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Während eines Fluges durch einen [[Subraumkorridor]], um sich mit Degra zu treffen, erscheint plötzlich eine zweite ''Enterprise''. Ihr Kommandant [[Lorian]] warnt Archer davor weiterzufliegen, da das Schiff ansonsten zurück in das Jahr [[2037]] geschleudert wird und in der Vergangenheit festsitzt. Er kommt an Bord des Schiffes und erzählt, was mit der anderen ''Enterprise'' geschehen ist. Es stellt sich heraus, dass Lorian der Sohn von Tucker und T'Pol ist. Viele Crewmitglieder erfahren von den Crewmitgliedern der ''Enterprise'' was mit ihnen geschehen ist. Reed erfährt so, dass er an Bord der anderen ''Enterprise'' keine Partnerin gefunden hat und ist entäuscht darüber. Mit Hilfe der Daten der alten T'Pol, kann der [[Impulsantrieb]] so modifiziert werden, dass die ''Enterprise'' nicht in die Vergangenheit geschleudert werden wird. Später gelingt es der ''Enterprise'' durch den Korridor zu fliegen ohne in die Vergangenheit geschleudert zu werden. Das weitere Schicksal von Lorians ''Enterprise'' ist ungewiss. Kurz darauf trifft sich die Crew mit Degras Schiff. ({{ENT|E²}})
Als sich die ''Enterprise'' im Orbit des [[Xindi-Ratsplanet]]en befindet, bekommt T'Pol den Auftrag in eine Sphäre in der Nähe des Planeten einzudringen, um aus deren [[Speicherkern]] Daten über die Sphären und ihrer Erbauer zu sammeln. Mayweather begleitet das Außenteam in die Sphäre. Zur gleichen Zeit präsentiert Archer die Beweise vor dem Xindi-Rat. Diese besagen, dass die Sphärenbauer der wahrer Feind der Xindi sind und das sich die Xindi und die Menschen verbünden müssen, um sie zu besiegen. Kurz darauf tötet Commander [[Dolim]] Degra, da dieser eines seiner Schiffe vernichtet hat. Die Reptilianer und die Insektoiden ziehen sich aus dem Rat zurück. In der Sphäre gelingt es dem Außenteam die Daten aus dem Speicherkern zu sammeln, als das Team plötzlich vom Verteidigungssystem angegriffen wird. Dabei wird [[Corporal]] [[F. Hawkins|Hawkins]] angegriffen und Reed versucht alles um ihn zu retten, doch Hawkins wird von der Verteidigungsanlage getötet. Als die Verteidigungsanlagen die weiteren Mitglieder des Außenteams angreifen, kann Mayweather im letzten Moment das Außenteam vor den Verteidigungsanlagen retten. Mit dem gestohlenen Daten kehren das Außenteam zur ''Enterprise'' zurück. Doch während des Rückfluges macht sich Reed schwere Vorwürfe wegen des Todes von Hawkings. Die Reptillianer und die Insektoiden übernehmen zur selben Zeit die Kontrolle über die Superwaffe und fliegen damit zur Erde. Damit sie an den fehlenden Entschlüsslungscode herankommen, lässt Dolim im darauffolgenden Gefecht Sato entführen. ({{ENT|Der Rat}})
Mit den gesammelten Daten aus der Sphäre versuchen T'Pol und Tucker einen Weg zu finden, das Netzwerk der Sphären zu vernichten. Inzwischen erkundigt sich Major Hayes bei Reed was mit Hawkins geschehen ist und Reed muss mit beauern mitteilen, dass Hawkins bei der Mission ums Leben gekommen ist. Zur selben Zeit greift die ''Enterprise'' zusammen mit den Xindi die Superwaffe an. Die Reptilianer und die Insektoiden verteidigen zwar die Waffe, aber sie sind der vereinigten Streitmacht der übrigen Xindi und der ''Enterprise'' unterlegen. Bei dem Kampf gelingt es einem Trupp der MACOs Sato aus der Hand der Reptilianer zu befreien. Bei dieser Mission wird allerdings Hayes tödlich verwundet und er vertraut das Kommando kurz bevor er stirbt Reed an. Die Waffe ist bereits scharfgemacht worden und durch das Eingreifen der Sphärenbauer können die Reptilianer mit der Superwaffe entkommen und zur Erde fliegen. Da die Xindi Archer nur deswegen geholfen haben, da er versprochen hat, die Sphären zu deaktivieren, fliegt die ''Enterprise'' unter dem Kommando von T'Pol zur Kommandosphäre [[Sphäre 41]] um diese zu vernichten. Archer und ein Trupp der Xindi fliegen mit Degras Schiff zur Erde, um Commander Dolim und die Xindi-Superwaffe aufzuhalten. ({{ENT|Countdown}})
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