[[2285]] ist Scott für die [[Kadett]]en im Maschienenraum Maschinenraum verantwortlich. Unter den Kadetten befindet sich auch sein Neffe [[Peter Preston]]. Admiral Kirk bekommt zu der Zeit den Auftrag die ''Enterprise'' zu inspezieren und führt mit dem Schiff einen Trainingsflug durch. Bei dem Trainingsflug erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von der [[Raumstation]] [[Regula 1]]. Auf dem Weg nach Regula 1 wird die ''Enterprise'', von der von Khan übernommenen [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] angegriffen. Die ''Enterprise'' trägt bei dem Angriff schwere Schäden davon. Im Maschienenraum gibt es viele Verletzte und Tote, darunter auch Scotts Neffe. Scott ist über den Verlust ziemlich geschockt. Beim Kampf gegen die ''Reliant'' im [[Mutara-Nebel]] erleidet Scott leichte Strahlenschäden. Spock versucht im Reaktorraum den Warpantrieb zu reparieren. Dort stirbt Spock. Als Kirk den sterbenden Spock sieht müssen Scott und McCoy ihn aufhalten damit er nicht in den Reaktorraum hinein geht. Scott begründet diese Aktion mit: "Er (Spock) ist doch bereits tot." Bei Spocks Trauerfeier spielt Scott auf dem [[Dudelsack]] das Lied [[Amazing Grace]]. ({{Film|2}})

[[2294]] scheidet Scott aus dem aktiven Dienst aus. Auf dem Weg in die [[Norpin-Kolonie]], wo Scott plant seinen Lebensabend zu verbringen, stürzte er mit der [[USS Jenolan|USS ''Jenolan'']] auf einer [[Dyson-Sphäre]] ab und gilt als verschollen. ({{TNG|Besuch von der alten Enterprise}})