ist später beim Rettungsteam, um das Attentat bei der Friedenskonferenz auf [[Khitomer]] zu verhindern. ({{Film|6}})