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Wenig später spürt Sisko den flüchtigen Eddington auf und lässt diesen mit der ''Defiant'' verfolgen. Doch Eddington ist es gelungen die Defiant zu sabotieren und diese fällt vollständig aus. O'Brien muss sich nun um die aufwendigen Reparaturen kümmern, welche einige Wochen dauern können. Trotz der defekten ''Defiant'', setzt Eddington seine Jagd fort. O'Brien erklärt, dass die Defiant nicht voll einsatzfähig ist und Sisko muss improvisieren, um sein Ziel zu erreichen. Später gelingt es Sisko Eddington, trotz der beschädigten ''Defiant'' Eddington zu verhaften. ({{DS9|Für die Uniform}})
Einige Zeit darauf begeben sich Garak und Worf in den Gamma-Quadranten, da sie eine Botschaft vom vermissten Tain erhalten haben. Auf dem Weg dorthin wird ihr Runabout von einer Invasionsflotte des Dominions gestoppt. Bevor die beiden gefangen genommen werden schickt Worf eine Warnung nach Deep Space 9. Auf der Station erhält man die Warnung und schnell wird die Invasionsstreitmacht bestätigt. Um zu verhindern, dass die Flotte durch das Wurmloch in den Alpha-Quadranten gelangt, muss O'Brien [[Deflektorgitterfrequenz]] am [[Deflektor]] modifizieren, damit so mit Hilfe eines [[phasenkonjugierter Gravitonstrahl|phasenkonjugierten Gravitonstrahl]] das Wurmloch versiegelt wird. Doch O'Briens Arbeit wirs sabotiert, statt das Wurmloch zu versiegeln, wird es weiter geöffnet. Schließlich durchfliegt die Invasionsflotte das Wurmloch und erreicht den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Die Schatten der Hölle}})
Auf der Station bereitet man sich auf den Angriff des Dominions vor, doch unerwartet fliegt die flotte Richtung Cardassia. später verkündet Dukat, dass sich Cardassia dem Dominion angeschlossen hat. Zur selben Zeit beginnt O'Brien mit nach dem Saboteur zu suchen und Bashir vermutet, dass dies ein Gründer gewesen ist. Wenig später nähert sich eine klingonische Flotte der Station. Die Klingonen sind die ersten Opfer der neuen Allianz zwischen den Cardassianern und dem Dominion. Gowron beschließt nun sich wieder mit der Föderation zu verbünden und gemeinsam den Feind zu bekämpfen. O'Brien hilft darauf bei der Reparatur der klingonischen Schiffe. Als O'Brien kurz Bashir besucht, erwähnt Bashir, dass er neue Dartspfeile hat. O'Brien versteht nicht wie Bashir zu diesen Kriesenzeiten an Darts denken kann, doch Bashir erwähnt, dass sich bald alles zu seinen Gunsten wenden wird. Zur selben Zeit können Worf und Garak dem Dominion entkommen und sie können auch Bashir retten, welcher die letzten Wochen gefangen gehalten worde und einen [[Julian Bashir (Gründer)|Gründer in der Gestalt von Bashir]] auf die Station geschickt haben. Dieser Gründer hat den Auftrag die [[Bajoranische Sonne]] zu vernichten und das gesamte Bajoranische System mitsamt der Station und der Flotte auszulöschen. Doch der Gründer wird aufgehalten und getötet. Nachdem der echte Bashir auf die Station zurück gekehrt ist, kann es O'Brien nicht fassen, dass er den falschen Bashir nicht erkannt hat. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})
