Der Kampf zwischen dem Maquis und den Cardassianer ging weiter. Für den Cardassianischen Bereich Im Lauf der EMZ war Gul [[Evek]] verantwortlich und für den Föderationsbereich der EMZ war [[Vizeadmiral]] [[Alynna Nechayev]] verantwortlich. Beide Seiten unterwanderten den Maquis. Die Cardassianer unterwanderte den Maquis mit [[Seska]]. Die Föderation schickte z.B [[Tuvok]] und [[Ro Laren]] um den Maquis zu unterwandern. Während Ro Laren den Maquis unterwanderte begann sie für den Maquis zu sympathiesieren und schließlich lief sie zum Maquis über.({{TNG|Die Rückkehr von Ro Laren}}) Uns das war erst Zeit liefen weitere Offiziere der Anfang immer mehr Sternenflotten Offiziere liefen Sternenflotte zum Maquis über, darunter auch Commander [[Chakotay]] und [[Thomas Riker]]. Mitte [[2371]] gelang es Thomas Riker sogar die ''[[USS Defiant(NX-74205)|USS ''Defiant'']]'' zu entführen. Aber Sisko konnte zusammen Gemeinsam mit der Cardassianischen cardassianischen Regierung die Defiant zurück bekommen und gelang es jedoch Sisko das Schiff zurückholen. Riker wurde von den Cardassianern verhaftetund für seinen Angriff verurteilt, während seine Crew der Föderation überstellt wurde.({{DS9|Defiant}})

Für Sisko war es schließlich ein harter Schlag als sein Sicherheitschef Lieutenant Commander [[Michael Eddington]] [[2372]] zum Maquis über liefüberlief. Sisko sah das als [[Hochverrat ]] an der Sternenflotte und nahm den Verrat als persönliche Angelegenheit. Er persönlichen Affront, so dass er begann , Eddington zu jagen.({{DS9|In eigener Sache}})

[[2373]] wurde der Maquis aggresiver. Sie begannen erneut aggressiver: Er begann mit biologischen Waffen die cardassianischen Kolonien [[Velos Prime]] und [[Quatal Prime]] zu vergiften. Sisko merkte das fand heraus, dass Eddington hinter den Angriffen stecke. Eddington griff steckte, sich aber auch für den Angriff auf die [[USS Malinche|USS ''Malinche'']] anverantwortlich zeichnete. Sisko verfolgte Eddington mit der ''Defiant. Eddington ließ '', der sich allerdings jedoch erst gefangen nehmengefangennehmen ließ, nachdem als Sisko auf der Maquis-Kolonie [[Solossos II]] einen [[Trilithium]]-Sprengsatz zündete, der die Bewohner zwang die Kolonie aufzugeben.