Kurz darauf wählt Doktor [[Lewis Zimmerman]] Julian Bashir als Vorlage für sein neues [[Medizinisch-Holographisches Langzeitprogramm]]. Zimmerman kommt nach Deep Space 9 und entwickelt dort sein neues Programm. Das MHL bekommt das Aussehen und auch die Persönlichkeit von Bashir. O'Brien findet dies sehr komisch, da er weiß das nun viele Bashirs vielen Offizieren nerven wird. Um soviel über Bashir zu erfahren befragt Zimmerman die Freunde und Kollegen von Bashir. Zimmerman befragt auch O'Brien und dieser nennt die ganzen positiven Eigenschaften von Bashir. O'Brien bittet Zimmermann dies aber nicht Bashir zu erzählen. O'Brien arbeitet mit Zimmerman zusammen an der Entwicklung des Programms und hat seinen Spaß dabei. Obwohl Bashir Zimmerman gebeten hat seine Eltern nicht zu befragen, lädt Zimmerman diese trotzdem auf die Station ein. Wenig später testet Zimmerman das MHL und durch einen Zufall treffen Bashirs Eltern auf das Hologramm. Diese ahnen nicht, dass es sich nur um ein Hologramm handelt und geben ihm gegenüber dem Hologramm zu, nicht zu verraten, dass Bashir genetisch aufgewertet worden ist. So erfahren Zimmerman und O'Brien das Bashir genetisch aufgewertet ist. Da genetische Aufwertung verboten ist, rechnet Bashir damit das er unehrenhaft aus der Sternenflotte entlassen wird. Bashir ist über O'Brien verärgert, dass er mit geholfen hat und seine Eltern mit dem Hologramm hat auflaufen lassen. Von Bashir erfährt O'Brien die Wahrheit über seine Kindheit und die genetische Aufwertung und O'Brien kann es nicht glauben, dass Bashir genetisch aufgewertet worden ist. Bashir zieht nun die Konsequenzen und will bei Sisko seine Kündigung einreichen, da genetische Aufwertung innerhalb der Sternenflotte verboten ist. Aber Richard Bashir stellt sich der Sternenflotte und nimmt die ganze Schuld der genetischen Manipulation von Julian Bashir auf sich. Bashir darf dadurch sein Offizierspatent behalten, während Richard Bashir für zwei Jahre in die Strafkolonie nach [[Neuseeland]] kommt. ({{DS9|Dr. Bashirs’ Geheimnis}})
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Einige Wochen später bringt Kira das Kind zur Welt. Die O'Briens benennen das Kind ihr zu ehren Kirayoshi. Nachdem Kira aus dem Quartier der O'Briens ausgezogen ist beginnt sie das gemeinsame Familienleben zu vermissen und sie bereut es, dass sie das Kind den O'Briens geben musste. ({{DS9|Das Baby}})
Allerdings kümmert sich Kira regelmäßig um den Jungen und sie freut sich wenn die ihn sieht. ({{DS9|Die Schatten der Hölle}})
=== Hobbys ===
{{Dialogzitat|O'Brien|Ich bin in Irland schon auf Berge gestiegen, da waren Sie noch gar nicht geboren.|Muniz|Sie meinen Hügel, nicht wahr? Es gibt sanft geschwungene Hügel in Irland, keine Berge. Aber was weiß ich schon, Sie sind ja ein Mann der Berge… ein alter Mann der Berge.}} ({{DS9|Das Schiff}})
{{Dialogzitat||nachdem Kirk O'Brien und anderen nach der Prügelei eine Standpauke gehalten hat|O'Brien|Ich habe Captain Kirk angelogen. Ich wünschte, Keiko hätte dabei sein können.}} ({{DS9|Immer die Last mit den Tribbles}})
{{Dialogzitat||O'Brien über das MHL welches Bashirs Persönlichkeit annehmen soll|O'Brien|Sie meinen dieses Programm wird seine Neigungen und Abneigungen beinhalten?|Zimmerman|Das war für uns überhaupt der wichtigste Grund eine menschliche Schablone zu wählen.|O'Brien|Wow, denken Sie mal nach Julian, sollte das funktionieren dann werden Sie hunderte von Leuten irritieren können denen Sie nie zuvor begegnet sind.}} ({{DS9|Dr. Bashirs’ Geheimnis}})
== Hintergrundinformationen ==